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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f30 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of OxdB E85A in complex with Z-2- (3-bromophenyl) propanal oxime | ||||||
![]() | Phenylacetaldoxime dehydratase | ||||||
![]() | LYASE / Aldoxime dehydratase / heme | ||||||
機能・相同性 | phenylacetaldoxime dehydratase / phenylacetaldoxime dehydratase activity / Haem-containing dehydratase / Haem-containing dehydratase / metal ion binding / Z-2-(3-bromophenyl) propanal oxime / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Phenylacetaldoxime dehydratase![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Muraki, N. / Matsui, D. / Asano, Y. / Aono, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structural analysis of aldoxime dehydratase from Bacillus sp. OxB-1: Importance of surface residues in optimization for crystallization. 著者: Matsui, D. / Muraki, N. / Chen, K. / Mori, T. / Ingram, A.A. / Oike, K. / Groger, H. / Aono, S. / Asano, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7f2yC ![]() 7f2zC ![]() 3a15S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41670.863 Da / 分子数: 1 / 変異: E85A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: OxB-1 / 遺伝子: oxd / プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-0WQ / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.6 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 30% (w/v) polyethylene glycol 4,000, 0.1 M Tris pH8.5, and 0.2 M magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91939 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40.792 Å / Num. obs: 22681 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 31.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05767 / Rpim(I) all: 0.03633 / Rrim(I) all: 0.06835 / Net I/σ(I): 14.41 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5143 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique obs: 2264 / CC1/2: 0.827 / Rpim(I) all: 0.3174 / Rrim(I) all: 0.6058 / % possible all: 99.87 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3a15 解像度: 2→40.792 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40.792 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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