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- PDB-7f6l: Crystal structure of human MUS81-EME2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f6l
タイトルCrystal structure of human MUS81-EME2 complex
要素
  • Crossover junction endonuclease MUS81
  • Probable crossover junction endonuclease EME2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / MUS81 / EME2 / Endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-flap endonuclease activity / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / endodeoxyribonuclease complex / osteoblast proliferation / Holliday junction resolvase complex / crossover junction DNA endonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / double-strand break repair via break-induced replication / DNA catabolic process ...3'-flap endonuclease activity / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / endodeoxyribonuclease complex / osteoblast proliferation / Holliday junction resolvase complex / crossover junction DNA endonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / double-strand break repair via break-induced replication / DNA catabolic process / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / replication fork processing / nuclear replication fork / replication fork / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair / endonuclease activity / DNA repair / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Mms4/EME1/EME2 / Crossover junction endonuclease Mus81 / EME1/EME2, C-terminal domain / : / : / Crossover junction endonuclease MUS81-like, winged helix domain / EME1/MUS81, C-terminal / ERCC4 domain / ERCC4 domain ...: / Mms4/EME1/EME2 / Crossover junction endonuclease Mus81 / EME1/EME2, C-terminal domain / : / : / Crossover junction endonuclease MUS81-like, winged helix domain / EME1/MUS81, C-terminal / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / Restriction endonuclease type II-like / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable crossover junction endonuclease EME2 / Crossover junction endonuclease MUS81
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hua, Z.K. / Zhang, D.P. / Yuan, C. / Lin, Z.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31971222 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the human MUS81-EME2 complex.
著者: Hua, Z. / Fang, Q. / Zhang, D. / Luo, Z. / Yuan, C. / Lin, Z.
履歴
登録2021年6月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crossover junction endonuclease MUS81
B: Probable crossover junction endonuclease EME2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2412
ポリマ－75,2412
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6270 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area28170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.097, 93.097, 87.993
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Crossover junction endonuclease MUS81


分子量: 34015.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUS81 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q96NY9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質 Probable crossover junction endonuclease EME2


分子量: 41224.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EME2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: A4GXA9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 8% v/v TacsimateTM pH 7.0 and 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.199→29.44 Å / Num. obs: 12507 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 16.63
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / Num. unique obs: 1236 / CC1/2: 0.636

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-30001.13_2998データスケーリング
MOLREP1.13_2998位相決定
Coot0.8.6.1モデル構築
PHENIX1.13_2998モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4p0p

4p0p


解像度: 3.2→29.44 Å / SU ML: 0.4862 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 33.581
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 610 -
Rwork0.229 11884 -
obs-12494 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4305 0 0 0 4305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01144385
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.64025950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0737688
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0265766
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8621599
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.520.32221540.32312935X-RAY DIFFRACTION99.94
3.52-4.030.34421410.23562977X-RAY DIFFRACTION100
4.03-5.070.29181370.25052979X-RAY DIFFRACTION99.9
5.07-29.440.25991780.19382993X-RAY DIFFRACTION99.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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