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- PDB-7eyd: Cryo-EM structure of cyanobacterial phycobilisome from Anabaena s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eyd
タイトルCryo-EM structure of cyanobacterial phycobilisome from Anabaena sp. PCC 7120
要素
  • (Allophycocyanin subunit ...) x 4
  • (C-phycocyanin ...) x 2
  • (Phycobilisome ...) x 5
  • Phycobiliprotein ApcE
キーワードPHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ） / : / phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit ...Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / C-phycocyanin beta subunit / C-phycocyanin alpha subunit / Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod / Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG1 / Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2 / Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG4 / Allophycocyanin subunit alpha 1 / Allophycocyanin subunit alpha-B / Allophycocyanin subunit beta ...PHYCOCYANOBILIN / C-phycocyanin beta subunit / C-phycocyanin alpha subunit / Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod / Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG1 / Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2 / Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG4 / Allophycocyanin subunit alpha 1 / Allophycocyanin subunit alpha-B / Allophycocyanin subunit beta / Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core / Phycobiliprotein ApcE / Allophycocyanin subunit beta-18
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Zheng, L. / Zheng, Z. / Li, X. / Wang, G. / Zhang, K. / Wei, P. / Zhao, J. / Gao, N.
資金援助1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural insight into the mechanism of energy transfer in cyanobacterial phycobilisomes.
著者: Lvqin Zheng / Zhenggao Zheng / Xiying Li / Guopeng Wang / Kun Zhang / Peijun Wei / Jindong Zhao / Ning Gao /
要旨: Phycobilisomes (PBS) are the major light-harvesting machineries for photosynthesis in cyanobacteria and red algae and they have a hierarchical structure of a core and peripheral rods, with both ...Phycobilisomes (PBS) are the major light-harvesting machineries for photosynthesis in cyanobacteria and red algae and they have a hierarchical structure of a core and peripheral rods, with both consisting of phycobiliproteins and linker proteins. Here we report the cryo-EM structures of PBS from two cyanobacterial species, Anabaena 7120 and Synechococcus 7002. Both PBS are hemidiscoidal in shape and share a common triangular core structure. While the Anabaena PBS has two additional hexamers in the core linked by the 4th linker domain of ApcE (L). The PBS structures predict that, compared with the PBS from red algae, the cyanobacterial PBS could have more direct routes for energy transfer to ApcD. Structure-based systematic mutagenesis analysis of the chromophore environment of ApcD and ApcF subunits reveals that aromatic residues are critical to excitation energy transfer (EET). The structures also suggest that the linker protein could actively participate in the process of EET in both rods and the cores. These results provide insights into the organization of chromophores and the mechanisms of EET within cyanobacterial PBS.
履歴
登録2021年5月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31381
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A1: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2
B1: C-phycocyanin alpha subunit
C1: C-phycocyanin beta subunit
D1: C-phycocyanin alpha subunit
E1: C-phycocyanin beta subunit
F1: C-phycocyanin alpha subunit
G1: C-phycocyanin beta subunit
H1: C-phycocyanin alpha subunit
I1: C-phycocyanin beta subunit
J1: C-phycocyanin alpha subunit
K1: C-phycocyanin beta subunit
L1: C-phycocyanin alpha subunit
M1: C-phycocyanin beta subunit
N1: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
O1: C-phycocyanin alpha subunit
P1: C-phycocyanin beta subunit
Q1: C-phycocyanin alpha subunit
R1: C-phycocyanin beta subunit
S1: C-phycocyanin alpha subunit
T1: C-phycocyanin beta subunit
U1: C-phycocyanin alpha subunit
V1: C-phycocyanin beta subunit
W1: C-phycocyanin alpha subunit
X1: C-phycocyanin beta subunit
Y1: C-phycocyanin alpha subunit
Z1: C-phycocyanin beta subunit
A2: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG4
B2: C-phycocyanin alpha subunit
C2: C-phycocyanin beta subunit
D2: C-phycocyanin alpha subunit
E2: C-phycocyanin beta subunit
F2: C-phycocyanin alpha subunit
G2: C-phycocyanin beta subunit
H2: C-phycocyanin alpha subunit
I2: C-phycocyanin beta subunit
