PDB-7f7r: Enterococcus faecalis GH31 alpha-N-acetylgalactosaminidase D455N ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f7r

タイトル

Enterococcus faecalis GH31 alpha-N-acetylgalactosaminidase D455N in complex with Tn antigen

要素

GH31 alpha-N-acetylgalactosaminidase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolase / GH31 / mucin / (BETA/ALPHA)8-BARREL / FIBRONECTIN-LIKE / substrate / complex

機能・相同性

2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / TRIETHYLENE GLYCOL / SERINE

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus faecalis ATCC 10100 (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Miyazaki, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2022
タイトル: Structural and mechanistic insights into the substrate specificity and hydrolysis of GH31 alpha-N-acetylgalactosaminidase.
著者: Miyazaki, T. / Ikegaya, M. / Alonso-Gil, S.

履歴

登録	2021年6月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f7r.cif.gz	344.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f7r.ent.gz	265 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f7r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f7r_validation.pdf.gz	1004.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f7r_full_validation.pdf.gz	1010.5 KB	表示
XML形式データ	7f7r_validation.xml.gz	37.1 KB	表示
CIF形式データ	7f7r_validation.cif.gz	56.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/7f7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/7f7r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7f7qC 6m76S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2o1s-1 4rgy-1 6had-1 6m77-d 6ouw-1 1pym-1 6xxg-d 5k7v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GH31 alpha-N-acetylgalactosaminidase

ヘテロ分子

108 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.706, 82.973, 148.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

GH31 alpha-N-acetylgalactosaminidase

分子量: 106627.656 Da / 分子数: 1 / 変異: D455N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterococcus faecalis ATCC 10100 (乳酸球菌)
遺伝子: WOW_01747 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

#2: 糖

ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpNAca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-GalpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 573分子

#3: 化合物	ChemComp-SER / SERINE / セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350, 0.2 M ammonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 127951 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 23.8
反射シェル	解像度: 1.63→1.72 Å / 冗長度: 12.1 % / R_merge(I) obs: 0.961 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 18495 / CC_1/2: 0.809 / R_pim(I) all: 0.287 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6M76

6m76

解像度: 1.63→46.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.698 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2004	6325	4.947 %
R_work	0.1772	121529	-
all	0.178	-	-
obs	-	127854	99.986 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.096 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.041 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.139 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→46.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7036	0	80	558	7674

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	7275
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6659
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.629	1.652	9839
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.435	1.585	15365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.276	5	897
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.327	24.709	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.187	15	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.223	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	8416
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	6189
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	3538
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	3363
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.122	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.131	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.035	1.718	3600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.031	1.717	3599
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.614	2.566	4493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.615	2.566	4494
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.5	1.88	3675
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.5	1.881	3676
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.343	2.747	5346
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.343	2.747	5347
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.622	20.304	8080
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.563	19.968	7988

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.672	0.268	459	0.254	8903	X-RAY DIFFRACTION	100
1.672-1.718	0.258	434	0.232	8685	X-RAY DIFFRACTION	99.989
1.718-1.768	0.262	455	0.214	8426	X-RAY DIFFRACTION	100
1.768-1.822	0.227	418	0.198	8168	X-RAY DIFFRACTION	99.9883
1.822-1.882	0.208	390	0.187	8010	X-RAY DIFFRACTION	99.9643
1.882-1.948	0.196	439	0.178	7637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.948-2.022	0.193	402	0.168	7451	X-RAY DIFFRACTION	99.9745
2.022-2.104	0.197	343	0.156	7175	X-RAY DIFFRACTION	100
2.104-2.197	0.189	355	0.159	6863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.197-2.305	0.178	336	0.148	6625	X-RAY DIFFRACTION	99.9856
2.305-2.429	0.192	320	0.15	6271	X-RAY DIFFRACTION	99.9848
2.429-2.576	0.177	341	0.157	5917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.576-2.754	0.183	283	0.163	5608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.754-2.974	0.197	295	0.171	5190	X-RAY DIFFRACTION	100
2.974-3.258	0.187	266	0.173	4812	X-RAY DIFFRACTION	99.9803
3.258-3.641	0.183	226	0.182	4397	X-RAY DIFFRACTION	100
3.641-4.203	0.21	173	0.178	3927	X-RAY DIFFRACTION	100
4.203-5.143	0.192	176	0.173	3321	X-RAY DIFFRACTION	100
5.143-7.256	0.237	149	0.209	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
7.256-46.04	0.224	65	0.206	1555	X-RAY DIFFRACTION	99.5086

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -4.967 Å / Origin y: 35.982 Å / Origin z: 15.987 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0136 Å²	0.0095 Å²	0.0053 Å²	-	0.0997 Å²	-0.0023 Å²	-	-	0.1032 Å²
L	0.2638 °²	0.1177 °²	-0.0746 °²	-	0.5329 °²	0.0785 °²	-	-	0.324 °²
S	0.0553 Å °	-0.0214 Å °	0.0313 Å °	0.0274 Å °	-0.0263 Å °	0.0184 Å °	-0.0138 Å °	-0.0108 Å °	-0.029 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	57 - 971
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1001
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1002
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1003
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1004
6	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1005
7	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1006
8	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1007
9	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1008
10	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1009

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