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万見
- PDB-7f3a: Arabidopsis thaliana GH1 beta-glucosidase AtBGlu42 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f3a
タイトルArabidopsis thaliana GH1 beta-glucosidase AtBGlu42
要素Beta-glucosidase 42
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase family 1 / beta-glucosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


induced systemic resistance, ethylene mediated signaling pathway / positive regulation of defense response / response to iron ion starvation / secondary metabolic process / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / response to bacterium / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-glucosidase 42
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Horikoshi, S. / Saburi, W. / Yu, J. / Yao, M.
引用ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2022
タイトル: Substrate specificity of glycoside hydrolase family 1 beta-glucosidase AtBGlu42 from Arabidopsis thaliana and its molecular mechanism.
著者: Horikoshi, S. / Saburi, W. / Yu, J. / Matsuura, H. / Cairns, J.R.K. / Yao, M. / Mori, H.
履歴
登録2021年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase 42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5995
ポリマ－56,2311
非ポリマー3684
水7,242402
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.690, 93.106, 60.931
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucosidase 42 / AtBGLU42


分子量: 56230.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: BGLU42, At5g36890, MLF18.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FIW4, beta-glucosidase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 9% (w/v) PEG 8000, 0.1 M calcium acetate, 0.05 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.553 Å / Num. obs: 53471 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 6.76 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 15.14
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 5.87 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 8612 / CC1/2: 0.783 / Rrim(I) all: 0.849 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3gno

3gno


解像度: 1.7→46.553 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1798 1999 3.74 %
Rwork0.1601 51472 -
obs0.1609 53471 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.76 Å2 / Biso mean: 25.9446 Å2 / Biso min: 13.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→46.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3865 0 24 402 4291
Biso mean--30.41 34.59 -
残基数----477
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree error
1.7-1.74250.30721420.257436760
1.7425-1.78960.25371440.221536720
1.7896-1.84230.24221410.202436410
1.8423-1.90180.24111430.190736710
1.9018-1.96970.21571410.183336510
1.9697-2.04860.22211420.182836660
2.0486-2.14180.20581430.161636820
2.1418-2.25480.17751430.158836700
2.2548-2.3960.20611430.166736750
2.396-2.5810.18741420.160436700
2.581-2.84070.19541420.164236640
2.8407-3.25170.19211440.153736840
3.2517-4.09640.14881440.136737140
4.0964-46.5530.13231450.14653736

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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