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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eyk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Escherichia coli ppnP-Selenomethionine derived | ||||||
要素 | Pyrimidine/purine nucleoside phosphorylase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Pyrimidine / purine / nucleoside phosphorylase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyrimidine-nucleoside phosphorylase / pyrimidine-nucleoside phosphorylase activity / thymidine phosphorylase activity / guanosine phosphorylase activity / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.38 Å | ||||||
データ登録者 | Wen, Y. / Wu, B.X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2022 タイトル: Crystal structures of a new class of pyrimidine/purine nucleoside phosphorylase revealed a Cupin fold. 著者: Wen, Y. / Li, X. / Guo, W. / Wu, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7eyk.cif.gz | 32.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7eyk.ent.gz | 22.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7eyk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7eyk_validation.pdf.gz | 406 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7eyk_full_validation.pdf.gz | 405.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7eyk_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7eyk_validation.cif.gz | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/7eyk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/7eyk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10468.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: ppnP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C037 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1.26 M Ammonium sulfate (dibasic), 0.1M Sodium cacodylate/Hydrochloric acid pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.38→50 Å / Num. obs: 21812 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.8 % / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 36.41 |
反射 シェル | 解像度: 1.38→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique obs: 2162 / CC1/2: 0.959 / CC star: 0.989 / Rpim(I) all: 0.116 / Rrim(I) all: 0.518 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.38→20 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.38→20 Å
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拘束条件 |
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