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万見
- PDB-7f4y: Crystal structure of replisomal dimer of DNA polymerase from bact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f4y
タイトルCrystal structure of replisomal dimer of DNA polymerase from bacteriophage RB69 with DNA duplexes
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*C)-3')
  • DNA polymerase
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity ...bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B ...DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Youn, H.-S. / Park, J. / An, J.Y. / Lee, Y. / Eom, S.H. / Wang, J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021R1A2C1006267 韓国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2021
タイトル: Structure of New Binary and Ternary DNA Polymerase Complexes From Bacteriophage RB69.
著者: Park, J. / Youn, H.S. / An, J.Y. / Lee, Y. / Eom, S.H. / Wang, J.
履歴
登録2021年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2021年7月14日ID: 5GNQ
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
T: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*C)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*C)-3')
B: DNA polymerase
S: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*C)-3')
Q: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,21512
ポリマ－230,9176
非ポリマー1,2986
水34,8051932
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15340 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area83450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.440, 164.440, 165.601
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1511-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase / Gp43


分子量: 105058.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
遺伝子: 43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38087, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 4分子 TSPQ

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*C)-3')


分子量: 5789.761 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*C)-3')


分子量: 4609.997 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 5種, 1938分子

#4: 化合物 ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1932 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.57 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: sodium acetate, isopropanol, magnesium chloride, sodium chloride, spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→65.41 Å / Num. obs: 130936 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 12 % / Num. unique obs: 9132 / CC1/2: 0.54 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3nci

3nci


解像度: 2.2→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 0.001 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24548 6484 5 %RANDOM
Rwork0.19356 ---
obs0.19615 124395 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.683 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.07 Å2-0 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14644 1363 79 1932 18018
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 454 -
Rwork0.34 9132 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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