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- PDB-7f5q: The crystal structure of VyPAL2 peptide asparaginyl ligase in its... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f5q
タイトルThe crystal structure of VyPAL2 peptide asparaginyl ligase in its active enzyme form
要素Peptide Asparaginyl Ligases
キーワードPLANT PROTEIN / AEP / Legumain / VyPAL2
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuolar protein processing / vacuole / proteolysis involved in protein catabolic process / cysteine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
: / Legumain, prodomain / Legumain prodomain superfamily / Asparaginyl endopeptidase / Peptidase C13, legumain / Peptidase C13 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide Asparaginyl Ligases
類似検索 - 構成要素
生物種Viola philippica (タイワンスミレ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hu, S. / Sahili, A. / Lescar, J.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore)MOE2016-T3-1-003 シンガポール
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2022
タイトル: Structural basis for proenzyme maturation, substrate recognition, and ligation by a hyperactive peptide asparaginyl ligase.
著者: Hu, S. / El Sahili, A. / Kishore, S. / Wong, Y.H. / Hemu, X. / Goh, B.C. / Zhipei, S. / Wang, Z. / Tam, J.P. / Liu, C.F. / Lescar, J.
履歴
登録2021年6月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.omega / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年5月1日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide Asparaginyl Ligases
B: Peptide Asparaginyl Ligases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,96115
ポリマ－62,2662
非ポリマー2,69613
水6,539363
1
A: Peptide Asparaginyl Ligases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2866
ポリマ－31,1331
非ポリマー1,1535
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area12030 Å2
手法PISA
2
B: Peptide Asparaginyl Ligases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6759
ポリマ－31,1331
非ポリマー1,5428
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area12350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.570, 63.880, 151.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 51 - 329 / Label seq-ID: 2 - 279

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Peptide Asparaginyl Ligases


分子量: 31132.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: D171 (forming SNN), residue 172 is HD0 (HIS + SNN)
由来: (組換発現) Viola philippica (タイワンスミレ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A509GV09

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 370分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.18 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 30% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.88 Å / Num. obs: 28255 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.419 / Net I/σ(I): 7.51
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 2.141 / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 2779 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IDV

6idv


解像度: 2.3→48.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 7.862 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.331 / ESU R Free: 0.215 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2174 1351 5 %
Rwork0.1748 26904 -
all0.176 --
obs-28250 99.96 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.446 Å20 Å20 Å2
2--1.373 Å20 Å2
3---0.073 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4327 0 192 363 4882
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4291.696293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3025555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.37324.408211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.87815696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7581510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.22066
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.23175
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2160.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0810.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7942.5522230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8513.8182781
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1832409
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9244.3653512
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.57935.9756929
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0730.059221
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.073030.0501
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.073030.0501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.266840.2531984X-RAY DIFFRACTION99.9517
2.36-2.4240.269740.2621919X-RAY DIFFRACTION100
2.424-2.4940.273980.261839X-RAY DIFFRACTION100
2.494-2.5710.268920.2331816X-RAY DIFFRACTION100
2.571-2.6550.263730.2141770X-RAY DIFFRACTION100
2.655-2.7480.2651140.2011650X-RAY DIFFRACTION100
2.748-2.8520.243810.1991633X-RAY DIFFRACTION100
2.852-2.9680.223780.1781583X-RAY DIFFRACTION99.9398
2.968-3.10.227870.1611529X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.2510.184650.161439X-RAY DIFFRACTION100
3.251-3.4270.214820.151369X-RAY DIFFRACTION100
3.427-3.6340.204650.1511317X-RAY DIFFRACTION100
3.634-3.8840.183570.1351258X-RAY DIFFRACTION100
3.884-4.1950.166560.1281166X-RAY DIFFRACTION100
4.195-4.5940.157530.1211089X-RAY DIFFRACTION100
4.594-5.1340.18540.134957X-RAY DIFFRACTION100
5.134-5.9230.236530.166867X-RAY DIFFRACTION100
5.923-7.2430.231240.177766X-RAY DIFFRACTION100
7.243-10.1970.229440.158588X-RAY DIFFRACTION100
10.197-48.880.177180.263365X-RAY DIFFRACTION99.2228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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