PDB-7f2h: Crystal structure of the sensor domain of VbrK from Vibrio rotife...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f2h

タイトル

Crystal structure of the sensor domain of VbrK from Vibrio rotiferianus (crystal type 2)

要素

Histidine kinase

キーワード

SIGNALING PROTEIN /

sensor domain (センサ) / beta-lactam antibiotic receptor /

S-nitrosylation

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay sensor kinase activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio rotiferianus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Cho, S.Y. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the antibiotic- and nitrite-responsive histidine kinase VbrK sensor domain from Vibrio rotiferianus.
著者: Cho, S.Y. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2021年6月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f2h.cif.gz	212.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f2h.ent.gz	141.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f2h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f2h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7f2gC 7cusS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (6) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Histidine kinase

B: Histidine kinase

50.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histidine kinase

登録者が定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histidine kinase

登録者が定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.483, 49.727, 199.989
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 21 through 31 or (resid 32...	A	A	21 - 74	6 - 59
1	2	LEU	LEU	TYR	TYR	(chain 'A' and (resid 21 through 31 or (resid 32...	A	A	77 - 78	62 - 63
1	3	LEU	LEU	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 21 through 31 or (resid 32...	A	A	88 - 104	73 - 89
1	4	GLY	GLY	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 21 through 31 or (resid 32...	A	A	107 - 235	92 - 220
2	5	PRO	PRO	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 21 through 158 or (resid 159...	B	B	21 - 74	6 - 59
2	6	LEU	LEU	TYR	TYR	(chain 'B' and (resid 21 through 158 or (resid 159...	B	B	77 - 78	62 - 63
2	7	LEU	LEU	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 21 through 158 or (resid 159...	B	B	88 - 104	73 - 89
2	8	GLY	GLY	VAL	VAL	(chain 'B' and (resid 21 through 158 or (resid 159...	B	B	107 - 235	92 - 220

#1: タンパク質	Histidine kinase / 分子量: 25115.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio rotiferianus (バクテリア) 遺伝子: BI375_20590 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2K7STF1
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, Hepes

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 23241 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 47.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 39
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.603 / Num. unique obs: 1105 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7CUS

7cus

解像度: 2.25→26.37 Å / SU ML: 0.3533 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.6882
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2565	1072	4.63 %
R_work	0.2199	22071	-
obs	0.2216	23143	95.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→26.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3231	0	0	10	3241

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0081	3310
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0139	4510
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0561	502
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	583
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.7356	1986

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.35	0.372	151	0.2927	2669	X-RAY DIFFRACTION	94.76
2.35-2.48	0.3176	100	0.2904	2713	X-RAY DIFFRACTION	94.71
2.48-2.63	0.3626	136	0.2715	2698	X-RAY DIFFRACTION	94.88
2.63-2.83	0.3423	155	0.2793	2698	X-RAY DIFFRACTION	95.83
2.83-3.12	0.3722	131	0.2831	2737	X-RAY DIFFRACTION	94.68
3.12-3.57	0.2933	115	0.2322	2795	X-RAY DIFFRACTION	95.5
3.57-4.49	0.1955	134	0.1813	2837	X-RAY DIFFRACTION	96.96
4.49-26.37	0.1998	150	0.1849	2924	X-RAY DIFFRACTION	95.11

