PDB-7ewm: Native crystal structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ewm

タイトル

Native crystal structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1

要素

26S proteasome complex subunit SEM1
Cop9 signalosome complex subunit 12
Protein THP3

キーワード

TRANSCRIPTION / Complex / Nucleic acid binding / mRNA splicing

機能・相同性

機能・相同性情報

adaptation of signaling pathway by response to pheromone involved in conjugation with cellular fusion / cellular response to pheromone / conjugation with cellular fusion / SAGA complex localization to transcription regulatory region / transcription export complex 2 / regulation of protein neddylation / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / COP9 signalosome / proteasome regulatory particle, lid subcomplex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Kuang, Z. / Niu, L.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural assembly of the nucleic-acid-binding Thp3-Csn12-Sem1 complex functioning in mRNA splicing.
著者: Kuang, Z. / Ke, J. / Hong, J. / Zhu, Z. / Niu, L.

履歴

登録	2021年5月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ewm.cif.gz	375.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ewm.ent.gz	256 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ewm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/7ewm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/7ewm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7ewfSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (7) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein THP3

B: Cop9 signalosome complex subunit 12

C: 26S proteasome complex subunit SEM1

93.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.575, 115.575, 126.825
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"

#1: タンパク質	Protein THP3 / THO-related protein 3 分子量: 33959.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: THP3, YPR045C, YP9499.03c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12049
#2: タンパク質	Cop9 signalosome complex subunit 12 分子量: 49558.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: CSN12, YJR084W, J1860 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47130
#3: タンパク質	26S proteasome complex subunit SEM1 分子量: 10397.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: SEM1, DSH1, YDR363W-A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O94742
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.76 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 22217 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.3 % / B_iso Wilson estimate: 74.1 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 29.77
反射シェル	解像度: 2.9→2.95 Å / R_merge(I) obs: 0.106 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / Num. unique obs: 1089 / CC_1/2: 0.888

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7EWF

7ewf

解像度: 2.9→32.29 Å / SU ML: 0.3981 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.23
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	1155	5.22 %	RANDOM
R_work	0.222	20991	-	-
obs	0.2236	22146	99.85 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 96.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→32.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6106	0	0	4	6110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	6225
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8776	8395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	931
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1069
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.8296	3810

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-3.03	0.3785	123	0.3062	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.03-3.19	0.3421	164	0.2803	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.39	0.2878	151	0.2608	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.39-3.65	0.2918	128	0.2412	2610	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.65-4.02	0.2636	146	0.2267	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.02-4.6	0.2251	160	0.1902	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6-5.79	0.2274	120	0.2193	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
5.79-32.29	0.2205	163	0.2008	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.04

