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- PDB-7f6j: Crystal structure of the PDZD8 coiled-coil domain - Rab7 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f6j
タイトルCrystal structure of the PDZD8 coiled-coil domain - Rab7 complex
要素
  • PDZ domain-containing protein 8
  • Ras-related protein Rab-7a
キーワードLIPID TRANSPORT / complex / PDZD8 / Rab7 / GTP / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic vesicle recycling via endosome / lipophagy / positive regulation of viral process / phagosome acidification / protein to membrane docking / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / epidermal growth factor catabolic process / alveolar lamellar body / negative regulation of intralumenal vesicle formation / Suppression of autophagy ...synaptic vesicle recycling via endosome / lipophagy / positive regulation of viral process / phagosome acidification / protein to membrane docking / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / epidermal growth factor catabolic process / alveolar lamellar body / negative regulation of intralumenal vesicle formation / Suppression of autophagy / phagosome-lysosome fusion / negative regulation of exosomal secretion / establishment of vesicle localization / mitochondrial calcium ion homeostasis / retromer complex binding / phagosome maturation / presynaptic endosome / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / protein localization to lysosome / endosome to plasma membrane protein transport / early endosome to late endosome transport / phagophore assembly site membrane / positive regulation of exosomal secretion / RAB geranylgeranylation / protein targeting to lysosome / melanosome membrane / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / RHOD GTPase cycle / regulation of cell morphogenesis / RHOF GTPase cycle / retrograde transport, endosome to Golgi / TBC/RABGAPs / lipid transport / endosome to lysosome transport / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / viral release from host cell / CDC42 GTPase cycle / autophagosome membrane / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / autophagosome assembly / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / bone resorption / intracellular transport / lipid catabolic process / phagocytic vesicle / lipid droplet / RAC1 GTPase cycle / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / cytoskeleton organization / MHC class II antigen presentation / secretory granule membrane / small monomeric GTPase / response to bacterium / mitochondrial membrane / small GTPase binding / phagocytic vesicle membrane / endocytosis / positive regulation of protein catabolic process / GDP binding / synaptic vesicle membrane / late endosome membrane / late endosome / protein transport / G protein activity / lysosome / endosome membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / lipid binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / mitochondrion / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
PDZ domain-containing protein 8 / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial lipid-binding proteins (SMP) domain profile. / PDZ domain 6 / PDZ domain / Small GTPase Rab domain profile. / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain ...PDZ domain-containing protein 8 / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial lipid-binding proteins (SMP) domain profile. / PDZ domain 6 / PDZ domain / Small GTPase Rab domain profile. / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / PDZ superfamily / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-7a / PDZ domain-containing protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Khan, H. / Chen, L. / Tan, L. / Im, Y.J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1A2C1085530 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structural basis of human PDZD8-Rab7 interaction for the ER-late endosome tethering.
著者: Khan, H. / Chen, L. / Tan, L. / Im, Y.J.
履歴
登録2021年6月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-7a
B: Ras-related protein Rab-7a
C: PDZ domain-containing protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4817
ポリマ－60,3863
非ポリマー1,0954
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6620 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area20810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.226, 84.226, 154.622
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-7a


分子量: 22649.750 Da / 分子数: 2 / 変異: Q67L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GTP-bound Rab7 Q67L / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB7A, RAB7 / プラスミド: pHIS-2 / 詳細 (発現宿主): The N-terminal cleavable His-tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P51149, small monomeric GTPase
#2: タンパク質 PDZ domain-containing protein 8 / Sarcoma antigen NY-SAR-84/NY-SAR-104


分子量: 15086.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The coiled-coil domain of PDZD8 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDZD8, PDZK8 / プラスミド: pHIS-2 / 詳細 (発現宿主): The N-terminal cleavable his-tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NEN9
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 25% PEG 1000, 0.1 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 36020 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 34.3 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rrim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 53.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique obs: 1773 / CC1/2: 0.938 / CC star: 0.984 / Rrim(I) all: 0.506 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.15.2-3472精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T91

1t91


解像度: 2.1→29.77 Å / SU ML: 0.248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.1218
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 1990 5.54 %
Rwork0.2069 33960 -
obs0.2094 35950 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3598 0 66 154 3818
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00793724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08885044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0596570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.93071396
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.150.34931440.27312432X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.210.32961430.26952430X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.280.32931400.24892417X-RAY DIFFRACTION99.96
2.28-2.350.26051460.24792421X-RAY DIFFRACTION99.92
2.35-2.440.31051430.25792400X-RAY DIFFRACTION99.88
2.44-2.530.29481440.26192444X-RAY DIFFRACTION99.96
2.53-2.650.30821430.25142432X-RAY DIFFRACTION99.96
2.65-2.790.32181400.2472416X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.960.26671420.24762423X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.190.27731410.23642447X-RAY DIFFRACTION99.92
3.19-3.510.27061400.20942436X-RAY DIFFRACTION100
3.51-4.020.23031430.18062449X-RAY DIFFRACTION100
4.02-5.060.2021420.15322430X-RAY DIFFRACTION99.92
5.06-29.770.18391390.16592383X-RAY DIFFRACTION96.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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