J2: C-phycocyanin alpha subunit
K2: C-phycocyanin beta subunit
L2: C-phycocyanin alpha subunit
M2: C-phycocyanin beta subunit
N2: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
O2: C-phycocyanin alpha subunit
P2: C-phycocyanin beta subunit
Q2: C-phycocyanin alpha subunit
R2: C-phycocyanin beta subunit
S2: C-phycocyanin alpha subunit
T2: C-phycocyanin beta subunit
U2: C-phycocyanin alpha subunit
V2: C-phycocyanin beta subunit
W2: C-phycocyanin alpha subunit
X2: C-phycocyanin beta subunit
Y2: C-phycocyanin alpha subunit
Z2: C-phycocyanin beta subunit
A3: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG1
B3: C-phycocyanin alpha subunit
C3: C-phycocyanin beta subunit
D3: C-phycocyanin alpha subunit
E3: C-phycocyanin beta subunit
F3: C-phycocyanin alpha subunit
G3: C-phycocyanin beta subunit
H3: C-phycocyanin alpha subunit
I3: C-phycocyanin beta subunit
J3: C-phycocyanin alpha subunit
K3: C-phycocyanin beta subunit
L3: C-phycocyanin alpha subunit
M3: C-phycocyanin beta subunit
N3: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
A4: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2
B4: C-phycocyanin alpha subunit
C4: C-phycocyanin beta subunit
D4: C-phycocyanin alpha subunit
E4: C-phycocyanin beta subunit
F4: C-phycocyanin alpha subunit
G4: C-phycocyanin beta subunit
H4: C-phycocyanin alpha subunit
I4: C-phycocyanin beta subunit
J4: C-phycocyanin alpha subunit
K4: C-phycocyanin beta subunit
L4: C-phycocyanin alpha subunit
M4: C-phycocyanin beta subunit
N4: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
O4: C-phycocyanin alpha subunit
P4: C-phycocyanin beta subunit
Q4: C-phycocyanin alpha subunit
R4: C-phycocyanin beta subunit
S4: C-phycocyanin alpha subunit
T4: C-phycocyanin beta subunit
U4: C-phycocyanin alpha subunit
V4: C-phycocyanin beta subunit
W4: C-phycocyanin alpha subunit
X4: C-phycocyanin beta subunit
Y4: C-phycocyanin alpha subunit
Z4: C-phycocyanin beta subunit
A5: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG4
B5: C-phycocyanin alpha subunit
C5: C-phycocyanin beta subunit
D5: C-phycocyanin alpha subunit
E5: C-phycocyanin beta subunit
F5: C-phycocyanin alpha subunit
G5: C-phycocyanin beta subunit
H5: C-phycocyanin alpha subunit
I5: C-phycocyanin beta subunit
J5: C-phycocyanin alpha subunit
K5: C-phycocyanin beta subunit
L5: C-phycocyanin alpha subunit
M5: C-phycocyanin beta subunit
N5: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
O5: C-phycocyanin alpha subunit
P5: C-phycocyanin beta subunit
Q5: C-phycocyanin alpha subunit
R5: C-phycocyanin beta subunit
S5: C-phycocyanin alpha subunit
T5: C-phycocyanin beta subunit
U5: C-phycocyanin alpha subunit
V5: C-phycocyanin beta subunit
W5: C-phycocyanin alpha subunit
X5: C-phycocyanin beta subunit
Y5: C-phycocyanin alpha subunit
Z5: C-phycocyanin beta subunit
A6: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG4
B6: C-phycocyanin alpha subunit
C6: C-phycocyanin beta subunit
D6: C-phycocyanin alpha subunit
E6: C-phycocyanin beta subunit
F6: C-phycocyanin alpha subunit
G6: C-phycocyanin beta subunit
H6: C-phycocyanin alpha subunit
I6: C-phycocyanin beta subunit
J6: C-phycocyanin alpha subunit
K6: C-phycocyanin beta subunit
L6: C-phycocyanin alpha subunit
M6: C-phycocyanin beta subunit
N6: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
O6: C-phycocyanin alpha subunit
P6: C-phycocyanin beta subunit
Q6: C-phycocyanin alpha subunit
R6: C-phycocyanin beta subunit
S6: C-phycocyanin alpha subunit
T6: C-phycocyanin beta subunit
U6: C-phycocyanin alpha subunit
V6: C-phycocyanin beta subunit
W6: C-phycocyanin alpha subunit
X6: C-phycocyanin beta subunit
Y6: C-phycocyanin alpha subunit
Z6: C-phycocyanin beta subunit
A7: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG1
B7: C-phycocyanin alpha subunit
C7: C-phycocyanin beta subunit
D7: C-phycocyanin alpha subunit
E7: C-phycocyanin beta subunit
F7: C-phycocyanin alpha subunit
G7: C-phycocyanin beta subunit
H7: C-phycocyanin alpha subunit
I7: C-phycocyanin beta subunit
J7: C-phycocyanin alpha subunit
K7: C-phycocyanin beta subunit
L7: C-phycocyanin alpha subunit
M7: C-phycocyanin beta subunit
N7: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
A8: Allophycocyanin subunit alpha 1
B8: Allophycocyanin subunit beta
C8: Allophycocyanin subunit alpha 1
D8: Allophycocyanin subunit beta
E8: Allophycocyanin subunit alpha 1
F8: Allophycocyanin subunit beta
G8: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
H8: Allophycocyanin subunit alpha 1
I8: Allophycocyanin subunit beta
