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- PDB-7f7d: Crystal structure of Non-specific class-C acid phosphatase from S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f7d
タイトルCrystal structure of Non-specific class-C acid phosphatase from Sphingobium sp. RSMS bound to Adenosine at pH 5.5
要素Acid phosphatase
キーワードHYDROLASE / Non specific Phosphatase / Class c / HAD superfamily.
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
5-nucleotidase lipoprotein e(P4) / Acid phosphatase, class B-like / HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase) / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Acid phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingobium sp. 20006FA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gaur, N.K. / Kumar, A. / Sunder, S. / Mukhopadhyaya, R. / Makde, R.D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Non-Specific Class-c acidphosphatase from Sphingobium sp. RSMS
著者: Gaur, N.K. / Kumar, A. / Sunder, S. / Mukhopadhyaya, R. / Makde, R.D.
履歴
登録2021年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7005
ポリマ－31,2071
非ポリマー4934
水3,387188
1
A: Acid phosphatase
ヘテロ分子

A: Acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,39910
ポリマ－62,4142
非ポリマー9858
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation46_445z-1/4,-y-1/4,x+1/41
Buried area7980 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area18330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.937, 167.937, 167.937
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Space group name HallI4bd2c3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/4,-z+1/4,y+3/4
#3: x+1/4,z+3/4,-y+3/4
#4: z+1/4,y+3/4,-x+3/4
#5: -z+1/4,y+3/4,x+1/4
#6: -y+1/4,x+3/4,z+1/4
#7: y+1/4,-x+1/4,z+3/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y,-z+1/2,x
#11: z,-x,-y+1/2
#12: -y+1/2,z,-x
#13: -z,-x+1/2,y
#14: -z+1/2,x,-y
#15: y,-z,-x+1/2
#16: x,-y,-z+1/2
#17: -x+1/2,y,-z
#18: -x,-y+1/2,z
#19: y+1/4,x+3/4,-z+3/4
#20: -y+1/4,-x+1/4,-z+1/4
#21: z+1/4,-y+1/4,x+3/4
#22: -z+1/4,-y+1/4,-x+1/4
#23: -x+1/4,z+3/4,y+1/4
#24: -x+1/4,-z+1/4,-y+1/4
#25: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#26: x+3/4,-z+3/4,y+5/4
#27: x+3/4,z+5/4,-y+5/4
#28: z+3/4,y+5/4,-x+5/4
#29: -z+3/4,y+5/4,x+3/4
#30: -y+3/4,x+5/4,z+3/4
#31: y+3/4,-x+3/4,z+5/4
#32: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#33: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#34: -y+1/2,-z+1,x+1/2
#35: z+1/2,-x+1/2,-y+1
#36: -y+1,z+1/2,-x+1/2
#37: -z+1/2,-x+1,y+1/2
#38: -z+1,x+1/2,-y+1/2
#39: y+1/2,-z+1/2,-x+1
#40: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#41: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#42: -x+1/2,-y+1,z+1/2
#43: y+3/4,x+5/4,-z+5/4
#44: -y+3/4,-x+3/4,-z+3/4
#45: z+3/4,-y+3/4,x+5/4
#46: -z+3/4,-y+3/4,-x+3/4
#47: -x+3/4,z+5/4,y+3/4
#48: -x+3/4,-z+3/4,-y+3/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-484-

HOH

21A-558-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Acid phosphatase


分子量: 31206.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobium sp. 20006FA (バクテリア)
遺伝子: A8O16_10785 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 DE3 / 参照: UniProt: A0A197BYF0

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非ポリマー , 5種, 192分子

#2: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.63 % / 解説: Hexagonal Crystals
結晶化温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 1M Ammonium sulphate, 0.1 M Bis-tris pH 5.5, 1% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→44.88 Å / Num. obs: 20809 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 23.27 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Num. unique obs: 1778 / CC1/2: 0.875

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.2→41.98 Å / SU ML: 0.2156 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.7732
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2015 1051 5.06 %
Rwork0.1649 19737 -
obs0.1667 20788 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1842 0 32 188 2062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00861937
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89272647
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7055283
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.30.24961380.17912427X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.420.23191300.18072410X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.570.24321220.17552423X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.770.22691290.17932432X-RAY DIFFRACTION100
2.77-3.050.20991190.17672463X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.490.21051430.16952457X-RAY DIFFRACTION100
3.49-4.40.1691200.13462513X-RAY DIFFRACTION100
4.4-41.980.17441500.16632612X-RAY DIFFRACTION99.71
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.28133847574 Å / Origin y: -20.8988980116 Å / Origin z: 28.8324085356 Å
111213212223313233
T0.227832709543 Å2-0.0284787783109 Å20.0124958466973 Å2-0.10179466996 Å20.0168299338255 Å2--0.194501596061 Å2
L1.00774268881 °2-0.00751827662477 °2-0.527476599113 °2-0.464092498859 °20.10239803752 °2--1.42279623023 °2
S-0.0205346639149 Å °0.126079696899 Å °-0.0049766455754 Å °-0.158490501205 Å °0.0135219843757 Å °-0.00016262225588 Å °-0.064998615241 Å °-0.0385152650466 Å °0.0118654934698 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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