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- PDB-7f2z: Crystal structure of OxdB E85A mutant (form II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f2z
タイトルCrystal structure of OxdB E85A mutant (form II)
要素Phenylacetaldoxime dehydratase
キーワードLYASE / Aldoxime dehydratase / heme
機能・相同性phenylacetaldoxime dehydratase / phenylacetaldoxime dehydratase activity / Haem-containing dehydratase / Haem-containing dehydratase / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Phenylacetaldoxime dehydratase
機能・相同性情報
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Muraki, N. / Matsui, D. / Asano, Y. / Aono, S.
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structural analysis of aldoxime dehydratase from Bacillus sp. OxB-1: Importance of surface residues in optimization for crystallization.
著者: Matsui, D. / Muraki, N. / Chen, K. / Mori, T. / Ingram, A.A. / Oike, K. / Groger, H. / Aono, S. / Asano, Y.
履歴
登録2021年6月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylacetaldoxime dehydratase
B: Phenylacetaldoxime dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5754
ポリマ－83,3422
非ポリマー1,2332
水1,44180
1
A: Phenylacetaldoxime dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2872
ポリマ－41,6711
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14500 Å2
手法PISA
2
B: Phenylacetaldoxime dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2872
ポリマ－41,6711
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.662, 62.662, 359.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Phenylacetaldoxime dehydratase


分子量: 41670.863 Da / 分子数: 2 / 変異: E85A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus sp. (strain OxB-1) (バクテリア)
株: OxB-1 / 遺伝子: oxd / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P82604, EC: 4.99.1.7
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.0 M sodium citrate and 0.1M sodium cacodylate pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→39.919 Å / Num. obs: 37816 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 49.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07735 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.8271 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique obs: 3621 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A15

3a15


解像度: 2.3→39.92 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1890 5 %Random selection
Rwork0.182 ---
obs0.184 37815 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5313 0 86 80 5479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9417673
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2723233
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006982
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35740.39771280.34782440X-RAY DIFFRACTION97
2.3574-2.42110.33011330.27012535X-RAY DIFFRACTION100
2.4211-2.49240.30131310.25782497X-RAY DIFFRACTION100
2.4924-2.57280.3421320.23072514X-RAY DIFFRACTION100
2.5728-2.66470.33851330.22582515X-RAY DIFFRACTION100
2.6647-2.77140.30361330.22462531X-RAY DIFFRACTION100
2.7714-2.89750.27621340.22192540X-RAY DIFFRACTION100
2.8975-3.05020.2991330.22072545X-RAY DIFFRACTION100
3.0502-3.24120.23871360.19932568X-RAY DIFFRACTION100
3.2412-3.49140.26051360.18792588X-RAY DIFFRACTION100
3.4914-3.84250.2371350.16572565X-RAY DIFFRACTION100
3.8425-4.39790.1971370.14432597X-RAY DIFFRACTION100
4.3979-5.53850.18291400.13912668X-RAY DIFFRACTION100
5.5385-39.9190.19451490.16152822X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5531-0.0321-0.18052.67740.47283.867-0.0403-0.4001-0.3109-0.00340.0769-0.02310.122-0.3336-0.00510.2208-0.0255-0.00480.32760.08430.29147.2483-22.841215.0956
22.9407-0.11180.15592.8601-0.11833.2364-0.17830.03020.0280.0174-0.01240.0754-0.324-0.07950.17780.22440.0207-0.00490.47730.01210.2902-28.4241-15.132646.9372
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN 'A' AND RESID 1 THROUGH 339)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN 'B' AND RESID 1 THROUGH 339)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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