PDB-7f3z: Double mutant Plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f3z

タイトル

Double mutant Plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (PfDHFR-TS-K1, C59R+S108N) complexed with Trimethoprim (TOP), NADPH and dUMP

要素

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / PfDHFR / Trimethoprim / dihydrofolate reductase / Plasmodium falciparum

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Vanichtanankul, J. / Tanramluk, D. / Chitnumsub, P. / Yuvaniyama, J. / Yuthavong, Y.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: MANORAA: A machine learning platform to guide protein-ligand design by anchors and influential distances.
著者: Tanramluk, D. / Pakotiprapha, D. / Phoochaijaroen, S. / Chantravisut, P. / Thampradid, S. / Vanichtanankul, J. / Narupiyakul, L. / Akavipat, R. / Yuvaniyama, J.

履歴

登録	2021年6月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f3z.cif.gz	250.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f3z.ent.gz	192.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f3z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f3z_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f3z_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	7f3z_validation.xml.gz	42 KB	表示
CIF形式データ	7f3z_validation.cif.gz	58.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/7f3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/7f3z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7f3yC 3qgtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3jsu-d 3um8-d 3dga-d 3qgt-d 3dg8-d 1j3j-d 6a2o-d 4dpd-d 7f3y-d 3um6-d 3um5-d 6a2k-d 6lhi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (8) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

147 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.332, 153.739, 164.119
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 分子量: 71909.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: dhfr-ts / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3S7P8

-
非ポリマー , 5種, 202分子

#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-TOP / TRIMETHOPRIM / トリメトプリム分子量: 290.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₄H₁₈N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 28.5% PEG4000, 0.8 M CH3COONH4 0.08 M CH3COONa

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→51.54 Å / Num. obs: 43724 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.17 % / CC_1/2: 0.994 / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / Num. unique obs: 3746 / CC_1/2: 0.523

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QGT

3qgt

解像度: 2.6→39.782 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 13.308 / SU ML: 0.269 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.869 / ESU R Free: 0.323 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2531	2178	4.989 %
R_work	0.1979	41482	-
all	0.201	-	-
obs	-	43660	97.373 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.552 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.322 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.724 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.402 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.782 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9110	0	190	194	9494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	9520
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8932
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.602	1.646	12872
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.166	1.586	20560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.213	5	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.228	23.808	520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	4.694	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.775	15	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.773	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10672
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1896
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	8762
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	4366
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	4580
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.096	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.248	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.24	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.772	5.916	4378
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.768	5.915	4377
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.714	8.867	5462
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.713	8.868	5463
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.869	6.246	5142
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.869	6.246	5143
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.915	9.218	7410
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.915	9.218	7411
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.255	65.8	10470
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.242	65.799	10457

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.667	0.313	128	0.284	2385	X-RAY DIFFRACTION	76.9914
2.667-2.74	0.354	138	0.285	2832	X-RAY DIFFRACTION	94.0469
2.74-2.82	0.319	162	0.261	2927	X-RAY DIFFRACTION	98.5013
2.82-2.907	0.291	141	0.238	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.907-3.002	0.285	147	0.239	2764	X-RAY DIFFRACTION	98.8791
3.002-3.107	0.344	154	0.233	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.107-3.224	0.303	136	0.221	2562	X-RAY DIFFRACTION	99.1547
3.224-3.356	0.299	118	0.222	2520	X-RAY DIFFRACTION	99.4721
3.356-3.505	0.253	108	0.209	2409	X-RAY DIFFRACTION	100
3.505-3.676	0.312	132	0.218	2270	X-RAY DIFFRACTION	99.5854
3.676-3.874	0.259	108	0.204	2207	X-RAY DIFFRACTION	99.7415
3.874-4.109	0.222	116	0.195	2072	X-RAY DIFFRACTION	99.772
4.109-4.393	0.215	105	0.169	1958	X-RAY DIFFRACTION	99.8065
4.393-4.744	0.163	112	0.142	1826	X-RAY DIFFRACTION	99.8969
4.744-5.196	0.209	76	0.15	1704	X-RAY DIFFRACTION	100
5.196-5.807	0.281	88	0.194	1541	X-RAY DIFFRACTION	99.8774
5.807-6.703	0.249	73	0.21	1373	X-RAY DIFFRACTION	99.793
6.703-8.202	0.276	61	0.184	1189	X-RAY DIFFRACTION	99.4431
8.202-11.57	0.175	47	0.119	928	X-RAY DIFFRACTION	98.8844
11.57-39.782	0.251	28	0.222	514	X-RAY DIFFRACTION	90.7873

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関連情報:EMDBヘッダ

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