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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ewu | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Ebinur Lake virus cap snatching endonuclease (WT) | |||||||||
要素 | Replicase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / cap snatching endonuclease | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Abbey lake orthobunyavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å | |||||||||
データ登録者 | Kuang, W. / Hu, Z. / Gong, P. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2022 タイトル: Insights into Two-Metal-Ion Catalytic Mechanism of Cap-Snatching Endonuclease of Ebinur Lake Virus in Bunyavirales. 著者: Kuang, W. / Zhang, H. / Cai, Y. / Zhang, G. / Deng, F. / Li, H. / Hu, Z. / Guo, Y. / Wang, M. / Zhou, Y. / Gong, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ewu.cif.gz | 161.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ewu.ent.gz | 123.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ewu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/7ewu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/7ewu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25181.875 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal endonuclease domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Abbey lake orthobunyavirus (ウイルス) 株: Cu20-XJ / 遺伝子: RdRp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059WLS9, RNA-directed RNA polymerase #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.89 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.7 / 詳細: PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月9日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.11→50 Å / Num. obs: 47354 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 36.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 0.992 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 210591 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2XI5 解像度: 2.11→35.95 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.22 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.76 Å2 / Biso mean: 45.2921 Å2 / Biso min: 21.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.11→35.95 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
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