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万見
- PDB-7ezt: The structure and functional mechanism of nucleotide regulated ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ezt
タイトルThe structure and functional mechanism of nucleotide regulated acetylhexosaminidase Am2136 from Akkermansia muciniphila
要素(Beta-N-acetylhexosaminidase) x 4
キーワードHYDROLASE / Akkermansia Muciniphila Glycosidase Mucin
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...: / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-hexosaminidase Amuc_2136
類似検索 - 構成要素
生物種Akkermansia muciniphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Bao, R. / Li, C.C. / Tang, X.Y. / Zhu, Y.B. / Song, Y.J. / Zhao, N.L. / Huang, Q. / Mou, X.Y. / Luo, G.H. / Liu, T.G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81670008 中国
引用ジャーナル: Gut Microbes / 年: 2022
タイトル: Nucleotide binding as an allosteric regulatory mechanism for Akkermansia muciniphila beta- N -acetylhexosaminidase Am2136.
著者: Li, C.C. / Yi, H. / Wang, Y.M. / Tang, X.Y. / Zhu, Y.B. / Song, Y.J. / Zhao, N.L. / Huang, Q. / Mou, X.Y. / Luo, G.H. / Liu, T.G. / Yang, G.L. / Zeng, Y.J. / Wang, L.J. / Tang, H. / Fan, G. / Bao, R.
履歴
登録2021年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-N-acetylhexosaminidase
B: Beta-N-acetylhexosaminidase
C: Beta-N-acetylhexosaminidase
D: Beta-N-acetylhexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)329,0908
ポリマ－328,9934
非ポリマー974
水3,639202
1
A: Beta-N-acetylhexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7902
ポリマ－82,7661
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area29700 Å2
手法PISA
2
B: Beta-N-acetylhexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7192
ポリマ－81,6951
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area29260 Å2
手法PISA
3
C: Beta-N-acetylhexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1052
ポリマ－82,0811
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area29820 Å2
手法PISA
4
D: Beta-N-acetylhexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4762
ポリマ－82,4521
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area29340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.200, 119.505, 161.931
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.401, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Beta-N-acetylhexosaminidase


分子量: 82765.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila (strain ATCC BAA-835 / Muc) (バクテリア)
株: ATCC BAA-835 / Muc / 遺伝子: Amuc_2136 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2UPR7, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: タンパク質 Beta-N-acetylhexosaminidase


分子量: 81694.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila (strain ATCC BAA-835 / Muc) (バクテリア)
株: ATCC BAA-835 / Muc / 遺伝子: Amuc_2136 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2UPR7, beta-N-acetylhexosaminidase
#3: タンパク質 Beta-N-acetylhexosaminidase


分子量: 82081.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila (strain ATCC BAA-835 / Muc) (バクテリア)
株: ATCC BAA-835 / Muc / 遺伝子: Amuc_2136 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2UPR7, beta-N-acetylhexosaminidase
#4: タンパク質 Beta-N-acetylhexosaminidase


分子量: 82451.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila (strain ATCC BAA-835 / Muc) (バクテリア)
株: ATCC BAA-835 / Muc / 遺伝子: Amuc_2136 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2UPR7, beta-N-acetylhexosaminidase

-
非ポリマー , 2種, 206分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Li2SO4, 25% w/v PEG3350, 0.1M HEPES, pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→30 Å / Num. obs: 86269 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 43.94 Å2 / CC1/2: 0.89 / Rpim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.81→3.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 8562 / Rpim(I) all: 0.244

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JQF

6jqf


解像度: 2.81→26.44 Å / SU ML: 0.3019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 25.7823
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 1999 2.32 %
Rwork0.1937 84132 -
obs0.195 86131 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→26.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22923 0 4 202 23129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008623565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.352431954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08013440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00894147
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.17983193
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.81-2.880.3431400.28675901X-RAY DIFFRACTION97.75
2.88-2.960.3441470.25496027X-RAY DIFFRACTION99.39
2.96-3.040.27681490.23715984X-RAY DIFFRACTION99.34
3.04-3.140.29511280.23876024X-RAY DIFFRACTION99.05
3.14-3.250.2791500.21615899X-RAY DIFFRACTION97.63
3.25-3.380.26081420.19925990X-RAY DIFFRACTION99.58
3.38-3.540.21591440.196055X-RAY DIFFRACTION99.66
3.54-3.720.23741380.17936040X-RAY DIFFRACTION99.61
3.72-3.950.23781460.17466026X-RAY DIFFRACTION99.45
3.96-4.260.23781400.16756036X-RAY DIFFRACTION99.24
4.26-4.690.21871410.15285967X-RAY DIFFRACTION98.33
4.69-5.360.19821450.1616030X-RAY DIFFRACTION98.83
5.36-6.730.23971480.21176090X-RAY DIFFRACTION99.79
6.73-7.80.26491410.20456063X-RAY DIFFRACTION97.55
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.6705518087 Å / Origin y: -18.3248207802 Å / Origin z: -40.076552862 Å
111213212223313233
T0.235088180225 Å2-0.0118556598925 Å20.0132734189554 Å2-0.219372337743 Å20.00831775769557 Å2--0.190997572834 Å2
L0.189475057576 °2-0.0296849562602 °20.0666686223336 °2-0.271618901646 °2-0.0321055044387 °2--0.252974223445 °2
S0.00303226702507 Å °-0.00502497577975 Å °0.0488762236518 Å °0.0514625499893 Å °-0.0119066267253 Å °0.0035051605529 Å °0.00799543097636 Å °-0.0442350610492 Å °0.00663411032686 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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