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- PDB-7f4t: Crystal structure of SAM-bound TthMTA1-Ptep2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f4t
タイトルCrystal structure of SAM-bound TthMTA1-Ptep2 complex
要素
  • MT-a70 family protein
  • Ptep2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Protein Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / methyltransferase activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
MT-A70-like / MT-A70 / MT-A70-like family profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Uncharacterized protein / MT-a70 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
Paramecium tetraurelia strain d4-2 (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Chen, J. / Liu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32022047 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for MTA1c-mediated DNA N6-adenine methylation
著者: Chen, J. / Hu, R. / Chen, Y. / Lin, X. / Xiang, W. / Chen, H. / Yao, C. / Liu, L.
履歴
登録2021年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MT-a70 family protein
E: MT-a70 family protein
H: MT-a70 family protein
K: MT-a70 family protein
B: Ptep2
D: Ptep2
G: Ptep2
J: Ptep2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,90612
ポリマ－174,3128
非ポリマー1,5944
水21612
1
A: MT-a70 family protein
B: Ptep2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9773
ポリマ－43,5782
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
2
E: MT-a70 family protein
D: Ptep2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9773
ポリマ－43,5782
非ポリマー3981
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
3
H: MT-a70 family protein
G: Ptep2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9773
ポリマ－43,5782
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18530 Å2
手法PISA
4
K: MT-a70 family protein
J: Ptep2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9773
ポリマ－43,5782
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.130, 110.193, 102.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.642, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
MT-a70 family protein


分子量: 28481.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
遺伝子: MTA1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q22GC0
#2: タンパク質
Ptep2


分子量: 15096.497 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paramecium tetraurelia strain d4-2 (真核生物)
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0DWP1
#3: 化合物
ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES, pH 6.8, 0.2M NaCl, 10% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.65→50 Å / Num. obs: 18100 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 14.95 Å2 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 3.65→3.71 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.125 / Num. unique obs: 1209 / Rpim(I) all: 0.515

