PDB-7f3n: Structure of PopP2 in apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f3n

タイトル

Structure of PopP2 in apo form

要素

Type III effector protein popp2

キーワード

TRANSFERASE / YopJ / PopP2 / acetyltransferase

機能・相同性

Serine/Threonine acetyltransferase, YopJ / YopJ Serine/Threonine acetyltransferase / acyltransferase activity / Type III effector protein popp2

機能・相同性情報

生物種

Ralstonia solanacearum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35185590332 Å

データ登録者

Xia, Y. / Zhang, Z.M.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Secondary-structure switch regulates the substrate binding of a YopJ family acetyltransferase.
著者: Xia, Y. / Zou, R. / Escouboue, M. / Zhong, L. / Zhu, C. / Pouzet, C. / Wu, X. / Wang, Y. / Lv, G. / Zhou, H. / Sun, P. / Ding, K. / Deslandes, L. / Yuan, S. / Zhang, Z.M.

履歴

登録	2021年6月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f3n.cif.gz	132 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f3n.ent.gz	85.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f3n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f3n_validation.pdf.gz	428 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f3n_full_validation.pdf.gz	430.3 KB	表示
XML形式データ	7f3n_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	7f3n_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/7f3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/7f3n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w3tS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5zva-1 5zvb-1 4hyi-d 4ftr-d 4ikc-d 6i92-d 2h5i-d 5dok-1 1zlt-d 4ftn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Type III effector protein popp2

37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.36, 89.36, 79.871
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-525- HOH

#1: タンパク質	Type III effector protein popp2 分子量: 37738.668 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 149-488 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (strain GMI1000) (バクテリア) 株: GMI1000 / 遺伝子: popP2, RSc0868 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y125
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 Hepeps, pH7.5, 50 mM MgCl2, 30% PEG55OMME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 15654 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.2 % / CC_1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / Num. unique obs: 1503 / CC_1/2: 0.898

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692+SVN	精密化
HKL-2000		データスケーリング
Coot		モデル構築
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5W3T

5w3t

解像度: 2.35185590332→35.4887640895 Å / SU ML: 0.254941632031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38062729577 / 位相誤差: 24.4818682495

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231361943868	1562	9.98976720389 %
R_work	0.19293203813	14074	-
obs	0.196863902294	15636	99.82761923 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.7970177276 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35185590332→35.4887640895 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1853	0	0	34	1887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00378195838651	1880
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.775254211399	2543
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0275224075521	296
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00387596262214	338
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.382475487	696

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3519-2.4277	0.299751045448	136	0.269985389055	1225	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4277-2.5145	0.30336225595	138	0.244037625621	1266	X-RAY DIFFRACTION	99.9288256228
2.5145-2.6151	0.266261527998	139	0.247792183118	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6151-2.7341	0.255824280238	136	0.255350343927	1257	X-RAY DIFFRACTION	99.8566308244
2.7341-2.8782	0.319527789412	142	0.23818243833	1281	X-RAY DIFFRACTION	99.9297752809
2.8782-3.0584	0.291974507584	141	0.241279773899	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0584-3.2944	0.26556511259	147	0.236908156592	1267	X-RAY DIFFRACTION	99.7882851094
3.2944-3.6257	0.222919978117	144	0.206157990307	1288	X-RAY DIFFRACTION	99.8605299861
3.6257-4.1496	0.211471028752	144	0.164711959872	1280	X-RAY DIFFRACTION	99.7198879552
4.1496-5.2254	0.18379931253	146	0.14699518146	1309	X-RAY DIFFRACTION	99.9313186813
5.2254-35.48	0.21452489021	149	0.167008271743	1354	X-RAY DIFFRACTION	99.1424802111

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7316922597	0.592597666188	-1.34693178158	2.21808118446	-2.48510910796	5.36390758173	-0.513687459997	0.843624711002	0.596187495226	-0.310544233025	0.771525985392	-0.0269166034843	0.0706315813754	1.05782768851	0.326756199793	0.658587255432	-0.424295565358	-0.117487950333	0.473697881702	0.133940470738	0.481873415919	-19.9025546149	196.532766523	8.27259545924
2	2.46268850298	-0.331997233587	0.960450529706	5.44848831195	1.56130864859	4.9106960349	0.120339164672	-0.153376279683	-0.0482868483975	-0.696069402905	0.377666027294	1.08461344966	-0.378814132616	-0.468487475972	-0.208599191363	0.549054524931	-0.153653232578	-0.204588715754	0.391681823546	0.151394667498	0.560300312142	-37.2545250337	186.663485271	12.4314787463
3	5.68895715542	-1.01850705107	-0.850694390417	3.0823036005	1.65609711737	1.88540669846	-1.10325960185	-0.278547823559	-0.130036639692	0.362215082345	0.45103443709	1.01643872468	-0.225947081014	0.000798696231247	-0.218014957339	0.705669934398	-0.178554081316	-0.200040014382	0.446634034931	0.179726274915	0.649009792429	-39.7973062152	173.522691438	15.8103198081
4	3.39109343712	1.81998136295	-1.01767196776	5.19137722008	0.234433896878	1.82155442473	0.178887998166	0.0877066580818	-0.501528721656	-0.395043582506	0.482923122098	0.282516144293	0.795564263638	-0.0247021615714	-0.155318713	0.793264670452	-0.205189072988	-0.313065258606	0.349769498306	0.0973219322781	0.540560642038	-32.4370744134	174.531573277	10.5589602152
5	3.0266783704	1.35483460615	1.26975279428	4.23102043278	0.0455335757687	2.12726887823	-0.277354439225	0.505276157207	-0.0130070896393	-0.757545105327	0.867601914881	0.232560169606	0.412118515456	0.250271397988	-0.330143902505	0.798117165375	-0.188075760936	-0.175242847546	0.55225723879	0.0970964645558	0.414498483001	-27.9784303457	183.50471833	6.31557822358

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 146 through 208 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 209 through 268 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 269 through 305 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 306 through 351 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 352 through 484 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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