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- PDB-7f3y: Wild-type Plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidyla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f3y
タイトルWild-type Plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (PfDHFR-TS) complexed with methotrexate (MTX), NADPH and dUMP
要素Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / PfDHFR / methotrexate / dihydrofolate reductase / Plasmodium falciparum
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional dihydrofolate reductase/thymidylate synthase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. ...Bifunctional dihydrofolate reductase/thymidylate synthase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
METHOTREXATE / Chem-NDP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.252 Å
データ登録者Vanichtanankul, J. / Tanramluk, D. / Yuvaniyama, J. / Yuthavong, Y.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: MANORAA: A machine learning platform to guide protein-ligand design by anchors and influential distances.
著者: Tanramluk, D. / Pakotiprapha, D. / Phoochaijaroen, S. / Chantravisut, P. / Thampradid, S. / Vanichtanankul, J. / Narupiyakul, L. / Akavipat, R. / Yuvaniyama, J.
履歴
登録2021年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,31111
ポリマ－143,6562
非ポリマー3,6559
水9,836546
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15480 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area46680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.678, 154.403, 164.165
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase


分子量: 71828.000 Da / 分子数: 2 / 断片: fragment 148 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: DHFR-TS, dhfr-ts / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7UD81

-
非ポリマー , 5種, 555分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト


分子量: 454.439 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 化学療法薬*YM
#4: 化合物 ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 %
結晶化温度: 297 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: PEG3350, litium chloride, sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 66860 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Num. unique obs: 6268 / CC1/2: 0.926

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QGT

3qgt


解像度: 2.252→27.577 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.895 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.218 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2329 3247 4.999 %
Rwork0.1822 61703 -
all0.185 --
obs-64950 93.932 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 42.303 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.432 Å20 Å2-0 Å2
2--0.085 Å20 Å2
3---0.347 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.252→27.577 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9075 0 247 546 9868
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0139546
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178921
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6131.64612912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2671.58520543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.75551087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.63323.786515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg2.489102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.411151706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4341536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0210725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022293
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21828
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1920.28691
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.24506
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.24461
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0210.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2390.228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2420.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1710.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1034.2644375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1034.2654376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.4766.365453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.4756.3615454
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0934.6075171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0924.6075172
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.456.7157459
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.4496.7157460
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.38747.02610766
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.39246.93510662
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.252-2.3110.2721980.2273694X-RAY DIFFRACTION77.8867
2.311-2.3740.2842360.2334006X-RAY DIFFRACTION85.6624
2.374-2.4430.2922020.2124000X-RAY DIFFRACTION88.2588
2.443-2.5180.2771770.2154062X-RAY DIFFRACTION91.0634
2.518-2.6010.3382270.2213835X-RAY DIFFRACTION90.1665
2.601-2.6920.2812080.2173918X-RAY DIFFRACTION93.6876
2.692-2.7930.2621970.2073836X-RAY DIFFRACTION96.276
2.793-2.9070.2721960.1913749X-RAY DIFFRACTION97.048
2.907-3.0370.2781980.1923665X-RAY DIFFRACTION98.4957
3.037-3.1850.2461770.1843494X-RAY DIFFRACTION98.2339
3.185-3.3570.2221750.183362X-RAY DIFFRACTION98.6611
3.357-3.560.231510.183195X-RAY DIFFRACTION98.9648
3.56-3.8060.1961740.1642984X-RAY DIFFRACTION99.2458
3.806-4.110.2071380.1612800X-RAY DIFFRACTION98.69
4.11-4.5020.1821460.1462570X-RAY DIFFRACTION99.0879
4.502-5.0330.1751250.1462384X-RAY DIFFRACTION99.6426
5.033-5.8090.211080.1732102X-RAY DIFFRACTION98.9257
5.809-7.110.2321010.1861816X-RAY DIFFRACTION100
7.11-10.0360.2750.1611424X-RAY DIFFRACTION99.8668
10.036-27.5770.27380.214808X-RAY DIFFRACTION93.3775

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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