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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f0r | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa SutA transcription activation complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / transcription initiation / Pseudomonas aeruginosa / SutA / transcription activation / sigmaS / RNA polymerase / RNAP beta lobe / TRANSLATION / TRANSCRIPTION-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of response to salt stress / negative regulation of secondary metabolite biosynthetic process / positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / regulation of cellular response to oxidative stress / positive regulation of chemotaxis / regulation of cell motility / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of cellular response to heat / DNA-templated transcription initiation ...regulation of response to salt stress / negative regulation of secondary metabolite biosynthetic process / positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / regulation of cellular response to oxidative stress / positive regulation of chemotaxis / regulation of cell motility / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of cellular response to heat / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å | |||||||||
データ登録者 | He, D.W. / You, L.L. / Zhang, Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Pseudomonas aeruginosa SutA wedges RNAP lobe domain open to facilitate promoter DNA unwinding. 著者: Dingwei He / Linlin You / Xiaoxian Wu / Jing Shi / Aijia Wen / Zhi Yan / Wenhui Mu / Chengli Fang / Yu Feng / Yu Zhang / 要旨: Pseudomonas aeruginosa (Pae) SutA adapts bacteria to hypoxia and nutrition-limited environment during chronic infection by increasing transcription activity of an RNA polymerase (RNAP) holoenzyme ...Pseudomonas aeruginosa (Pae) SutA adapts bacteria to hypoxia and nutrition-limited environment during chronic infection by increasing transcription activity of an RNA polymerase (RNAP) holoenzyme comprising the stress-responsive σ factor σ (RNAP-σ). SutA shows no homology to previously characterized RNAP-binding proteins. The structure and mode of action of SutA remain unclear. Here we determined cryo-EM structures of Pae RNAP-σ holoenzyme, Pae RNAP-σ holoenzyme complexed with SutA, and Pae RNAP-σ transcription initiation complex comprising SutA. The structures show SutA pinches RNAP-β protrusion and facilitates promoter unwinding by wedging RNAP-β lobe open. Our results demonstrate that SutA clears an energetic barrier to facilitate promoter unwinding of RNAP-σ holoenzyme. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f0r.cif.gz | 625.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f0r.ent.gz | 476.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f0r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7f0r_validation.pdf.gz | 860.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7f0r_full_validation.pdf.gz | 884 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7f0r_validation.xml.gz | 91 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7f0r_validation.cif.gz | 142.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/7f0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/7f0r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 38264.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: rpoA, PA4238 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O52760, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 151225.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: rpoB, PA4270 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51561, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 156038.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: rpoC, PA4269 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HWC9, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 9783.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: rpoZ, PA5337 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HTM1, DNA-directed RNA polymerase |
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-タンパク質 , 2種, 2分子 GF
#5: タンパク質 | 分子量: 11497.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA5285 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HTR9 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 39361.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: rpoS, PA3622 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P45684 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 IH
#7: DNA鎖 | 分子量: 21514.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 21648.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 3分子
#9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.433 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 13 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 0 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 60.8 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112959 / 対称性のタイプ: POINT |