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- PDB-7ewf: Selenomethionine-substituted structure of S. cerevisiae Csn12 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ewf
タイトルSelenomethionine-substituted structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1
要素
  • 26S proteasome complex subunit SEM1
  • Cop9 signalosome complex subunit 12
  • Protein THP3
キーワードTRANSCRIPTION / Complex / Nucleic acid binding / mRNA splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptation of signaling pathway by response to pheromone involved in conjugation with cellular fusion / cellular response to pheromone / conjugation with cellular fusion / SAGA complex localization to transcription regulatory region / transcription export complex 2 / regulation of protein neddylation / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / COP9 signalosome / proteasome regulatory particle, lid subcomplex ...adaptation of signaling pathway by response to pheromone involved in conjugation with cellular fusion / cellular response to pheromone / conjugation with cellular fusion / SAGA complex localization to transcription regulatory region / transcription export complex 2 / regulation of protein neddylation / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / COP9 signalosome / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome storage granule / proteasome assembly / mRNA export from nucleus / protein folding chaperone / proteasome complex / double-strand break repair via homologous recombination / euchromatin / mRNA splicing, via spliceosome / double-stranded DNA binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / molecular adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of cell cycle / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #990 / Csn12 family / SAC3/GANP/THP3, conserved domain / SAC3/GANP/THP3 / SAC3/GANP family / DSS1/SEM1 / DSS1/SEM1 family / DSS1_SEM1 / PCI/PINT associated module / PCI domain ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #990 / Csn12 family / SAC3/GANP/THP3, conserved domain / SAC3/GANP/THP3 / SAC3/GANP family / DSS1/SEM1 / DSS1/SEM1 family / DSS1_SEM1 / PCI/PINT associated module / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
26S proteasome complex subunit SEM1 / Cop9 signalosome complex subunit 12 / Protein THP3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Kuang, Z. / Niu, L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0504903 to L.N. 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)Grant Nos. 31621002 to L.N. 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural assembly of the nucleic-acid-binding Thp3-Csn12-Sem1 complex functioning in mRNA splicing.
著者: Kuang, Z. / Ke, J. / Hong, J. / Zhu, Z. / Niu, L.
履歴
登録2021年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein THP3
B: Cop9 signalosome complex subunit 12
C: 26S proteasome complex subunit SEM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9003
ポリマ－94,9003
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area37380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.319, 116.319, 127.347
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"

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要素

#1: タンパク質 Protein THP3 / THO-related protein 3


分子量: 34475.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: THP3, YPR045C, YP9499.03c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12049
#2: タンパク質 Cop9 signalosome complex subunit 12


分子量: 49980.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: CSN12, YJR084W, J1860 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47130
#3: タンパク質 26S proteasome complex subunit SEM1


分子量: 10443.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SEM1, DSH1, YDR363W-A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O94742
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 23736 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.6 % / Biso Wilson estimate: 64.94 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 23.44
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.895 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Num. unique obs: 1168 / CC1/2: 0.897 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.85→33.58 Å / SU ML: 0.3657 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.704
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2567 1181 5 %RANDOM
Rwork0.212 22449 --
obs0.2142 23630 99.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 87.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→33.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6115 0 0 8 6123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00536234
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82258407
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0495932
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561071
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.06233816
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.980.35391260.30072803X-RAY DIFFRACTION99.97
2.98-3.140.33181450.25442761X-RAY DIFFRACTION99.97
3.14-3.330.29511880.25782726X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.590.3031700.22892763X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.950.25221410.20992812X-RAY DIFFRACTION99.97
3.95-4.520.20331110.1762850X-RAY DIFFRACTION99.97
4.52-5.690.22181430.19542841X-RAY DIFFRACTION99.9
5.69-33.580.241570.20392893X-RAY DIFFRACTION97.88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1230419336720.0865055736723-0.02408499136320.0854079940061-0.03259560706750.1714766035390.01809283412610.0206992045669-0.0646942559303-0.115084444299-0.247227421352-0.0677775969292-0.05917157788030.0254761139306-1.81739627641E-90.361615438190.01691534302220.02908193020070.2510215224030.02544372258060.350964444535-36.0550359973-5.132989324658.08503030965
2-0.0199582853968-0.0327052141218-0.01142270544450.0597470687144-0.0213844497097-0.004342938049070.06494127540690.07061072471560.0358417439581-0.0328781352387-0.03527629398250.0709158859024-0.167529448771-0.06927547258572.41215579113E-80.440080024582-0.00104352676303-0.009901376648070.3008435722930.01200216401670.343572834768-50.25405074317.14209451028.76535188209
30.02492539976170.0163196925535-0.01649416940070.03687673083080.001187807885870.041479739862-0.05854534589650.0763983304853-0.1284038318460.1322265210910.1729993197670.05999791703210.0102182218315-0.176534076354.31305442013E-90.270031213662-0.002473582834260.08026268800980.3079830826520.03510156103130.292565534116-70.439674518820.561900229825.0418384055
40.00911484251027-0.0431954471455-0.0143484978963-0.005715146826890.0113675520907-0.00228101268173-0.07804318091420.07044233766880.0434965355563-0.0634551993012-0.09583529573120.01951859478880.07919680850210.12606139519-6.58913925582E-90.974125376372-0.218653492772-0.193031145021.26557799076-0.05168661248591.142283453711.1483935528428.60163118516.4695493724
50.0885467502290.01237246738320.03119095843950.0360128388133-0.103454752627-0.01145120504510.0794983352635-0.5730751405260.2268043988670.659609159085-0.0606241271649-0.610411374958-0.3340278899410.5963809569281.47944121816E-90.556286233572-0.629540559608-0.0378980922486-0.9209660453710.942473989037-0.0535917161951-25.737783853736.163859931417.1452102818
60.0523553733720.0365747760314-0.05341608627510.0650666693633-0.06806358324620.03965306771430.05285821000580.201247813346-0.01249163657560.3046655659380.03672869434420.120829890538-0.410858682302-0.01175566643811.84373107961E-90.5219944589660.08231446629010.09609887375250.2221924110170.04959846943540.324013989011-58.298744615437.015915132511.0531834804
70.009907131084230.01281082989310.0006470248211380.00840144189681-0.007459946344450.006129505151740.1040628099380.01517285919110.02127040460660.1002512722560.05713635649020.0375635939476-0.1344723964320.0231997485616-1.27666231189E-70.960418657406-0.158361173846-0.1137751332890.55688857710.07482358109040.862586623528-21.338273485146.614331699213.9294786218
80.000834447214820.00397126398428-0.001840958716050.000164514113438-0.00482354010474-0.00205045886511-0.0288509412768-0.006110906877830.03726068022030.001087011583190.0162352572473-0.02543706793450.002546536745230.03139609791832.12965016488E-60.83726674821-0.1181513040950.1667726724630.4754995001-0.0822485286450.755157344106-47.559058517851.72352816611.2143080314
90.00366078400313-0.005293483170410.004396376311960.00595541535658-0.003868753999730.001394886934070.02411917868360.02616809062020.00267218528289-0.006251094173750.05041438509040.05021980907270.0108286101822-0.00443635643412-1.25304889458E-70.7396041325110.2465397660040.1654196294110.6576071049210.255270018710.773434952966-67.357833065647.85619204760.924283782085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 187 through 314 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 315 through 391 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 392 through 458 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 6 through 121 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 122 through 309 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 310 through 423 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 32 through 57 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 58 through 71 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 72 through 89 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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