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- PDB-7f4r: Crystal structure of MTA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f4r
タイトルCrystal structure of MTA1
要素MT-a70 family protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Protein Complex
機能・相同性MT-A70-like / MT-A70 / MT-A70-like family profile. / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / methyltransferase activity / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / nucleus / MT-a70 family protein
機能・相同性情報
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Chen, J. / Liu, L.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for MTA1c-mediated DNA N6-adenine methylation
著者: Chen, J. / Hu, R. / Chen, Y. / Lin, X. / Xiang, W. / Chen, H. / Yao, C. / Liu, L.
履歴
登録2021年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MT-a70 family protein
B: MT-a70 family protein
C: MT-a70 family protein
D: MT-a70 family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4544
ポリマ－92,4544
非ポリマー00
水9,746541
1
A: MT-a70 family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1131
ポリマ－23,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MT-a70 family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1131
ポリマ－23,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: MT-a70 family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1131
ポリマ－23,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: MT-a70 family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1131
ポリマ－23,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.872, 112.947, 81.851
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
MT-a70 family protein / MTA1MTase


分子量: 23113.408 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q22GC0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.66 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.15M potassium sodium tartrate, 18% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 54422 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 18.39 Å2 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 11.79
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 3299 / Rpim(I) all: 0.41

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7F4O

7f4o


解像度: 1.83→28.73 Å / SU ML: 0.2199 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 26.4044
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2406 1999 3.67 %
Rwork0.2099 52423 -
obs0.211 54422 76.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→28.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5719 0 0 541 6260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01385844
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.40427873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.3128822
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00641017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.63992177
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.83-1.880.3215720.27851898X-RAY DIFFRACTION38.85
1.88-1.930.3394870.26172270X-RAY DIFFRACTION46.99
1.93-1.980.31161000.24912618X-RAY DIFFRACTION53.86
1.98-2.050.3251150.2523008X-RAY DIFFRACTION61.24
2.05-2.120.29091260.24463307X-RAY DIFFRACTION68.3
2.12-2.210.28441360.23173576X-RAY DIFFRACTION73.48
2.21-2.310.27191600.22724195X-RAY DIFFRACTION85.98
2.31-2.430.25461700.22974451X-RAY DIFFRACTION91.54
2.43-2.580.26681740.2284564X-RAY DIFFRACTION93.19
2.58-2.780.26861670.23294392X-RAY DIFFRACTION90.08
2.78-3.060.23371680.22994383X-RAY DIFFRACTION89.99
3.06-3.50.231730.20824543X-RAY DIFFRACTION92.47
3.5-4.410.18821710.1654488X-RAY DIFFRACTION91.51
4.41-28.730.19851800.17864730X-RAY DIFFRACTION95.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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