ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.19_4092精密化 | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | Aimless | | データスケーリング | MR-Rosetta | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.34→42.1 Å / SU ML: 0.207 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.8649 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.214 | 836 | 4.78 % |
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Rwork | 0.1825 | 16667 | - |
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obs | 0.184 | 17503 | 99.56 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.69 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.34→42.1 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1839 | 0 | 20 | 114 | 1973 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.0082 | 1904 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.9413 | 2595 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.0532 | 281 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.0098 | 344 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d10.0185 | 295 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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2.34-2.48 | 0.252 | 141 | 0.2069 | 2651 | X-RAY DIFFRACTION | 97.38 | 2.48-2.67 | 0.2769 | 142 | 0.2067 | 2733 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.68-2.94 | 0.2966 | 123 | 0.2169 | 2763 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.94-3.37 | 0.2217 | 127 | 0.2089 | 2795 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.37-4.24 | 0.1844 | 164 | 0.1645 | 2772 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.25-42.1 | 0.1761 | 139 | 0.1537 | 2953 | X-RAY DIFFRACTION | 99.94 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.26229713283 Å / Origin y: -20.8422341845 Å / Origin z: 28.8956531614 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.282758383084 Å2 | -0.057131897286 Å2 | 0.0208173072771 Å2 | - | 0.140778116233 Å2 | 0.0306843938899 Å2 | - | - | 0.247715135003 Å2 |
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L | 1.14060816629 °2 | 0.105927827999 °2 | -0.482543813151 °2 | - | 0.703887339254 °2 | 0.117261619109 °2 | - | - | 1.5895752715 °2 |
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S | -0.067153860513 Å ° | 0.189245428536 Å ° | 0.00109688916279 Å ° | -0.198736930133 Å ° | 0.0563120938297 Å ° | -0.00304682749351 Å ° | -0.0190098230949 Å ° | -0.0718199576948 Å ° | 0.0151212593991 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |
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