PDB-7f29: Cryo-EM structure of the fibril formed by disaccharide-modified a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f29

タイトル

Cryo-EM structure of the fibril formed by disaccharide-modified amyloid-beta(1-42)

要素

Amyloid-beta A4 protein

キーワード

PROTEIN FIBRIL / amyloid fibril

機能・相同性

機能・相同性情報

signaling receptor activator activity / Golgi-associated vesicle / clathrin-coated pit / axonogenesis / central nervous system development / heparin binding / growth cone / perikaryon / early endosome / membrane raft ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Xia, W.C. / Sun, Y.P. / Liu, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: O-Glycosylation Induces Amyloid-beta To Form New Fibril Polymorphs Vulnerable for Degradation
著者: Liu, D. / Wei, Q. / Xia, W. / He, C. / Zhang, Q. / Huang, L. / Wang, X. / Sun, Y. / Ma, Y. / Zhang, X. / Wang, Y. / Shi, X. / Liu, C. / Dong, S.

履歴

登録	2021年6月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月12日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f29.cif.gz	50.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f29.ent.gz	36.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f29.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f29	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	31428MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (19) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (18) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

E: Amyloid-beta A4 protein

C: Amyloid-beta A4 protein

D: Amyloid-beta A4 protein

F: Amyloid-beta A4 protein

A: Amyloid-beta A4 protein

B: Amyloid-beta A4 protein

ヘテロ分子

25.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

#1: タンパク質・ペプチド

Amyloid-beta A4 protein

分子量: 3900.440 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B4DM00

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-amino-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 341.312 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-3DGalpNa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1a_1-5_2*N][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GalpN]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸

分子量: 60.052 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Cryo-EM structure of the fibril formed by disaccharide-modified amyloid-beta(1-42) タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: SYNTHETIC
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 55 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
phenix.real_space_refine	1.15.2_3472	精密化
PHENIX	1.15.2_3472	精密化

CTF補正

タイプ: NONE

らせん対称

回転角度/サブユニット: 179.324 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.4 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92523 / 対称性のタイプ: HELICAL

精密化

立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0133	1830
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.5598	2472
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0584	306
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0086	294
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	17.5294	936

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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