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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f29 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the fibril formed by disaccharide-modified amyloid-beta(1-42) | ||||||
![]() | Amyloid-beta A4 protein | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / amyloid fibril | ||||||
機能・相同性 | ![]() signaling receptor activator activity / Golgi-associated vesicle / clathrin-coated pit / axonogenesis / central nervous system development / heparin binding / growth cone / perikaryon / early endosome / membrane raft ...signaling receptor activator activity / Golgi-associated vesicle / clathrin-coated pit / axonogenesis / central nervous system development / heparin binding / growth cone / perikaryon / early endosome / membrane raft / signaling receptor binding / cell surface / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular region / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
![]() | Xia, W.C. / Sun, Y.P. / Liu, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: O-Glycosylation Induces Amyloid-beta To Form New Fibril Polymorphs Vulnerable for Degradation 著者: Liu, D. / Wei, Q. / Xia, W. / He, C. / Zhang, Q. / Huang, L. / Wang, X. / Sun, Y. / Ma, Y. / Zhang, X. / Wang, Y. / Shi, X. / Liu, C. / Dong, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 31428MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3900.440 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-amino-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose タイプ: oligosaccharide / 分子量: 341.312 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 #3: 化合物 | ChemComp-ACY / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of the fibril formed by disaccharide-modified amyloid-beta(1-42) タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: SYNTHETIC |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 179.324 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.4 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92523 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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