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- PDB-7f3v: Crystal structure of YfiH with C107A mutation in complex with end... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f3v
タイトルCrystal structure of YfiH with C107A mutation in complex with endogenous UDP-MurNAc
要素Purine nucleoside phosphorylase YfiH
キーワードHYDROLASE / DUF152 / amidase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; ジフェノール類縁体を供与体とする; 酸素が電子受容体 / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / adenosine deaminase / adenosine deaminase activity / peptidoglycan metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor ...酸化還元酵素; ジフェノール類縁体を供与体とする; 酸素が電子受容体 / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / adenosine deaminase / adenosine deaminase activity / peptidoglycan metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / outer membrane-bounded periplasmic space / copper ion binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Multi-copper polyphenol oxidoreductase / Multi-copper polyphenol oxidoreductase superfamily / Multi-copper polyphenol oxidoreductase laccase / Cytotoxic necrotizing factor-like, catalytic
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EPZ / PHOSPHATE ION / Purine nucleoside phosphorylase YfiH
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Lee, M.S. / Hsieh, K.Y. / Chang, C.I.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用
ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for the Peptidoglycan-Editing Activity of YfiH.
著者: Lee, M.S. / Hsieh, K.Y. / Kuo, C.I. / Lee, S.H. / Garde, S. / Reddy, M. / Chang, C.I.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the peptidoglycan editing activity of YfiH
著者: Lee, M.S. / Hsieh, K.Y. / Kuo, C.I. / Lee, S.H. / Chang, C.I.
履歴
登録2021年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.year
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase YfiH
B: Purine nucleoside phosphorylase YfiH
C: Purine nucleoside phosphorylase YfiH
D: Purine nucleoside phosphorylase YfiH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,78012
ポリマ－109,6284
非ポリマー3,1528
水15,097838
1
A: Purine nucleoside phosphorylase YfiH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1813
ポリマ－27,4071
非ポリマー7742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10450 Å2
手法PISA
2
B: Purine nucleoside phosphorylase YfiH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1813
ポリマ－27,4071
非ポリマー7742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10040 Å2
手法PISA
3
C: Purine nucleoside phosphorylase YfiH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2093
ポリマ－27,4071
非ポリマー8022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10290 Å2
手法PISA
4
D: Purine nucleoside phosphorylase YfiH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2093
ポリマ－27,4071
非ポリマー8022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.949, 98.831, 136.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Purine nucleoside phosphorylase YfiH / Adenosine deaminase YfiH / Polyphenol oxidase YfiH / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase YfiH


分子量: 27406.998 Da / 分子数: 4 / 変異: C107A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33644, adenosine deaminase
#2: 化合物
ChemComp-EPZ / (2R)-2-{[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-(acetylamino)-2-{[(S)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}propanoic acid / UDP-N-アセチルムラミン酸


分子量: 679.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H31N3O19P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 838 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2M ammonium sulfate, 100 mM sodium phosphate at pH 5.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→50 Å / Num. obs: 149115 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.965 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rpim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 40.08
反射 シェル解像度: 1.47→1.52 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 10787 / CC1/2: 0.854 / Rpim(I) all: 0.27 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z9T

1z9t


解像度: 1.47→34.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.381 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2136 7531 5 %RANDOM
Rwork0.1852 ---
obs0.1866 141889 92.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.57 Å2 / Biso mean: 16.416 Å2 / Biso min: 6.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å2-0 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→34.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7277 0 202 838 8317
Biso mean--14.61 26.32 -
残基数----955
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0137679
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8571.64810467
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5081.57916333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8915953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.84621.32394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.146151150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9511557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21001
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.028739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021799
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.505 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 356 -
Rwork0.255 7130 -
obs--63.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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