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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f61 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of human histamine receptor H3R in complex with antagonist PF03654746 | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / GPCR / histamine receptor | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Histamine receptors / histamine receptor activity / negative regulation of glutamate secretion / regulation of norepinephrine secretion / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / negative regulation of serotonin secretion / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / neurotransmitter secretion / G protein-coupled serotonin receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger ...Histamine receptors / histamine receptor activity / negative regulation of glutamate secretion / regulation of norepinephrine secretion / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / negative regulation of serotonin secretion / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / neurotransmitter secretion / G protein-coupled serotonin receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / electron transport chain / cognition / presynapse / chemical synaptic transmission / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / synapse / dendrite / heme binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Peng, X. / Zhang, H. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis for recognition of antihistamine drug by human histamine receptor. 著者: Peng, X. / Yang, L. / Liu, Z. / Lou, S. / Mei, S. / Li, M. / Chen, Z. / Zhang, H. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f61.cif.gz | 101.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f61.ent.gz | 72.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f61.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7f61_validation.pdf.gz | 910.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7f61_full_validation.pdf.gz | 920.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7f61_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7f61_validation.cif.gz | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/7f61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/7f61 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4u15S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45009.184 Da / 分子数: 1 / 変異: S121K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRH3, GPCR97 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y5N1 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 16831.879 Da / 分子数: 1 / 変異: M7W, H102I, R106L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P0ABE7 |
#3: 化合物 | ChemComp-1IB / |
#4: 化合物 | ChemComp-CLR / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.44 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 100mM sodium cacodylate trihydrate, pH6.4, 90mM sodium citrate, 34% PEG400, 2% Dichloromethane |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 16071 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 6.78 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.61 / Num. unique obs: 1448 / CC1/2: 0.522 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4u15 解像度: 2.6→29.896 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 0.6 / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.353 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.717 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.896 Å
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LS精密化 シェル |
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