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- PDB-7exr: Crystal structure of alkaline alpha-galactosidase D383A mutant fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7exr
タイトルCrystal structure of alkaline alpha-galactosidase D383A mutant from Arabidopsis thaliana complexed with Stachyose.
要素Probable galactinol--sucrose galactosyltransferase 6
キーワードTRANSFERASE / Alkaline alpha-galactosidase / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


galactinol-sucrose galactosyltransferase / galactinol-sucrose galactosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases 36 / Raffinose synthase or seed imbibition protein Sip1 / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable galactinol--sucrose galactosyltransferase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chuankhayan, P. / Guan, H.H. / Lin, C.C. / Chen, N.C. / Huang, Y.C. / Yoshimura, M. / Nakagawa, A. / Lee, R.H. / Chen, C.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structural insight into the hydrolase and synthase activities of an alkaline alpha-galactosidase from Arabidopsis from complexes with substrate/product.
著者: Chuankhayan, P. / Lee, R.H. / Guan, H.H. / Lin, C.C. / Chen, N.C. / Huang, Y.C. / Yoshimura, M. / Nakagawa, A. / Chen, C.J.
履歴
登録2021年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02023年10月4日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_molecule_features / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_branch_scheme.mon_id / _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor / _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 / _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 / _pdbx_entity_branch_list.comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Probable galactinol--sucrose galactosyltransferase 6
A: Probable galactinol--sucrose galactosyltransferase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,7424
ポリマ－166,4092
非ポリマー1,3332
水9,800544
1
B: Probable galactinol--sucrose galactosyltransferase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8712
ポリマ－83,2041
非ポリマー6671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Probable galactinol--sucrose galactosyltransferase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8712
ポリマ－83,2041
非ポリマー6671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.589, 103.749, 182.372
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable galactinol--sucrose galactosyltransferase 6 / Protein DARK INDUCIBLE 10 / Raffinose synthase 6


分子量: 83204.406 Da / 分子数: 2 / 変異: D383A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: RFS6, DIN10, RS6, At5g20250, F5O24.140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8RX87, galactinol-sucrose galactosyltransferase
#2: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-fructofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-6DGalpa1-6DGlcpa1-2DFrufbGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3-3/a2-b1_b6-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Galp]{[(6+1)][a-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.64 %
結晶化温度: 291.5 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.8 / 詳細: Tris, PEG 2000, PGA

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 124558 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.366 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 785125
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.075.40.597122780.8550.2770.660.65799.5
2.07-2.156.10.488123310.9230.2140.5330.701100
2.15-2.256.40.395123510.9490.1690.430.788100
2.25-2.376.40.309123350.9660.1320.3370.845100
2.37-2.526.50.235123700.9770.10.2550.981100
2.52-2.716.50.178124160.9860.0760.1931.144100
2.71-2.996.60.127124300.9910.0540.1381.393100
2.99-3.426.60.086124850.9950.0360.0931.672100
3.42-4.316.50.067126120.9960.0290.0732.34100
4.31-3060.064129500.9950.0290.0712.96499.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EXG

7exg


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.689 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2064 6172 5 %RANDOM
Rwork0.1672 ---
obs0.1692 118298 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 155.89 Å2 / Biso mean: 42.678 Å2 / Biso min: 22.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11240 0 90 544 11874
Biso mean--55.5 44.82 -
残基数----1436
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01911603
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.011.95815729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.135325209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.72351430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.38523.699511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.05151936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6751570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.21741
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02113008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022674
LS精密化 シェル解像度: 2.003→2.055 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 437 -
Rwork0.249 8363 -
all-8800 -
obs--97.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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