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- PDB-7f61: Crystal structure of human histamine receptor H3R in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f61
タイトルCrystal structure of human histamine receptor H3R in complex with antagonist PF03654746
要素
  • Histamine H3 receptor
  • Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / histamine receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Histamine receptors / histamine receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor activity / neurotransmitter secretion / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / electron transport chain / presynapse / chemical synaptic transmission / periplasmic space ...Histamine receptors / histamine receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor activity / neurotransmitter secretion / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / electron transport chain / presynapse / chemical synaptic transmission / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / dendrite / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Histamine H3 receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1IB / CHOLESTEROL / Soluble cytochrome b562 / Histamine H3 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Peng, X. / Zhang, H.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0508100 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81722044 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91753115 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778049 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81861148018 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018ZX09711002 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for recognition of antihistamine drug by human histamine receptor.
著者: Peng, X. / Yang, L. / Liu, Z. / Lou, S. / Mei, S. / Li, M. / Chen, Z. / Zhang, H.
履歴
登録2021年6月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histamine H3 receptor
B: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5504
ポリマ－61,8412
非ポリマー7092
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area20350 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)71.124, 165.624, 42.651
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Histamine H3 receptor / H3R / HH3R / G-protein coupled receptor 97


分子量: 45009.184 Da / 分子数: 1 / 変異: S121K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRH3, GPCR97
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y5N1
#2: タンパク質 Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 16831.879 Da / 分子数: 1 / 変異: M7W, H102I, R106L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0ABE7
#3: 化合物 ChemComp-1IB / N-ethyl-3-fluoranyl-3-[3-fluoranyl-4-(pyrrolidin-1-ylmethyl)phenyl]cyclobutane-1-carboxamide


分子量: 322.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24F2N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.44 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100mM sodium cacodylate trihydrate, pH6.4, 90mM sodium citrate, 34% PEG400, 2% Dichloromethane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 16071 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 6.78
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.61 / Num. unique obs: 1448 / CC1/2: 0.522

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4u15

4u15


解像度: 2.6→29.896 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 0.6 / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.353 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2846 788 4.931 %
Rwork0.229 15194 -
all0.232 --
obs-15194 98.405 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 44.717 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.896 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3255 0 51 8 3314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.6670.314490.3051121X-RAY DIFFRACTION97.4188
2.667-2.7390.291460.31036X-RAY DIFFRACTION98.1851
2.739-2.8180.273550.2961029X-RAY DIFFRACTION97.0457
2.818-2.9040.304450.2651004X-RAY DIFFRACTION98.4053
2.904-2.9980.315500.263983X-RAY DIFFRACTION98.9464
2.998-3.1030.294550.235958X-RAY DIFFRACTION98.7329
3.103-3.2180.342530.237913X-RAY DIFFRACTION98.9754
3.218-3.3480.294490.208884X-RAY DIFFRACTION99.2553
3.348-3.4950.294490.19852X-RAY DIFFRACTION98.9023
3.495-3.6630.25400.196805X-RAY DIFFRACTION98.0278
3.663-3.8580.249350.194812X-RAY DIFFRACTION99.6471
3.858-4.0880.249380.204738X-RAY DIFFRACTION99.6149
4.088-4.3640.263430.224718X-RAY DIFFRACTION99.8688
4.364-4.7060.302280.225667X-RAY DIFFRACTION99.2857
4.706-5.1420.32400.234603X-RAY DIFFRACTION99.0755
5.142-5.7280.367310.253541X-RAY DIFFRACTION96.7851
5.728-6.5740.305250.259509X-RAY DIFFRACTION99.0724
6.574-7.9560.287310.19433X-RAY DIFFRACTION99.3576
7.956-100.141160.157344X-RAY DIFFRACTION94.4882
10.873-29.8960.26590.26242X-RAY DIFFRACTION98.8189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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