ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.19_4092精密化 | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | Aimless | | データスケーリング | MR-Rosetta | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.2→48.5 Å / SU ML: 0.2296 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.767 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2253 | 1051 | 5.05 % |
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Rwork | 0.1837 | 19757 | - |
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obs | 0.1858 | 20808 | 99.97 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.44 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.5 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1833 | 0 | 25 | 127 | 1985 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.0103 | 1906 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.0165 | 2605 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.062 | 285 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.0081 | 345 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d6.4752 | 275 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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2.2-2.3 | 0.2875 | 138 | 0.2502 | 2411 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.3-2.42 | 0.2426 | 131 | 0.2221 | 2427 | X-RAY DIFFRACTION | 99.96 | 2.42-2.57 | 0.2673 | 122 | 0.193 | 2433 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.57-2.77 | 0.2856 | 129 | 0.1898 | 2430 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.77-3.05 | 0.2417 | 119 | 0.1911 | 2463 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.05-3.49 | 0.2388 | 143 | 0.178 | 2455 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.49-4.4 | 0.1663 | 119 | 0.1483 | 2512 | X-RAY DIFFRACTION | 99.96 | 4.4-48.5 | 0.2111 | 150 | 0.1873 | 2626 | X-RAY DIFFRACTION | 99.82 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.35166904967 Å / Origin y: -20.8422872627 Å / Origin z: 29.0058386633 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.384792167991 Å2 | -0.0615011570093 Å2 | 0.0186193494389 Å2 | - | 0.149130311869 Å2 | 0.0151010460803 Å2 | - | - | 0.27807220711 Å2 |
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L | 1.05206442893 °2 | 0.308289420497 °2 | -0.333968451569 °2 | - | 1.01519016158 °2 | -0.0494498732554 °2 | - | - | 1.22240503552 °2 |
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S | -0.0896834489912 Å ° | 0.18001919353 Å ° | -0.0162710570909 Å ° | -0.303948348278 Å ° | 0.0787279445999 Å ° | 0.0482438983539 Å ° | -0.0579167345041 Å ° | -0.0141577741691 Å ° | 0.00220654221043 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |
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