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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f6f | ||||||
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タイトル | Crystal structure of metal-citrate-binding protein (MctA) of ABC transporter endogenously bound to Mg2+-citrate complex (Form II) | ||||||
![]() | Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Substrate-binding protein / metal ion / secondary transporter / symporter | ||||||
機能・相同性 | Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding / CITRIC ACID / CARBON DIOXIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / S-1,2-PROPANEDIOL / Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kanaujia, S.P. / Mandal, S.K. / Gogoi, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and thermodynamic insights into a novel Mg 2+ -citrate-binding protein from the ABC transporter superfamily. 著者: Mandal, S.K. / Kanaujia, S.P. #1: ![]() タイトル: Structural and thermodynamic insights into a novel Mg2+-citrate-binding protein from the ABC transporter superfamily 著者: Mandal, S.K. / Kanaujia, S.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 283.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 228 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 3 - 337 / Label seq-ID: 5 - 339
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 38183.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / 遺伝子: TTHB177 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 330分子 












#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-PGO / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-CO2 / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.91 % / 解説: Orthorhombic |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.2 M ammonium fluoride, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年2月14日 / 詳細: VariMax HF | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→71.93 Å / Num. obs: 38780 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 10.1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 5.5 %
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7F6E 解像度: 2.1→71.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 9.94 / SU ML: 0.131 / SU R Cruickshank DPI: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.9 Å2 / Biso mean: 29.779 Å2 / Biso min: 13.45 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→71.93 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 11119 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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