[日本語] English
万見
- PDB-7f01: Structure of a triple-helix region of human collagen type XVII -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f01
タイトルStructure of a triple-helix region of human collagen type XVII
要素collagen type XVII
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / collagen
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Zhu, Y. / Yang, X. / Sun, F.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a triple-helix region of human collagen type XVII
著者: Zhu, Y. / Yang, X. / Sun, F.
履歴
登録2021年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: collagen type XVII
B: collagen type XVII
C: collagen type XVII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0794
ポリマ－7,9833
非ポリマー961
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area5540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)20.320, 21.260, 67.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド collagen type XVII


分子量: 2660.923 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.38 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.0 M Potassium sodium tartrate, 0.1 M CHES/ Sodium hydroxide pH 9.5, 0.2 M Lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.628→33.8 Å / Num. obs: 7196 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Num. unique obs: 335 / CC1/2: 0.957 / Rpim(I) all: 0.171 / Rrim(I) all: 0.451 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WUH

2wuh


解像度: 1.63→22.53 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2421 719 10.03 %
Rwork0.2167 6449 -
obs0.2195 7168 95.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 52.6 Å2 / Biso mean: 18.8708 Å2 / Biso min: 4.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.63→22.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数564 0 5 120 689
Biso mean--13.65 26.25 -
残基数----84
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.688 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2927 69 10 %
Rwork0.2777 684 -
obs--94.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.57750.05970.87880.54480.19472.22650.0997-0.0373-0.0667-0.14820.0070.06820.0946-0.1205-0.01890.1217-0.00080.00960.0742-0.00320.0959-9.613-0.344925.0568
20.7877-0.01161.3770.7256-0.01073.063-0.02320.05830.1128-0.0981-0.1460.05030.09060.0707-0.02030.05490.00850.01070.09590.00230.0802-8.50290.580428.1979
30.33870.10260.09920.66560.11661.0774-0.13180.06250.1114-0.11080.0820.0848-0.0310.1379-0.18290.0307-0.01230.00410.0316-0.00320.0831-6.53570.462230.0285
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 28)A1 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 28)B1 - 28
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 28)C1 - 28

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る