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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7exy | ||||||||||||||||||||
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タイトル | T-hairpin structure found in the RNA element involved in the piRNA biogenesis | ||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / piRNA / cis element | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 生物種 | ![]() ![]() 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ![]() Takase, N. / Kawai, G. | ![]() ![]() タイトル: T-hairpin structure found in the RNA element involved in piRNA biogenesis. 著者: Takase, N. / Otsu, M. / Hirakata, S. / Ishizu, H. / Siomi, M.C. / Kawai, G. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 325.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 375.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5077.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.3 mM None RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*UP*UP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*CP*AP*AP*G)-3'), 95% H2O/5% D2O Label: tj-17-32 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O |
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試料 | 濃度: 0.3 mM 構成要素: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*UP*UP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*CP*AP*AP*G)-3') Isotopic labeling: None |
試料状態 | 詳細: 20 mM sodium phosphate buffer (pH 6.5) with 50 mM NaCl イオン強度: 50 mM / Label: tj-17-32 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11 |