J8: Allophycocyanin subunit alpha 1
K8: Allophycocyanin subunit beta
L8: Allophycocyanin subunit alpha 1
M8: Allophycocyanin subunit beta
N8: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
O8: Allophycocyanin subunit alpha 1
P8: Allophycocyanin subunit beta
Q8: Allophycocyanin subunit alpha 1
R8: Allophycocyanin subunit beta
S8: Allophycocyanin subunit alpha 1
T8: Allophycocyanin subunit beta
U8: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
V8: Allophycocyanin subunit alpha 1
W8: Allophycocyanin subunit beta
X8: Allophycocyanin subunit alpha 1
Y8: Allophycocyanin subunit beta
Z8: Allophycocyanin subunit alpha 1
a8: Allophycocyanin subunit beta
b8: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
c8: Allophycocyanin subunit alpha 1
d8: Allophycocyanin subunit beta
e8: Allophycocyanin subunit alpha 1
f8: Allophycocyanin subunit beta
g8: Allophycocyanin subunit alpha 1
h8: Allophycocyanin subunit beta
i8: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
j8: Allophycocyanin subunit alpha 1
k8: Allophycocyanin subunit beta
l8: Allophycocyanin subunit alpha 1
m8: Allophycocyanin subunit beta
n8: Allophycocyanin subunit alpha 1
o8: Allophycocyanin subunit beta
p8: Allophycocyanin subunit alpha 1
q8: Allophycocyanin subunit beta
r8: Allophycocyanin subunit alpha 1
s8: Allophycocyanin subunit beta
t8: Allophycocyanin subunit alpha 1
u8: Allophycocyanin subunit beta
09: Phycobiliprotein ApcE
19: Phycobiliprotein ApcE
29: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
39: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
49: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
A9: Allophycocyanin subunit alpha 1
B9: Allophycocyanin subunit beta
C9: Allophycocyanin subunit alpha 1
D9: Allophycocyanin subunit beta
E9: Allophycocyanin subunit alpha 1
F9: Allophycocyanin subunit beta
G9: Allophycocyanin subunit alpha 1
H9: Allophycocyanin subunit beta
I9: Allophycocyanin subunit alpha 1
J9: Allophycocyanin subunit beta
K9: Allophycocyanin subunit alpha 1
L9: Allophycocyanin subunit beta
M9: Allophycocyanin subunit beta
N9: Allophycocyanin subunit alpha 1
O9: Allophycocyanin subunit beta
P9: Allophycocyanin subunit alpha 1
Q9: Allophycocyanin subunit beta-18
R9: Allophycocyanin subunit alpha 1
S9: Allophycocyanin subunit beta
T9: Allophycocyanin subunit alpha 1
U9: Allophycocyanin subunit beta
V9: Allophycocyanin subunit alpha-B
W9: Allophycocyanin subunit beta
X9: Allophycocyanin subunit alpha 1
Y9: Allophycocyanin subunit beta
Z9: Allophycocyanin subunit alpha 1
a9: Allophycocyanin subunit beta
b9: Allophycocyanin subunit alpha 1
c9: Allophycocyanin subunit beta
d9: Allophycocyanin subunit alpha 1
e9: Allophycocyanin subunit beta
f9: Allophycocyanin subunit alpha 1
g9: Allophycocyanin subunit beta-18
h9: Allophycocyanin subunit beta
i9: Allophycocyanin subunit alpha 1
j9: Allophycocyanin subunit beta
k9: Allophycocyanin subunit alpha 1
l9: Allophycocyanin subunit beta
m9: Allophycocyanin subunit alpha-B
n9: Allophycocyanin subunit beta
o9: Allophycocyanin subunit alpha 1
p9: Allophycocyanin subunit beta
q9: Allophycocyanin subunit alpha 1
r9: Allophycocyanin subunit beta
s9: Allophycocyanin subunit alpha 1
t9: Allophycocyanin subunit beta
u9: Allophycocyanin subunit alpha 1
v9: Allophycocyanin subunit beta
w9: Allophycocyanin subunit alpha 1
x9: Allophycocyanin subunit beta
y9: Allophycocyanin subunit alpha 1
z9: Allophycocyanin subunit beta
AA: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG4
BA: C-phycocyanin alpha subunit
CA: C-phycocyanin beta subunit
DA: C-phycocyanin alpha subunit
EA: C-phycocyanin beta subunit
FA: C-phycocyanin alpha subunit
GA: C-phycocyanin beta subunit
HA: C-phycocyanin alpha subunit
IA: C-phycocyanin beta subunit
JA: C-phycocyanin alpha subunit
KA: C-phycocyanin beta subunit
LA: C-phycocyanin alpha subunit
MA: C-phycocyanin beta subunit
NA: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
OA: C-phycocyanin alpha subunit
PA: C-phycocyanin beta subunit
QA: C-phycocyanin alpha subunit
RA: C-phycocyanin beta subunit
SA: C-phycocyanin alpha subunit
TA: C-phycocyanin beta subunit
UA: C-phycocyanin alpha subunit
VA: C-phycocyanin beta subunit
WA: C-phycocyanin alpha subunit
XA: C-phycocyanin beta subunit
YA: C-phycocyanin alpha subunit
ZA: C-phycocyanin beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,666,114636
ポリマ－5,461,249288
非ポリマー204,866348
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Phycobilisome ... , 5種, 24分子 A1A4N1N2N3N4N5N6N7NAA2A5A6AAA3A7G8N8U8b8i8293949