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.13469613177	1.69328211938	0.534086882566	9.20439060047	-4.15802987813	7.92511612956	-0.000422420981216	-1.19186325855	0.24937723586	1.6533481346	-0.334734153273	-0.832294592226	-0.0619446926116	1.0899675532	0.15856988298	0.570901477553	-0.128971168825	-0.173335994094	0.902291879121	0.194290071615	0.546522945864	15.8384713064	-26.1501993327	-25.656058524
2	4.0015438298	2.93806788195	-2.61471188833	7.56567522209	-4.87170229436	3.35354364467	-0.40191222562	0.115830762667	-0.21087471612	-0.512253965344	0.201245267747	0.0532682234247	0.937224807356	-0.200847022674	0.145121348612	0.572415957109	-0.00878827015147	-0.013617601687	0.211690787661	-0.02700851943	0.430795868898	16.2870246645	-24.9711901894	-47.1900068531
3	5.17527077798	0.24700671187	-0.641876012304	2.01675143257	0.0643441275291	3.61673808091	0.0867869348911	-0.388816194497	0.108179192367	0.62320164008	0.103721667248	0.35788093482	-0.305492374676	0.215252449282	-0.168090115428	0.42339918953	0.00423927520855	-0.00721659991144	0.248148520151	0.00363606643752	0.45810099145	14.9422278773	0.261139864557	-49.9408509763
4	1.68407277052	-2.18734813165	0.81223275232	3.21660310769	-1.94881182237	2.43838398939	0.651271356129	0.245080023582	0.870187346903	0.0137562448662	-0.243695788143	0.100235907374	-0.50879743063	-0.448782216323	-0.389536619368	1.07589783755	0.0832175980836	0.0529871511032	0.431857267305	0.0947803947431	0.738403949012	14.3235180733	16.4110988692	-58.572037162
5	2.34841593267	0.628043639152	1.07554855525	3.68978334606	-2.18095140739	4.65243370584	-0.0666074192009	0.170900738728	-0.125442541069	-0.401104391522	0.268392105463	0.210984217366	0.278168574018	-0.0491942837333	-0.229085102261	0.394041765137	0.012083949497	0.00826005681257	0.226532767015	-0.0449402586857	0.462418500704	13.3821726564	-3.15705738302	-59.9921962406
6	8.9060891855	1.51080146789	-1.99606955413	8.09233248282	0.232434214431	8.86267293149	0.179467130219	-0.36627794745	-0.0754802585138	-0.211396042838	0.129982016707	0.402060815475	0.280818072341	-0.326261465379	-0.24992455144	0.380660172771	-0.078610339288	-0.0713105741847	0.30723528501	0.0654255180246	0.418762370766	12.7178632135	-21.6972750793	-41.0628546458
7	5.25948831167	-1.65952343178	1.24040850806	4.21021976111	-0.143960506724	5.72384936141	0.041836103476	-0.67371414155	0.110903706165	0.709182470357	0.0525006981174	0.744647762137	-0.1058543382	-0.512374727915	-0.214182745253	0.593192342186	-0.149074726195	0.125200621233	0.636525165506	0.0658319401645	0.482896151978	7.36634602614	-19.4474066418	-29.0693851691
8	1.95282694066	1.40297704456	2.16197293728	3.77427849266	-0.172603110095	8.05721261299	-0.0627503326765	-0.458949416532	0.0655447171625	-0.165680329185	0.0306795451308	0.291978831043	-0.316009291256	-1.54236363653	-0.127845667677	0.407081524912	-0.0276083101473	0.0198234056881	0.736981733706	-0.0539781546795	0.440882627102	-17.5218601831	5.97582109455	-12.4550585215
9	2.65570481099	0.123018901508	-1.03722444148	2.3716960257	-0.464259461691	0.449903440685	0.402880416754	-0.676810683135	0.229683247058	0.562680197204	-0.170741138684	-0.281006763408	-0.392938754108	2.04673398154	-0.192884812824	0.589697971446	-0.114729480794	0.0309308307388	1.54877777376	0.0176066832521	0.557419701493	10.6764306414	0.783037289912	7.99428287469
10	4.6914778857	-1.98947568724	3.57017868838	2.45753867813	-1.8279045151	6.34227803505	-0.0141283988901	-0.256601557908	-0.594282328653	-0.20722818453	0.340932714129	0.196873669905	0.387368925334	-0.314679718582	-0.266620863523	0.402882607506	-0.0798906274716	0.0097815172592	0.593856570484	0.00537805605663	0.465085506752	-8.6888700959	-1.10788023595	-5.85821875785
11	5.8402410505	-5.40233177104	-0.999065310848	5.24406497758	0.461987577205	7.00294818998	0.665467833392	-0.11892824342	-0.565416616826	-0.584624618848	-0.333967051699	-0.029495993151	0.373659708217	-0.346419661215	-0.267230220685	0.719198102768	-0.339473674713	-0.0299798080972	0.701057449416	-0.016013865805	0.523868688607	-11.9774942458	-0.932848267124	-23.4123678954

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 33 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 51 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 52 through 70 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 71 through 92 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 93 through 176 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 177 through 200 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 201 through 236 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 21 through 51 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 52 through 146 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 147 through 200 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 201 through 235 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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