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Yorodumi- PDB-7f2g: Crystal structure of the sensor domain of VbrK from Vibrio rotife... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7f2g | ||||||
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Title | Crystal structure of the sensor domain of VbrK from Vibrio rotiferianus (crystal type 1) | ||||||
Components | Histidine kinase | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / sensor domain / beta-lactam antibiotic receptor / S-nitrosylation | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Vibrio rotiferianus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Cho, S.Y. / Yoon, S.I. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.Biophys.Res.Commun. / Year: 2021 Title: Crystal structure of the antibiotic- and nitrite-responsive histidine kinase VbrK sensor domain from Vibrio rotiferianus. Authors: Cho, S.Y. / Yoon, S.I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7f2g.cif.gz | 119.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7f2g.ent.gz | 75.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7f2g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f2g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7f2hC 7cusS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25115.641 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio rotiferianus (bacteria) / Gene: BI375_20590 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A2K7STF1 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: PEG 8000, Hepes |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Aug 3, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→30 Å / Num. obs: 19318 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 28.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 30.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.516 / Num. unique obs: 973 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7CUS Resolution: 1.9→26.86 Å / SU ML: 0.205 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.1797 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→26.86 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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