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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ey1 | |||||||||
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タイトル | Bifunctional xylosidase/glucosidase LXYL with intermediate substrate xylose | |||||||||
要素 | Beta-D-xylosidase/beta-D-glucosidase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / glycoside hydrolases / xylosidases / bifunctional | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucan catabolic process / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lentinula edodes (シイタケ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Gong, W.M. / Yang, L.Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Bifunctional xylosidase/glucosidase LXYL with intermediate substrate xylose 著者: Gong, W.M. / Yang, L.Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ey1.cif.gz | 607 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ey1.ent.gz | 499.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ey1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/7ey1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/7ey1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 86036.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lentinula edodes (シイタケ) / 遺伝子: Lxyl-p1-2 / 発現宿主: Escherichia phage Ecwhy_1 (ファージ) / 参照: UniProt: G8GLP2 |
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-糖 , 11種, 38分子
#2: 多糖 | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1356.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(4-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(4-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 789.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 #4: 多糖 | #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 707.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(6-4)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose | #8: 糖 | ChemComp-NAG / #10: 糖 | ChemComp-XYP / | #11: 糖 | ChemComp-XYZ / | #12: 糖 | ChemComp-MAN / | #13: 糖 | ChemComp-BMA / | |
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-非ポリマー , 2種, 737分子
#9: 化合物 | #14: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 3350, 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2% MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.46→218.5 Å / Num. obs: 158265 / % possible obs: 98.74 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.46→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.537 / Num. unique obs: 7844 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6KJ0 解像度: 2.46→218.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.46→218.5 Å
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