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- PDB-7f0h: Structural and functional characterization of bovine G1P[5] rotav... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f0h
タイトルStructural and functional characterization of bovine G1P[5] rotavirus VP8* protein
要素Outer capsid protein VP8*
キーワードVIRAL PROTEIN / glycan binding specificity / sialic acid / histo-blood group antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell rough endoplasmic reticulum / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus A (ロタウイルス A)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.695 Å
データ登録者Duan, Z. / Sun, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21934005 中国
引用ジャーナル: Virology / 年: 2021
タイトル: Structural and functional characterization of bovine G1P[5] rotavirus VP8* protein.
著者: Dang, L. / Su, Y. / Qi, J. / Wu, Z. / Li, D. / Wang, M. / Zhang, Q. / Wang, H. / Bai, R. / Duan, Z. / Sun, X.
履歴
登録2021年6月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein VP8*
B: Outer capsid protein VP8*


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1752
ポリマ－36,1752
非ポリマー00
水8,629479
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.753, 102.364, 137.722
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-265-

HOH

21A-394-

HOH

31A-425-

HOH

41B-206-

HOH

51B-318-

HOH

61B-414-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Outer capsid protein VP8*


分子量: 18087.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rotavirus A (ロタウイルス A) / 発現宿主: Escherichia phage Ecwhy_1 (ファージ) / 参照: UniProt: E2EA93
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.5 M ammonium sulfate, 0.1 M tri-sodium citrate dihydrate pH 5.6, 1.0 M lithium sulfate monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.03923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.695→50 Å / Num. obs: 76163 / % possible obs: 98.54 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 24.004
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.874 / Mean I/σ(I) obs: 2.409 / Rsym value: 0.874

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JDB

5jdb


解像度: 1.695→31.806 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1875 3799 5.03 %
Rwork0.1667 71783 -
obs0.1678 75582 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 61.74 Å2 / Biso mean: 18.5166 Å2 / Biso min: 6.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.695→31.806 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2544 0 0 479 3023
Biso mean---30.65 -
残基数----322
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.695-1.71640.26351060.2583229485
1.7164-1.7390.26881310.2354249794
1.739-1.76280.22711140.2185258396
1.7628-1.7880.23341290.2049262297
1.788-1.81460.19731330.19260799
1.8146-1.8430.21741420.1924266199
1.843-1.87320.20441400.1917265099
1.8732-1.90550.2121400.19052675100
1.9055-1.94020.23671400.1993267999
1.9402-1.97750.19171380.1712264699
1.9775-2.01780.20071380.1661264999
2.0178-2.06170.18961420.16312687100
2.0617-2.10960.21451320.17222653100
2.1096-2.16240.18811570.1632673100
2.1624-2.22080.17291440.1652670100
2.2208-2.28620.23081250.18482706100
2.2862-2.35990.18471370.16252680100
2.3599-2.44430.2011480.16362681100
2.4443-2.54210.17961460.1657266599
2.5421-2.65770.19721550.16042699100
2.6577-2.79780.19541420.16652685100
2.7978-2.97290.18281430.16352716100
2.9729-3.20230.1661430.15172721100
3.2023-3.52420.16251690.14962698100
3.5242-4.03320.15011550.1428267499
4.0332-5.07810.16431420.1332781100
5.0781-31.8060.19281680.184283199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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