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- PDB-7f0s: A crystal structure of alphavirus nonstructural protein 4 (nsP4) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f0s
タイトルA crystal structure of alphavirus nonstructural protein 4 (nsP4) reveals an intrinsically 1dynamic RNA-dependent RNA polymerase
要素RNA-directed RNA polymerase nsP4
キーワードTRANSFERASE / RNA dependent RNA polymerase / RNA directed RNA polymerase / RdRp / Alphavirus / NSP4 / nonstructural protein 4
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / polynucleotide adenylyltransferase / host cell cytoplasmic vesicle membrane / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription ...: / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / polynucleotide adenylyltransferase / host cell cytoplasmic vesicle membrane / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyprotein nsP1234
類似検索 - 構成要素
生物種Ross river virus (ロスリバーウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tan, Y.B. / Luo, D.
資金援助 シンガポール, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore)MOE2016T22097 シンガポール
National Research Foundation (NRF, Singapore)OFIRG17nov084 シンガポール
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of alphavirus nonstructural protein 4 (nsP4) reveal an intrinsically dynamic RNA-dependent RNA polymerase fold.
著者: Tan, Y.B. / Lello, L.S. / Liu, X. / Law, Y.S. / Kang, C. / Lescar, J. / Zheng, J. / Merits, A. / Luo, D.
履歴
登録2021年6月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase nsP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2251
ポリマ－54,2251
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20290 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)64.837, 68.349, 99.646
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase nsP4 / Non-structural protein 4 / nsP4


分子量: 54224.840 Da / 分子数: 1 / 変異: Q192A,Q196A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ross river virus (strain T48) (ウイルス)
株: T48 / プラスミド: pSUMO-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta II T1R / 参照: UniProt: P13888, RNA-directed RNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細These UNK residues should be in between the missing residues of positions 135-184 but the author is ...These UNK residues should be in between the missing residues of positions 135-184 but the author is unsure the exact part/position corresponds with these residues. So the residue numbers of 141-145, 171-174 is meaningless. The correct sequence of 135-184 is as follows. TVASYQITDEYDAYLDMVDGSESCLDRATFCPAKLRCYPKHHAYHQPQVR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.58 % / 解説: hexagon
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES/TRIS, 24% PEG 3350, 0.2M Ammonium Acetate, 0.3% TMAO
PH範囲: 7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月20日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 37774 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.69 % / Biso Wilson estimate: 83.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 12.04
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 5.69 % / Rmerge(I) obs: 4.8 / Mean I/σ(I) obs: 0.36 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
CRANK2位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→27.13 Å / SU ML: 0.525 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.16
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2884 1305 4.98 %RANDOM
Rwork0.2653 ---
obs0.2664 26213 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 108.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→27.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3098 0 0 1 3099
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063159
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9764297
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.715435
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05522
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006554
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.70.4641420.38422787X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.830.41061360.34732790X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.980.35711430.33572777X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.160.33561560.33772733X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.410.35251420.30822801X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.750.30161510.28162754X-RAY DIFFRACTION100
3.75-4.290.30181420.24932784X-RAY DIFFRACTION100
4.29-5.40.25051470.23792768X-RAY DIFFRACTION100
5.4-27.130.25181460.24162714X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.782-0.3149-0.52840.13580.32950.4906-1.6519-1.5385-0.4883-0.70440.71831.14812.09540.9166-0.00871.3431-0.26080.23781.32960.15751.906248.6967-14.712560.4819
21.21751.04470.00790.5552-0.19831.7109-0.09520.1267-0.2272-0.19220.0947-0.18430.05850.0976-0.00010.6694-0.04210.05350.5964-0.01090.583351.298-11.19444.047
32.868-0.8658-1.12872.61420.10453.0543-0.04010.3171-0.7029-0.2559-0.01080.34460.3443-0.40840.00010.6677-0.1452-0.09560.681-0.01170.743565.81854.820134.2302
4-0.63921.11731.14814.0941-1.0409-0.1488-0.1388-0.0133-0.24090.41640.1995-0.3763-0.0918-0.3250.79390.86520.05470.25180.71440.0780.95356.1999-1.858955.5317
50.0028-0.01130.06050.0382-0.04140.0406-0.264-0.7266-0.1038-0.06420.34910.2877-0.1052-0.11620.00021.1527-0.3869-0.2341.55020.42641.069965.9126-0.240848.0754
60.74220.00350.42220.09910.08910.40490.33390.1987-0.0122-0.35830.7010.23310.23290.72440.0480.98290.0786-0.19950.85460.28922.227676.93354.221746.059
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 111 THROUGH 131 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 132 THROUGH 134 ) AND (RESID 185 THROUGH 349 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 350 THROUGH 490 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 491 THROUGH 600 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 141 THROUGH 145 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 171 THROUGH 174 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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