#1: タンパク質 Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2 / L-RC 28.5


分子量: 28688.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120 / 遺伝子: cpcG2
発現宿主: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
参照: UniProt: P29987
#4: タンパク質
Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod


分子量: 32254.086 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120 / 遺伝子: cpcC, alr0530
発現宿主: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
参照: UniProt: P07123
#5: タンパク質
Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG4 / L-RC 29.2


分子量: 29362.826 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120 / 遺伝子: cpcG4
発現宿主: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
参照: UniProt: P29989
#6: タンパク質 Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG1 / L-RC 31.8


分子量: 31973.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120 / 遺伝子: cpcG1
発現宿主: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
参照: UniProt: P29986
#9: タンパク質
Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core / LC 7.8


分子量: 7852.082 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120 / 遺伝子: apcC
発現宿主: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
参照: UniProt: P80558

-
C-phycocyanin ... , 2種, 168分子 B1D1F1H1J1L1O1Q1S1U1W1Y1B2D2F2H2J2L2O2Q2S2U2W2Y2B3D3F3H3J3L3...

#2: タンパク質 ...
C-phycocyanin alpha subunit


分子量: 17475.451 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120 / 遺伝子: cpcA
発現宿主: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
参照: UniProt: P07121
#3: タンパク質 ...
C-phycocyanin beta subunit


分子量: 18403.758 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120 / 遺伝子: cpcB
発現宿主: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
参照: UniProt: P07120

-
Allophycocyanin subunit ... , 4種, 94分子 A8C8E8H8J8L8O8Q8S8V8X8Z8c8e8g8j8l8n8p8r8t8A9C9E9G9I9K9N9P9R9...

#7: タンパク質 ...
Allophycocyanin subunit alpha 1


分子量: 17362.617 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120 / 遺伝子: apcA1
発現宿主: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
参照: UniProt: P80555
#8: タンパク質 ...
Allophycocyanin subunit beta


分子量: 17320.695 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120 / 遺伝子: apcB
発現宿主: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
参照: UniProt: P80557
#11: タンパク質 Allophycocyanin subunit beta-18 / Allophycocyanin subunit B18


分子量: 18657.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120 / 遺伝子: apcF
発現宿主: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
参照: UniProt: Q7A2D6
#12: タンパク質 Allophycocyanin subunit alpha-B


分子量: 17828.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120 / 遺伝子: apcD
発現宿主: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
参照: UniProt: P80556

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 350分子 0919

#10: タンパク質 Phycobiliprotein ApcE / Anchor polypeptide / PBS-anchor protein / Phycobilisome linker polypeptide


分子量: 127045.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120 / 遺伝子: apcE
発現宿主: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
参照: UniProt: P80559, 付加脱離酵素（リアーゼ）
#13: 化合物...
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of cyanobacterial phycobilisome from Anabaena sp. PCC 7120
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL
分子量値: 7 MDa
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 64 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 62439 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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