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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7exw | ||||||||||||
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タイトル | GH127 beta-L-arabinofuranosidase HypBA1 covalently complexed with alpha-L-arabinofuranosylamide | ||||||||||||
要素 | Non-reducing end beta-L-arabinofuranosidase | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / (ALPHA/ALPHA)6 BARREL / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 127 | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 non-reducing end beta-L-arabinofuranosidase / beta-L-arabinofuranosidase activity / polysaccharide catabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Bifidobacterium longum subsp. longum (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sawano, K. / Arakawa, T. / Yamada, C. / Fujita, K. / Fushinobu, S. | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Glycobiology / 年: 2022 タイトル: Substrate complex structure, active site labeling and catalytic role of the zinc ion in cysteine glycosidase. 著者: Maruyama, S. / Sawano, K. / Amaki, S. / Suzuki, T. / Narita, S. / Kimura, K. / Arakawa, T. / Yamada, C. / Ito, Y. / Dohmae, N. / Fujita, K. / Ishiwata, A. / Fushinobu, S. #1: ジャーナル: Biochemical and Biophysical Research Communications 年: 2014 タイトル: Crystal structure of glycoside hydrolase family 127 beta-l-arabinofuranosidase from Bifidobacterium longum 著者: Ito, T. / Saikawa, K. / Kim, S. / Fujita, K. / Ishiwata, A. / Kaeothip, S. / Arakawa, T. / Wkagi, T. / Beckham, G.T. / Ito, Y. / Fushinobu, S. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7exw.cif.gz | 145.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7exw.ent.gz | 110.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7exw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7exw_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7exw_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7exw_validation.xml.gz | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7exw_validation.cif.gz | 36 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/7exw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/7exw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74457.906 Da / 分子数: 1 / 断片: glycoside hydrolase / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bifidobacterium longum subsp. longum (strain ATCC 15707 / DSM 20219 / JCM 1217 / NCTC 11818 / E194b) (バクテリア) 株: ATCC 15707 / DSM 20219 / JCM 1217 / NCTC 11818 / E194b / 遺伝子: hypBA1, BLLJ_0211 / プラスミド: pET23 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 参照: UniProt: E8MGH8, non-reducing end beta-L-arabinofuranosidase |
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#2: 糖 | ChemComp-09X / |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.95 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.7 M sodium citrate, 0.1 M MES-NaOH (pH 6.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月18日 |
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→45.2 Å / Num. obs: 42003 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 37.54 Å2 / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.782 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2055 / CC1/2: 0.816 / Rpim(I) all: 0.309 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 3WKX 解像度: 2.2→45.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 8.114 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 148.7 Å2 / Biso mean: 49.049 Å2 / Biso min: 33.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→45.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.202→2.26 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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