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7F4O

7f4o


解像度: 3.68→49.04 Å / SU ML: 0.5902 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 30.357
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3288 915 5.06 %
Rwork0.2835 17185 -
obs0.2857 18100 76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.68→49.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10605 0 108 12 10725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008110908
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.016314700
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.18641604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00411878
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7794008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.68-3.880.455540.277112X-RAY DIFFRACTION3.45
3.88-4.120.3694600.27871279X-RAY DIFFRACTION39.57
4.12-4.440.31481510.26842889X-RAY DIFFRACTION90.02
4.44-4.880.29061460.25333208X-RAY DIFFRACTION99.23
4.88-5.590.31351830.28723208X-RAY DIFFRACTION99.56
5.59-7.040.3832010.32913204X-RAY DIFFRACTION99.71
7.04-49.040.32981700.29753285X-RAY DIFFRACTION99.25
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.281324901427-0.0881124564974-0.192027782850.4007883270250.01666089864820.1331893005470.0930375587055-0.775462215110.1789157850811.052453388920.00437287624343-0.377712803521-0.05271474073690.2470976502750.1088089712411.17113612695-0.0882947299952-0.1913172374280.770237731433-0.09304804272511.22352895212-22.0835634699-25.59735354118.37362514231
21.412264834840.01367656927940.03380751113271.343414816630.3454790293220.717778600002-0.172367185651-0.111676246285-0.3485477857130.0608713926869-0.1567311003270.1098395632150.0969602141584-0.02456200632010.05072578683780.09412889009570.05545276245360.3392207151280.00741036675540.282909782282-0.0629701654752-27.676559407-13.7179322751-20.4355084708
30.359908809722-0.0633708215475-0.2529078010511.153416205390.5734361261160.8594132023110.4202785551060.06407852922520.2623066594530.257503513508-0.366697717079-0.267809650396-0.5774214863290.193110896573-0.00549325767159-0.6730330274290.286484374665-0.381364915657-0.0328617256670.0917945744787-0.315783616012-29.0352731809-2.17077610613-28.0287413396
40.6617427576450.0874109250933-0.1282406888510.91703640130.003423764344750.242648709482-0.1505716347710.4523608430290.413972571719-0.197609688765-0.469886472582-0.218870682771-0.4875329365060.478512518032-0.0199432330622-0.3849759673340.2305797777160.218244253716-0.122749346656-0.07745619512140.0722105059052-36.28114291828.3440663872-22.3024656298
50.8787144257340.235953155119-0.2801785576871.58737148880.2144289374960.9082231585890.0435135852593-0.3790454802170.2236000053530.695915116252-0.09017503224440.101509018052-0.2721188934820.222926538606-0.06173918914880.226730030004-0.08602392208290.05371567503110.0735720271733-0.07471594575970.106848440489-37.92996014211.0240131402-10.0372800862
61.28508194751-0.237857176465-0.6697291073041.617058207580.2745793878060.3502968003470.01327076104960.09851954923740.01703088005140.228539659521-0.1590615555960.0905574632-0.04656948280980.02572117434810.02596801269140.3769175364080.0101534350222-0.04287446599740.1874909611510.001089063482280.152252776058-44.6244628254-0.529213978687-18.717850447
70.547387251024-0.339321464904-0.1862208556370.7139934611140.009795289576840.1942074709590.326504965406-0.03368967430790.01127152957370.1644947347680.148694394390.173739640722-0.0042905560092-0.3733085701460.0200097677143-0.4497387219110.8428711316530.737932689762-1.16314540452-0.975298200326-0.636758693302-37.0609857609-7.85261584274-19.3093396083
80.002316625134-0.02951173571910.03345227583530.449345577689-0.5715342493610.7099242603830.196885868713-0.15878228819-0.2484352306640.34161036233-0.285196467932-0.327579628051-0.1168132077410.5128486844570.2149685373931.15495080323-0.0216244903210.3164363997851.424605367830.4945014408351.1951149076820.8108083651-21.9197713946-16.7436735759
90.706036578670.0387328643106-0.3101063975391.31533048139-0.3668425261531.47360762005-0.3423468288610.006682803091140.4492779006890.0701789233278-0.478731865873-0.0612628369719-0.6522438474430.104642638301-0.003188562734860.136966695451-0.03564330671660.00974824916873-0.4052743727010.336048246659-0.0586320945305-7.93965852512-16.3192621759-39.7026871259
101.321167703840.0916142093074-0.1925799429561.179888673460.3277099564841.042323436640.200042504790.0806464362561-0.369401571913-0.0305042847608-1.01407079824-0.450882047707-0.2959931882980.6151538094440.05311309776920.3385034060610.2884268135370.265308046330.0836599351935-0.451868350663-0.453287561231-11.1670216957-29.685181649-43.7469504444
110.3845808719710.09403888307080.07001990749970.03058866413020.02353548062470.0112297202595-0.0036528488253-0.162396685931-0.06262789525550.0537708983391-0.169160153769-0.748443881006-0.09523953576370.7308257698420.03889335492181.031532356540.141042124311-0.2004354215781.0548091209-0.004572307257151.78570252865-11.6112444729-19.07262380678.58711522048
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 140 through 166 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 167 through 189 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 190 through 246 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 247 through 280 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 281 through 307 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 308 through 335 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 336 through 372 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 140 through 165 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 166 through 231 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 232 through 372 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 140 through 165 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 166 through 187 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 188 through 291 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 292 through 327 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 328 through 372 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'K' and (resid 140 through 165 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'K' and (resid 166 through 198 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'K' and (resid 199 through 246 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'K' and (resid 247 through 372 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 4 through 35 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 36 through 57 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 58 through 102 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 103 through 128 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 4 through 43 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 44 through 61 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 62 through 68 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 69 through 77 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 78 through 86 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 87 through 91 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 92 through 96 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 97 through 117 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 118 through 128 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 5 through 43 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 44 through 128 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'J' and (resid 5 through 57 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'J' and (resid 58 through 100 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'J' and (resid 101 through 128 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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