PDB-7f7q: Enterococcus faecalis GH31 alpha-N-acetylgalactosaminidase D455A ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f7q

タイトル

Enterococcus faecalis GH31 alpha-N-acetylgalactosaminidase D455A in complex with p-nitrophenyl alpha-N-acetylgalactosaminide

要素

GH31 alpha-N-acetylgalactosaminidase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolase / GH31 / mucin / (BETA/ALPHA)8-BARREL / FIBRONECTIN-LIKE / substrate / complex

機能・相同性

2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / P-NITROPHENOL

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus faecalis ATCC 10100 (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Miyazaki, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2022
タイトル: Structural and mechanistic insights into the substrate specificity and hydrolysis of GH31 alpha-N-acetylgalactosaminidase.
著者: Miyazaki, T. / Ikegaya, M. / Alonso-Gil, S.

履歴

登録	2021年6月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f7q.cif.gz	343.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f7q.ent.gz	262.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f7q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f7q_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f7q_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7f7q_validation.xml.gz	39.9 KB	表示
CIF形式データ	7f7q_validation.cif.gz	62.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/7f7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/7f7q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7f7rC 6m76S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6m77-d 6m76-d 2dwp-1 4rgy-1 5unc-d 2o1s-1 3gfz-d 7f7r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GH31 alpha-N-acetylgalactosaminidase

ヘテロ分子

108 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.875, 83.394, 146.329
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

GH31 alpha-N-acetylgalactosaminidase

分子量: 106584.633 Da / 分子数: 1 / 変異: D455A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterococcus faecalis ATCC 10100 (乳酸球菌)
遺伝子: WOW_01747 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

#2: 糖

ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpNAca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-GalpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 802分子

#3: 化合物	ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL 分子量: 139.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350, 0.2 M ammonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→50 Å / Num. obs: 184729 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 24.5
反射シェル	解像度: 1.42→1.5 Å / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 1.044 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 25867 / CC_1/2: 0.766 / R_pim(I) all: 0.29 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6M76

6m76

解像度: 1.42→42.139 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 2.192 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1963	9317	5.046 %
R_work	0.1743	175315	-
all	0.175	-	-
obs	-	184632	97.837 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.221 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.588 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.524 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.112 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→42.139 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7020	0	72	792	7884

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	7371
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.726	1.651	9993
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.548	1.585	15517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.222	5	920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.84	24.66	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.396	15	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.405	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	938
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	8596
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	7044
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	3728
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	3753
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	761
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.125	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.159	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.542	0.723	3653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.543	0.722	3652
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.945	1.078	4582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.944	1.079	4583
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.921	0.819	3718
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.921	0.819	3719
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.387	1.179	5411
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.387	1.179	5412
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.159	9.633	8825
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.031	8.856	8621

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.42-1.457	0.276	687	0.255	12189	X-RAY DIFFRACTION	93.1424
1.457-1.497	0.255	675	0.237	12297	X-RAY DIFFRACTION	95.8829
1.497-1.54	0.242	640	0.223	12026	X-RAY DIFFRACTION	96.6575
1.54-1.588	0.225	595	0.209	11772	X-RAY DIFFRACTION	97.355
1.588-1.64	0.231	476	0.201	11605	X-RAY DIFFRACTION	97.4903
1.64-1.697	0.221	573	0.186	11091	X-RAY DIFFRACTION	97.7457
1.697-1.761	0.198	576	0.184	10756	X-RAY DIFFRACTION	97.9684
1.761-1.833	0.203	523	0.18	10411	X-RAY DIFFRACTION	98.2478
1.833-1.914	0.195	505	0.174	10007	X-RAY DIFFRACTION	98.3625
1.914-2.008	0.192	521	0.176	9565	X-RAY DIFFRACTION	98.5346
2.008-2.116	0.192	559	0.164	9054	X-RAY DIFFRACTION	98.7874
2.116-2.245	0.195	476	0.166	8654	X-RAY DIFFRACTION	98.8202
2.245-2.399	0.188	466	0.162	8137	X-RAY DIFFRACTION	99.0558
2.399-2.591	0.186	444	0.16	7614	X-RAY DIFFRACTION	99.4201
2.591-2.838	0.196	354	0.163	7087	X-RAY DIFFRACTION	99.3989
2.838-3.173	0.188	378	0.167	6408	X-RAY DIFFRACTION	99.5891
3.173-3.663	0.18	283	0.168	5730	X-RAY DIFFRACTION	99.8008
3.663-4.483	0.167	288	0.15	4831	X-RAY DIFFRACTION	99.9219
4.483-6.328	0.191	200	0.167	3841	X-RAY DIFFRACTION	99.9011
6.328-42.139	0.233	98	0.195	2240	X-RAY DIFFRACTION	99.236

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2495	-0.0815	0.0418	0.1692	0.0067	0.1238	-0.0145	-0.0216	0.0112	0.016	0.0243	-0.0163	-0.0146	-0.0053	-0.0098	0.1376	-0.0057	-0.003	0.1669	-0.0018	0.0771	14.705	-15.019	-21.32
2	4.7601	6.7812	2.9732	15.7995	2.477	5.4561	1.5304	0.2313	-0.9321	2.4917	-0.1123	-1.4926	2.3517	-0.2513	-1.4182	1.2772	-0.1502	-0.7341	0.1723	0.1135	0.439	13.894	-47.162	-0.566

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	57 - 888
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	889 - 973

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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