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- PDB-7f3h: Crystal structure of cytochrome P450DA heme domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f3h
タイトルCrystal structure of cytochrome P450DA heme domain
要素Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome P450
機能・相同性PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / SERINE
機能・相同性情報
生物種Deinococcus aerius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wan, N.W.
引用
ジャーナル: Catalysis Science And Technology / 年: 2022
タイトル: Directed evolution of cytochrome P450DA hydroxylase activity for stereoselective biohydroxylation
著者: Wan, N.W. / Cui, H.B. / Zhao, L. / Shan, J. / Chen, K. / Wang, Z.Q. / Zhou, X.J. / Cui, B.D. / Han, W.Y. / Chen, Y.Z.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of cytochrome P450DA heme domain
著者: Wan, N.W.
履歴
登録2021年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
C: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
D: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,60212
ポリマ－227,7434
非ポリマー2,8598
水4,828268
1
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7444
ポリマ－56,9361
非ポリマー8093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6573
ポリマ－56,9361
非ポリマー7222
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5522
ポリマ－56,9361
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6483
ポリマ－56,9361
非ポリマー7132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)426.301, 62.799, 95.188
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 190 or resid 207...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 3 through 190 or resid 207...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 3 through 401 or resid 403 through 463 or resid 501))
d_4ens_1(chain "D" and (resid 3 through 190 or resid 207...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ARGMETA1 - 188
d_12ens_1ALAGLYA205 - 399
d_13ens_1ARGSERA402 - 462
d_14ens_1HEMHEMB
d_21ens_1ARGMETC1 - 188
d_22ens_1ALAGLYC200 - 394
d_23ens_1ARGPHEC396 - 455
d_24ens_1SERSERD1
d_25ens_1HEMHEME
d_31ens_1ARGGLYF1 - 383
d_32ens_1ARGSERF385 - 445
d_33ens_1HEMHEMG
d_41ens_1ARGMETH1 - 188
d_42ens_1ALAGLYH205 - 399
d_43ens_1ARGSERH401 - 461
d_44ens_1HEMHEMI

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999478112637, 0.0321056427637, -0.00356792132937), (0.0076023064744, 0.341128051608, 0.939986094228), (0.0313959757956, 0.939468402933, -0.341194098125)279.801369619, -23.5307734196, 27.3659891856
2given(0.995306978272, -0.0312609670729, 0.0915793150259), (-0.0966294064545, -0.270467535221, 0.95786745962), (-0.00517463150305, -0.962221421674, -0.272218953895)24.6164170639, -20.6473961671, 2.32871691594
3given(-0.994748055585, 0.094968234183, -0.0381751280968), (0.0987397653281, 0.792144295097, -0.602293843973), (-0.026958572885, -0.602900033373, -0.797361138448)306.030651152, -10.3465406113, 17.7118452889

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要素

#1: タンパク質
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase


分子量: 56935.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Deinococcus aerius (バクテリア) / 遺伝子: DAERI_140002 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-SER / SERINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES 6.5, 8 % w/v Polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 80038 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 33.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.798 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 3685 / Rpim(I) all: 0.273 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1_3865精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1zoa

1zoa


解像度: 2.5→29 Å / SU ML: 0.2997 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.63 / 位相誤差: 24.4895
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2459 1929 2.41 %
Rwork0.1998 78109 -
obs0.2009 80038 89.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14723 0 193 268 15184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011415325
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.587420859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07582212
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01112724
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.29872075
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.13188570042
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.888995363279
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.16039787345
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.560.2889890.2263619X-RAY DIFFRACTION59.24
2.56-2.630.30811000.24114105X-RAY DIFFRACTION66.29
2.63-2.710.28221120.23734563X-RAY DIFFRACTION73.66
2.71-2.80.27011220.2324844X-RAY DIFFRACTION79.09
2.8-2.90.31161360.23875365X-RAY DIFFRACTION86.96
2.9-3.010.29051400.24025798X-RAY DIFFRACTION93.29
3.01-3.150.2791500.22486011X-RAY DIFFRACTION96.39
3.15-3.320.25011490.22746031X-RAY DIFFRACTION97.6
3.32-3.520.30441520.21356151X-RAY DIFFRACTION98.55
3.52-3.80.26291530.20466157X-RAY DIFFRACTION98.87
3.8-4.180.26031530.18576251X-RAY DIFFRACTION99.36
4.18-4.780.19421540.16096293X-RAY DIFFRACTION99.48
4.78-6.010.19461570.18096325X-RAY DIFFRACTION99.36
6.01-290.19861620.1726596X-RAY DIFFRACTION98.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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