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- PDB-7f2g: Crystal structure of the sensor domain of VbrK from Vibrio rotife... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f2g
タイトルCrystal structure of the sensor domain of VbrK from Vibrio rotiferianus (crystal type 1)
要素Histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / sensor domain (センサ) / beta-lactam antibiotic receptor / S-nitrosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay sensor kinase activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3404 / Domain of unknown function (DUF3404) / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases ...Protein of unknown function DUF3404 / Domain of unknown function (DUF3404) / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio rotiferianus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cho, S.Y. / Yoon, S.I.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the antibiotic- and nitrite-responsive histidine kinase VbrK sensor domain from Vibrio rotiferianus.
著者: Cho, S.Y. / Yoon, S.I.
履歴
登録2021年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1161
ポリマ－25,1161
非ポリマー00
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11420 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)29.279, 75.914, 107.435
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Histidine kinase /


分子量: 25115.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio rotiferianus (バクテリア)
遺伝子: BI375_20590 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2K7STF1
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 19318 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 28.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 30.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.516 / Num. unique obs: 973 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CUS

7cus


解像度: 1.9→26.86 Å / SU ML: 0.205 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1797
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 976 5.06 %
Rwork0.1977 18294 -
obs0.1996 19270 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→26.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1646 0 0 96 1742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00571686
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76342298
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0465255
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.61691015
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-20.28511440.24372584X-RAY DIFFRACTION98.8
2-2.130.31011300.21392597X-RAY DIFFRACTION99.78
2.13-2.290.23771350.20242640X-RAY DIFFRACTION99.93
2.29-2.520.22291470.20152604X-RAY DIFFRACTION99.35
2.52-2.880.25671500.21462622X-RAY DIFFRACTION99.11
2.88-3.630.23431410.20062613X-RAY DIFFRACTION97.25
3.63-26.860.21121290.17872634X-RAY DIFFRACTION92.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.857928597810.794684493531-2.955348119562.11087066133-1.780741687877.17335846813-0.0636221673251-0.1221951894790.01368583820920.1663708499440.04526535713390.16398080612-0.262927603129-0.4125919672960.0825569905520.1926300644230.0248674943314-0.01176198604120.3689916405110.02965690038520.249562968052-11.9634020537-1.0741274839634.9745537554
22.99181348999-1.27321063648-1.062304411251.918467465121.272679972696.48672403392-0.4264206857450.285011843498-0.8343025232340.249421742854-0.06580756140120.3560300434750.904722509477-0.3717340042150.5164344490520.354447286874-0.07638456872580.1053103789580.287909121295-0.04513148181650.39957135658-0.11876821094-10.894547467210.8175394945
39.497971314957.16949949355-6.324061141889.6633455956-5.152051537218.16064637839-0.809835389633-1.46943036042-0.984680699995-0.4254921428840.2540837684850.370595905481.393516158910.7606836978080.4334542150220.5071090221330.1468506831810.1145758147220.5558277042630.07303561317460.6305766462337.77258644361-15.3845458128-4.88529072942
43.38143145004-1.67103557033-0.2995098500133.53530613636-0.5568868319965.78244077578-0.07748334884480.382641787137-0.399787469018-0.268967896227-0.08662090927490.2703065801430.483021124924-0.5697305657780.1538786258370.275118008716-0.06875642966040.008026540324450.34491960154-0.07828360296560.2657968297892.23018934015-3.93859581922-2.06344228344
58.129923997251.91431831215-2.040018892366.30501552643-0.4532310963078.975219443190.03021360310490.1433108623310.0308430856714-0.1610002901220.201496826203-0.856322195975-0.5588199850610.582580966428-0.2042839590650.231719864207-0.04144328476570.008727916349270.209688620625-0.05925062936840.2724044797448.50486134482.974727374735.65787862506
66.000208162941.38038849857-1.498497212374.66065359468-0.9882409490817.336084929270.264593698946-0.8160755283370.09319139545210.806318498099-0.254916345517-0.30440082588-0.6482102215640.5157482405720.02529278584330.300792041329-0.0672724344715-0.04025520315420.2939830630280.03070709684510.2325845192074.969562792461.0069166313221.2583171485
72.84934730461-0.262428989396-1.95265718992.950914335861.173128842786.84756324298-0.128807812846-0.300695002009-0.02228681301580.1080245901940.09241767969050.03033551084660.0843403193039-0.0245152143172-0.04778315293960.1618422514710.01489532021460.0006992866244330.2919486234720.03426198670410.173201357226-5.71287757681-4.0761557335334.4395949589
83.673135487820.0154865962979-2.061809187432.89469349210.5094434990146.86900105752-0.279512187202-0.414254913143-0.7841271345130.4622675753520.16991658072-0.06489774849871.19678770606-0.3760726142620.3078602607960.561554989617-0.006121832821970.02053704995680.3639063717730.08478013335180.357505479379-7.36068514891-16.200435360938.4283548892
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 51 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 70 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 71 through 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 127 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 128 through 146 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 147 through 168 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 169 through 210 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 211 through 236 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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