PDB-7f5p: The crystal structure of VyPAL2-C214A, a dead mutant of VyPAL2 pe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f5p

タイトル

The crystal structure of VyPAL2-C214A, a dead mutant of VyPAL2 peptide asparaginyl ligase in form I

要素

Peptide Asparaginyl Ligases

キーワード

PLANT PROTEIN / AEP / PAL / Legumain / Peptide ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

vacuolar protein processing / proteolysis involved in protein catabolic process / cysteine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Viola philippica (タイワンスミレ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Hu, S. / Sahili, A. / Lescar, J.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2022
タイトル: Structural basis for proenzyme maturation, substrate recognition, and ligation by a hyperactive peptide asparaginyl ligase.
著者: Hu, S. / El Sahili, A. / Kishore, S. / Wong, Y.H. / Hemu, X. / Goh, B.C. / Zhipei, S. / Wang, Z. / Tam, J.P. / Liu, C.F. / Lescar, J.

履歴

登録	2021年6月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年12月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3
改定 2.1	2023年11月29日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.2	2024年5月1日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f5p.cif.gz	142.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f5p.ent.gz	111.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f5p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f5p_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f5p_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	7f5p_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	7f5p_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/7f5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/7f5p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7f5jC 7f5qC 7fa0C 6idvS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Peptide Asparaginyl Ligases

ヘテロ分子

35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95, 81.15, 47.65
Angle α, β, γ (deg.)	90, 113.62, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Peptide Asparaginyl Ligases

分子量: 31862.428 Da / 分子数: 1 / 変異: C214A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: D171 (forming SNN), residue 172 is HD0 (HIS + SNN)
由来: (組換発現)

Viola philippica (タイワンスミレ)
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A509GV09

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 30% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40.91 Å / Num. obs: 26508 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 26.5 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 8.85
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 19.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.68 / Num. unique obs: 2523 / CC_1/2: 0.543 / % possible all: 97.63

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6IDV

6idv

解像度: 1.9→40.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU R Cruickshank DPI: 0.154 / 交差検証法: FREE R-VALUE / SU R Blow DPI: 0.152 / SU R_free Blow DPI: 0.131 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.132

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2444	1300	-	RANDOM
R_work	0.2155	-	-	-
obs	-	25954	99.3 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.335 Å²	0 Å²	-4.2826 Å²
2-	-	-5.6733 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.0083 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2209	0	214	119	2542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	2501	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.02	3425	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		877	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		412	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2501	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		380	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2162	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.28
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.95

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.91 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.408	27	-
R_work	0.4318	-	-
obs	0.4306	522	96.58 %

精密化 TLS

Origin x: 13.6714 Å / Origin y: 0.7787 Å / Origin z: 17.694 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.234 Å²	0.0365 Å²	0.1976 Å²	-	-0.304 Å²	0.0196 Å²	-	-	-0.234 Å²
L	2.0795 °²	0.1768 °²	-1.8283 °²	-	3.2418 °²	0.7913 °²	-	-	5.1068 °²
S	0.1506 Å °	0.1214 Å °	-0.2368 Å °	0.1214 Å °	-0.0706 Å °	-0.2338 Å °	-0.2368 Å °	-0.2338 Å °	-0.0799 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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