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- PDB-7f7k: Crystal structure of AKR4C17 bound with NADP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f7k
タイトルCrystal structure of AKR4C17 bound with NADP+
要素AKR4-2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Glyphosate resistance / GPJ degradation mechanism / aldo-keto reductase / structure-based engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 4C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / AKR4-2
類似検索 - 構成要素
生物種Echinochloa colona (コヒメビエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Li, H. / Yang, Y. / Hu, Y. / Chen, C.-C. / Huang, J.-W. / Min, J. / Dai, L. / Guo, R.-T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2021YFC2100300 中国
引用ジャーナル: J Hazard Mater / 年: 2022
タイトル: Structural analysis and engineering of aldo-keto reductase from glyphosate-resistant Echinochloa colona
著者: Li, H. / Yang, Y. / Hu, Y. / Chen, C.C. / Huang, J.W. / Min, J. / Dai, L. / Guo, R.T.
履歴
登録2021年6月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AKR4-2
B: AKR4-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6189
ポリマ－70,6882
非ポリマー1,9307
水4,666259
1
A: AKR4-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2434
ポリマ－35,3441
非ポリマー8983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12890 Å2
手法PISA
2
B: AKR4-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3765
ポリマ－35,3441
非ポリマー1,0324
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.671, 77.671, 454.088
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-581-

HOH

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要素

#1: タンパク質 AKR4-2


分子量: 35344.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Echinochloa colona (コヒメビエ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A5J6VLZ7
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5 and 0.01 M CoCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→25 Å / Num. obs: 34654 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 1.075 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 259466
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.36-2.447.70.42633420.8910.1530.4570.35398.9
2.44-2.547.80.34133510.9250.1210.3650.39499.4
2.54-2.667.80.26333850.940.0950.2820.45199.4
2.66-2.87.70.20334160.9670.0730.2180.56799.6
2.8-2.977.60.15134200.980.0550.1620.73899.6
2.97-3.27.50.12134310.9880.0440.130.96699.4
3.2-3.527.30.09734460.9910.0350.1041.43999
3.52-4.036.80.08934390.9930.0330.0962.04198.3
4.03-5.076.70.07735430.9930.030.0842.3598.7
5.07-258.10.04538810.9990.0160.0481.60699.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H7U

3h7u


解像度: 2.36→24.89 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2266 1998 5.79 %
Rwork0.1883 32494 -
obs0.1906 34492 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.29 Å2 / Biso mean: 45.8649 Å2 / Biso min: 21.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.36→24.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4876 0 117 259 5252
Biso mean--57.42 46.02 -
残基数----619
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.36-2.420.27571380.22022233237198
2.42-2.490.26531370.22282240237799
2.49-2.560.23141390.211622522391100
2.56-2.640.28241410.21452286242799
2.64-2.740.28811390.214822892428100
2.74-2.840.24961410.21242281242299
2.84-2.970.24611430.200423062449100
2.97-3.130.24731400.21692296243699
3.13-3.330.26061410.2012301244299
3.33-3.580.23581420.19262311245399
3.58-3.940.22611440.16922335247998
3.94-4.510.18111450.15492352249798
4.51-5.670.18751480.17052407255599
5.67-24.890.21191600.18632605276599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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