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Yorodumi- PDB-7ezj: Crystal structure of p73 DNA binding domain complex bound with 1 ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7ezj | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of p73 DNA binding domain complex bound with 1 bp and 2 bp spacer DNA response elements. | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpositive regulation of lung ciliated cell differentiation / cerebrospinal fluid secretion / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of neuron differentiation / digestive tract morphogenesis ...positive regulation of lung ciliated cell differentiation / cerebrospinal fluid secretion / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of neuron differentiation / digestive tract morphogenesis / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of cell size / neuron development / mismatch repair / MDM2/MDM4 family protein binding / regulation of mitotic cell cycle / release of cytochrome c from mitochondria / transcription corepressor binding / post-embryonic development / hippocampus development / protein tetramerization / kidney development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / p53 binding / cell junction / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / positive regulation of MAPK cascade / ciliary basal body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / DNA damage response / centrosome / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Koley, T. / Roy Chowdhury, S. / Kumar, M. / Kaur, P. / Singh, T.P. / Viadiu, H. / Ethayathulla, A.S. | ||||||
Citation | Journal: Int.J.Biol.Macromol. / Year: 2022Title: Deciphering the mechanism of p73 recognition of p53 response elements using the crystal structure of p73-DNA complexes and computational studies. Authors: Koley, T. / Roy Chowdhury, S. / Kushwaha, T. / Kumar, M. / Inampudi, K.K. / Kaur, P. / Singh, T.P. / Viadiu, H. / Ethayathulla, A.S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7ezj.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7ezj.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7ezj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7ezj_validation.pdf.gz | 575.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7ezj_full_validation.pdf.gz | 584 KB | Display | |
| Data in XML | 7ezj_validation.xml.gz | 104.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 7ezj_validation.cif.gz | 143.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/7ezj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/7ezj | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3vd0S S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 23775.955 Da / Num. of mol.: 16 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TP73, P73 / Production host: ![]() #2: DNA chain | Mass: 3663.392 Da / Num. of mol.: 16 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human)#3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.67 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 100 mM MES, pH-6.0, 0.1 M Ammonium acetate, 12% w/v PEg20K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 200 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL7-1 / Wavelength: 0.97 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 15, 2011 |
| Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.9→100 Å / Num. obs: 91900 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.08 / Num. unique obs: 91900 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3VD0 Resolution: 2.9→40.93 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 40.69 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 217.08 Å2 / Biso mean: 90.1508 Å2 / Biso min: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.9→40.93 Å
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| LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.94 Å
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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