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- PDB-7f83: Crystal Structure of a receptor in Complex with inverse agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f83
タイトルCrystal Structure of a receptor in Complex with inverse agonist
要素Growth hormone secretagogue receptor type 1,Soluble cytochrome b562
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / Ghrelin / Inverse agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


growth hormone secretagogue receptor activity / regulation of hindgut contraction / regulation of growth hormone secretion / growth hormone-releasing hormone receptor activity / positive regulation of small intestinal transit / negative regulation of locomotion involved in locomotory behavior / regulation of gastric motility / regulation of transmission of nerve impulse / ghrelin secretion / response to follicle-stimulating hormone ...growth hormone secretagogue receptor activity / regulation of hindgut contraction / regulation of growth hormone secretion / growth hormone-releasing hormone receptor activity / positive regulation of small intestinal transit / negative regulation of locomotion involved in locomotory behavior / regulation of gastric motility / regulation of transmission of nerve impulse / ghrelin secretion / response to follicle-stimulating hormone / positive regulation of appetite / growth hormone secretion / negative regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of eating behavior / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / negative regulation of macrophage apoptotic process / adult feeding behavior / negative regulation of appetite / actin polymerization or depolymerization / positive regulation of multicellular organism growth / cellular response to thyroid hormone stimulus / response to growth hormone / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / regulation of postsynapse organization / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / response to food / negative regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of fatty acid metabolic process / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / response to L-glutamate / regulation of synapse assembly / positive regulation of sprouting angiogenesis / response to dexamethasone / negative regulation of interleukin-6 production / peptide hormone binding / decidualization / negative regulation of tumor necrosis factor production / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of insulin secretion / response to hormone / hormone-mediated signaling pathway / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / synaptic membrane / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / negative regulation of inflammatory response / cellular response to insulin stimulus / response to estradiol / cellular response to lipopolysaccharide / spermatogenesis / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / learning or memory / electron transfer activity / postsynapse / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / membrane raft / heme binding / glutamatergic synapse / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Growth hormone secretagogue receptor/motilin receptor / Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. ...Growth hormone secretagogue receptor/motilin receptor / Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1KQ / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Soluble cytochrome b562 / Growth hormone secretagogue receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Xu, Z. / Shao, Z.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular mechanism of agonism and inverse agonism in ghrelin receptor.
著者: Jiao Qin / Ye Cai / Zheng Xu / Qianqian Ming / Su-Yu Ji / Chao Wu / Huibing Zhang / Chunyou Mao / Dan-Dan Shen / Kunio Hirata / Yanbin Ma / Wei Yan / Yan Zhang / Zhenhua Shao /
要旨: Much effort has been invested in the investigation of the structural basis of G protein-coupled receptors (GPCRs) activation. Inverse agonists, which can inhibit GPCRs with constitutive activity, are ...Much effort has been invested in the investigation of the structural basis of G protein-coupled receptors (GPCRs) activation. Inverse agonists, which can inhibit GPCRs with constitutive activity, are considered useful therapeutic agents, but the molecular mechanism of such ligands remains insufficiently understood. Here, we report a crystal structure of the ghrelin receptor bound to the inverse agonist PF-05190457 and a cryo-electron microscopy structure of the active ghrelin receptor-Go complex bound to the endogenous agonist ghrelin. Our structures reveal a distinct binding mode of the inverse agonist PF-05190457 in the ghrelin receptor, different from the binding mode of agonists and neutral antagonists. Combining the structural comparisons and cellular function assays, we find that a polar network and a notable hydrophobic cluster are required for receptor activation and constitutive activity. Together, our study provides insights into the detailed mechanism of ghrelin receptor binding to agonists and inverse agonists, and paves the way to design specific ligands targeting ghrelin receptors.
履歴
登録2021年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth hormone secretagogue receptor type 1,Soluble cytochrome b562
B: Growth hormone secretagogue receptor type 1,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,53110
ポリマ－94,3662
非ポリマー3,1658
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area40470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.710, 58.680, 119.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Growth hormone secretagogue receptor type 1,Soluble cytochrome b562 / GHS-R / GH-releasing peptide receptor / GHRP / Ghrelin receptor / Cytochrome b-562


分子量: 47183.223 Da / 分子数: 2 / 変異: T130K,N188Q,M1012W,H1107I,R1111L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: GHSR, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92847, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-1KQ / 2-(2-methylimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl)-1-[2-[(1R)-5-(6-methylpyrimidin-4-yl)-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-7-yl]ethanone / PF-05190457


分子量: 512.669 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H32N6OS
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.15 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: 100mM HEPES, pH 7.0, 25%-36% PEG300, 80mM - 150mM NH4F

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→39.78 Å / Num. obs: 25315 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.53 % / Biso Wilson estimate: 81.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.664 / Net I/σ(I): 10.37
反射 シェル解像度: 2.94→3.12 Å / 冗長度: 23.68 % / Rmerge(I) obs: 5.083 / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2-4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KO5

6ko5


解像度: 2.94→39.78 Å / SU ML: 0.415 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.565
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 1239 4.9 %
Rwork0.227 --
obs0.229 25289 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→39.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6025 0 202 0 6227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066367
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0318633
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.395942
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521004
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091053
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.94-3.060.33081180.27292628X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.20.33181590.262619X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.370.3061230.24292672X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.580.27071490.23882634X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.850.25031280.2142691X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.240.25411580.20842664X-RAY DIFFRACTION100
4.24-4.850.23891470.21182649X-RAY DIFFRACTION100
4.85-6.110.30431460.24652690X-RAY DIFFRACTION100
6.11-39.780.22241110.21482803X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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