PDB-7ewj: Toxin-antitoxin complex from Staphylococcus aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ewj

タイトル

Toxin-antitoxin complex from Staphylococcus aureus

要素

Endoribonuclease MazF
PemI inhibitor

キーワード

TOXIN / Complex RNase DNA-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kim, D.H. / Kang, S.M. / Lee, S.J. / Lee, B.J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Role of PemI in the Staphylococcus aureus PemIK toxin-antitoxin complex: PemI controls PemK by acting as a PemK loop mimic.
著者: Kim, D.H. / Kang, S.M. / Baek, S.M. / Yoon, H.J. / Jang, D.M. / Kim, H.S. / Lee, S.J. / Lee, B.J.

履歴

登録	2021年5月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ewj.cif.gz	178.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ewj.ent.gz	142.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ewj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ewj_validation.pdf.gz	5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ewj_full_validation.pdf.gz	5 MB	表示
XML形式データ	7ewj_validation.xml.gz	35.6 KB	表示
CIF形式データ	7ewj_validation.cif.gz	51.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/7ewj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/7ewj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ewiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7auy-1 3r7c-1 5ty8-d 7ewj-2 7meg-d 3h18-d 3q82-2 3ed1-5 7ker-d 7meh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoribonuclease MazF

B: Endoribonuclease MazF

C: PemI inhibitor

D: Endoribonuclease MazF

E: Endoribonuclease MazF

F: PemI inhibitor

G: Endoribonuclease MazF

H: Endoribonuclease MazF

I: PemI inhibitor

ヘテロ分子

93.7 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoribonuclease MazF

B: Endoribonuclease MazF

C: PemI inhibitor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Endoribonuclease MazF

E: Endoribonuclease MazF

F: PemI inhibitor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: Endoribonuclease MazF

H: Endoribonuclease MazF

I: PemI inhibitor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.509, 164.509, 232.209
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-340- HOH
2	1	I-128- HOH

#1: タンパク質	Endoribonuclease MazF / Toxin MazF / mRNA interferase MazF 分子量: 13459.659 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: SACH_a18 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: L7PFJ6
#2: タンパク質・ペプチド	PemI inhibitor / PemI inhibitor 分子量: 3865.264 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: SACH_a19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: L7PH55
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.97 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 100 mM CAPS/Sodium hydroxide, pH 10.5, 200 mM lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 205519 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.12 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 7.17 % / Num. unique obs: 32910 / CC_1/2: 0.789 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→38.77 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2188	3826	1.86 %
R_work	0.1877	-	-
obs	0.1883	205486	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6275	0	71	515	6861

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	6430
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.649	8685
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.406	842
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.097	989
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1091

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.02	0.3142	127	0.2833	7160	X-RAY DIFFRACTION	95
2.02-2.05	0.2978	141	0.259	7470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.2671	134	0.2416	7556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.11	0.2614	148	0.2235	7472	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.14	0.2805	137	0.226	7456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.17	0.2356	150	0.2201	7453	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.2488	141	0.2186	7455	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.25	0.2388	145	0.2087	7473	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.29	0.2362	148	0.2135	7498	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.33	0.2468	147	0.2016	7447	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.38	0.2801	142	0.2028	7509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.43	0.217	153	0.192	7463	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.49	0.2513	141	0.1987	7520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.55	0.275	141	0.1958	7398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.62	0.2474	144	0.2048	7508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.7	0.2618	143	0.1978	7516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.78	0.2257	138	0.1989	7500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.88	0.248	141	0.2024	7465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3	0.1966	136	0.1944	7499	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.14	0.2417	139	0.1927	7461	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.3	0.2511	147	0.1868	7468	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.51	0.1893	144	0.1852	7503	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.78	0.2195	133	0.1647	7449	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-4.16	0.2006	132	0.1577	7491	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.76	0.1489	138	0.143	7488	X-RAY DIFFRACTION	100
4.76-5.99	0.2224	145	0.1882	7507	X-RAY DIFFRACTION	100
5.99-38.77	0.1977	151	0.2102	7475	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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