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0152708699672	-0.0144117909124	0.00016535949692	0.00581718157698	0.00153966614074	0.0093425589817	-0.123414402356	0.0553621149369	0.0248585758692	0.00753989304843	-0.144410657249	0.07047130943	-0.0172843175116	-0.0409779495784	-3.93772802438E-8	0.345993258228	0.0129697995522	0.00819177704197	0.581058821328	-0.0471133316043	0.536495118881	3.60486618508	34.3595841128	-12.3419763875
2	0.0112836605087	-0.00943018515853	0.00430628856236	0.00603111257337	-0.0013746894166	0.00999820807693	-0.0852293373696	-0.00506570949741	-0.0756584819069	0.040028819185	-0.0800165053145	0.10435476999	0.00399083877848	0.00588295175262	1.98445633423E-8	0.350025863451	-0.0409130188471	0.0127795852386	0.380805470964	0.0138171733721	0.333077600715	15.6028326024	34.0289347921	-11.7312876398
3	0.0194630399253	-0.0198335230484	-0.0147337274503	0.00530449756621	-0.00430269663634	0.0122300189645	0.0278775341869	0.0710551002965	0.00380726540396	0.00343165319709	-0.0809994541152	-0.137372728218	0.046649072755	0.0152702124508	-6.19844803659E-9	0.390745880822	-0.00524050026049	0.0379466103428	0.434774139571	-0.0332853297542	0.337863057545	35.9905802674	31.5866719372	-16.7855596562
4	0.00107859751584	-0.00115385744709	-0.0026957408692	0.00307126999022	0.00596116414447	0.00339313563795	0.027548738585	-0.0229280071316	0.0542924653384	-0.00980225475699	0.0744896977599	0.0970408487331	0.00441710774981	0.00838436655065	1.31244595416E-7	0.360075090693	-0.0189305783907	-0.00617490063942	0.448024277011	0.0168019546839	0.352385340441	39.3783942167	40.4172729063	-3.71266948455
5	0.00371360306542	-0.00636522820364	0.00030326958348	0.0122858102024	-0.00221375488097	0.00460228460385	-0.0410531782973	-0.0950744492824	0.093800866361	0.00410852945456	0.0447071694833	0.0122485243354	-0.130933850266	0.00402779085496	2.74825431791E-7	0.262886045484	-0.157009335377	-0.0594601240163	0.263251948919	-0.0928893779255	0.228898401925	50.1470857587	50.8104737528	2.71179449375
6	0.00314049784109	0.0011991332373	0.00129895189119	-5.44456082437E-7	-0.00240890981078	-0.00132648445385	0.0823438006882	-0.00383320012572	0.0228654225248	-0.00643104301255	0.0608797007258	-0.0121109460124	-0.00517205659354	0.0263100644515	-5.53183158858E-9	0.467234926812	0.0233063956538	0.0528048846552	0.566945392888	-0.0351241463933	0.659847098586	56.7493215795	50.0634494099	5.27705221789
7	0.000822132280408	0.0132799595745	-0.000517251485192	0.00819448124212	0.00555289659937	-0.0053054745382	-0.114947187411	-0.046432114242	-0.0966510050517	0.00746507707138	-0.0647584302912	0.0581828376156	0.0241285441103	-0.0546861487788	6.29862029065E-9	1.36178842508	-0.0243431156028	0.0587965172904	1.08090265822	0.262930974884	1.14651790492	23.675239376	-15.3790085993	-4.69891729454
8	-0.0290149293184	0.0131134674972	-0.093923959652	-0.0308579533285	0.0134301145655	-0.0515996928377	0.0609574780067	-0.196549519704	-0.473812326263	0.184147491255	0.182235132082	0.364679162022	0.346803776762	-0.109526407658	1.36778044396E-9	-0.935572577727	1.62767549729	1.592984844	-0.850390875642	-1.18420347742	-0.966896831358	43.6557561853	4.13204330191	-4.19714592158
9	0.0122781429963	0.000402047974098	-0.00400136164652	0.0401278264995	-0.00130360126999	0.0160385014669	0.0172073640605	-0.123807247613	0.130040475059	-0.0821848555436	0.177084183413	-0.107278790717	0.095884965907	0.195897347739	-1.76619910804E-8	0.239615707218	-0.0300171591091	-0.0538288251329	0.690882598364	-0.0235201053704	0.478880146046	60.9064106717	31.4271415626	-10.0452997913
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12	0.00211822537535	-0.00409136443984	0.000673463907514	0.000407092564522	-0.000625630464705	-0.000561282872803	0.0184797420126	-0.0103722556713	-0.0286438239433	0.00326866908078	0.0099627917095	-0.00162660998865	0.0118799005754	-0.000862194964815	1.08697910749E-6	0.625609007046	0.249980020183	-0.115536027661	0.735102340665	-0.023606827897	0.889285778628	68.1246255253	15.0952271354	-9.87369380592
13	0.00351385560618	-0.001982895996	-0.00282460211569	0.00198654099353	0.00015409402828	0.000419104267012	-0.0232193157168	0.0259254142841	-0.0200383039968	-0.0148457732934	-0.0188889632128	-0.00656219781194	0.00532243062956	-0.0180963404895	-5.81197737746E-7	0.6641745172	-0.0637810678708	0.160519838845	0.850646708686	-0.208289964424	0.838645351985	74.647716059	34.3804845788	-20.1071207344

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 187 through 231 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 232 through 291 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 292 through 368 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 369 through 391 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 392 through 432 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 433 through 458 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 6 through 120 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 121 through 309 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 310 through 423 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 32 through 52 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 53 through 57 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 58 through 71 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 72 through 89 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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