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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f1m | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Marburg virus nucleoprotein-RNA complex | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / nucleoprotein | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Lake Victoria marburgvirus (ウイルス) synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Fujita, F.Y. / Sugita, Y. / Takamatsu, Y. / Houri, K. / Muramoto, Y. / Nakano, M. / Tsunoda, Y. / Igarashi, M. / Becker, S. / Noda, T. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural insight into Marburg virus nucleoprotein-RNA complex formation. 著者: Yoko Fujita-Fujiharu / Yukihiko Sugita / Yuki Takamatsu / Kazuya Houri / Manabu Igarashi / Yukiko Muramoto / Masahiro Nakano / Yugo Tsunoda / Ichiro Taniguchi / Stephan Becker / Takeshi Noda / 要旨: The nucleoprotein (NP) of Marburg virus (MARV), a close relative of Ebola virus (EBOV), encapsidates the single-stranded, negative-sense viral genomic RNA (vRNA) to form the helical NP-RNA complex. ...The nucleoprotein (NP) of Marburg virus (MARV), a close relative of Ebola virus (EBOV), encapsidates the single-stranded, negative-sense viral genomic RNA (vRNA) to form the helical NP-RNA complex. The NP-RNA complex constitutes the core structure for the assembly of the nucleocapsid that is responsible for viral RNA synthesis. Although appropriate interactions among NPs and RNA are required for the formation of nucleocapsid, the structural basis of the helical assembly remains largely elusive. Here, we show the structure of the MARV NP-RNA complex determined using cryo-electron microscopy at a resolution of 3.1 Å. The structures of the asymmetric unit, a complex of an NP and six RNA nucleotides, was very similar to that of EBOV, suggesting that both viruses share common mechanisms for the nucleocapsid formation. Structure-based mutational analysis of both MARV and EBOV NPs identified key residues for helical assembly and subsequent viral RNA synthesis. Importantly, most of the residues identified were conserved in both viruses. These findings provide a structural basis for understanding the nucleocapsid formation and contribute to the development of novel antivirals against MARV and EBOV. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f1m.cif.gz | 150 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f1m.ent.gz | 119.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f1m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7f1m_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7f1m_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7f1m_validation.xml.gz | 46.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7f1m_validation.cif.gz | 68.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/7f1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/7f1m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 31420MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10733 (タイトル: Marburgvirus nucleoprotein RNA complex / Data size: 3.3 TB Data #1: 2469 Falcon3 movies in TIFF [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 63
2 |
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3 |
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 63 / Rise per n subunits: 4.233 Å / Rotation per n subunits: -11.805 °) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44165.332 Da / 分子数: 2 / 変異: H198Y, H330Y / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lake Victoria marburgvirus (strain Angola/2005) (ウイルス) 株: Angola/2005 / 遺伝子: NP / Cell (発現宿主): Suspension Cell Culture / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): Kidney (Embryonic) / 参照: UniProt: Q1PD53 #2: RNA鎖 | 分子量: 1792.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Marburgvirus nucleoprotein RNA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.47 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: Apply 1.25 micro littere of sample from each side of the grid and blot for 7 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2250 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2469 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 30668 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23545 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5Z9W PDB chain-ID: A / Accession code: 5Z9W / Pdb chain residue range: 19-405 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |