PDB-7ewf: Selenomethionine-substituted structure of S. cerevisiae Csn12 in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ewf

タイトル

Selenomethionine-substituted structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1

要素

26S proteasome complex subunit SEM1プロテアソーム
Cop9 signalosome complex subunit 12
Protein THP3

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

Complex /

Nucleic acid binding (核酸) /

mRNA splicing

機能・相同性

機能・相同性情報

adaptation of signaling pathway by response to pheromone involved in conjugation with cellular fusion / SAGA complex localization to transcription regulatory region / transcription export complex 2 / protein deneddylation / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth /

COP9 signalosome / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / poly(A)+ mRNA export from nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Kuang, Z. / Niu, L.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural assembly of the nucleic-acid-binding Thp3-Csn12-Sem1 complex functioning in mRNA splicing.
著者: Kuang, Z. / Ke, J. / Hong, J. / Zhu, Z. / Niu, L.

履歴

登録	2021年5月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ewf.cif.gz	374.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ewf.ent.gz	258.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ewf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/7ewf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/7ewf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ewmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (7) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein THP3

B: Cop9 signalosome complex subunit 12

C: 26S proteasome complex subunit SEM1

94.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.319, 116.319, 127.347
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"

#1: タンパク質	Protein THP3 / THO-related protein 3 分子量: 34475.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: THP3, YPR045C, YP9499.03c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12049
#2: タンパク質	Cop9 signalosome complex subunit 12 / 分子量: 49980.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: CSN12, YJR084W, J1860 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47130
#3: タンパク質	26S proteasome complex subunit SEM1 / プロテアソーム分子量: 10443.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: SEM1, DSH1, YDR363W-A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O94742
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 23736 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.6 % / B_iso Wilson estimate: 64.94 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 23.44
反射シェル	解像度: 2.85→2.9 Å / R_merge(I) obs: 0.895 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Num. unique obs: 1168 / CC_1/2: 0.897 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.85→33.58 Å / SU ML: 0.3657 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.704
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2567	1181	5 %	RANDOM
R_work	0.212	22449	-	-
obs	0.2142	23630	99.69 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→33.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6115	0	0	8	6123

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0053	6234
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8225	8407
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0495	932
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	1071
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.0623	3816

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.85-2.98	0.3539	126	0.3007	2803	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.98-3.14	0.3318	145	0.2544	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.14-3.33	0.2951	188	0.2578	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.59	0.303	170	0.2289	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.95	0.2522	141	0.2099	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.95-4.52	0.2033	111	0.176	2850	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.52-5.69	0.2218	143	0.1954	2841	X-RAY DIFFRACTION	99.9
5.69-33.58	0.24	157	0.2039	2893	X-RAY DIFFRACTION	97.88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.123041933672	0.0865055736723	-0.0240849913632	0.0854079940061	-0.0325956070675	0.171476603539	0.0180928341261	0.0206992045669	-0.0646942559303	-0.115084444299	-0.247227421352	-0.0677775969292	-0.0591715778803	0.0254761139306	-1.81739627641E-9	0.36161543819	0.0169153430222	0.0290819302007	0.251021522403	0.0254437225806	0.350964444535	-36.0550359973	-5.13298932465	8.08503030965
2	-0.0199582853968	-0.0327052141218	-0.0114227054445	0.0597470687144	-0.0213844497097	-0.00434293804907	0.0649412754069	0.0706107247156	0.0358417439581	-0.0328781352387	-0.0352762939825	0.0709158859024	-0.167529448771	-0.0692754725857	2.41215579113E-8	0.440080024582	-0.00104352676303	-0.00990137664807	0.300843572293	0.0120021640167	0.343572834768	-50.254050743	17.1420945102	8.76535188209
3	0.0249253997617	0.0163196925535	-0.0164941694007	0.0368767308308	0.00118780788587	0.041479739862	-0.0585453458965	0.0763983304853	-0.128403831846	0.132226521091	0.172999319767	0.0599979170321	0.0102182218315	-0.17653407635	4.31305442013E-9	0.270031213662	-0.00247358283426	0.0802626880098	0.307983082652	0.0351015610313	0.292565534116	-70.4396745188	20.5619002298	25.0418384055
4	0.00911484251027	-0.0431954471455	-0.0143484978963	-0.00571514682689	0.0113675520907	-0.00228101268173	-0.0780431809142	0.0704423376688	0.0434965355563	-0.0634551993012	-0.0958352957312	0.0195185947888	0.0791968085021	0.12606139519	-6.58913925582E-9	0.974125376372	-0.218653492772	-0.19303114502	1.26557799076	-0.0516866124859	1.14228345371	1.14839355284	28.601631185	16.4695493724
5	0.088546750229	0.0123724673832	0.0311909584395	0.0360128388133	-0.103454752627	-0.0114512050451	0.0794983352635	-0.573075140526	0.226804398867	0.659609159085	-0.0606241271649	-0.610411374958	-0.334027889941	0.596380956928	1.47944121816E-9	0.556286233572	-0.629540559608	-0.0378980922486	-0.920966045371	0.942473989037	-0.0535917161951	-25.7377838537	36.1638599314	17.1452102818
6	0.052355373372	0.0365747760314	-0.0534160862751	0.0650666693633	-0.0680635832462	0.0396530677143	0.0528582100058	0.201247813346	-0.0124916365756	0.304665565938	0.0367286943442	0.120829890538	-0.410858682302	-0.0117556664381	1.84373107961E-9	0.521994458966	0.0823144662901	0.0960988737525	0.222192411017	0.0495984694354	0.324013989011	-58.2987446154	37.0159151325	11.0531834804
7	0.00990713108423	0.0128108298931	0.000647024821138	0.00840144189681	-0.00745994634445	0.00612950515174	0.104062809938	0.0151728591911	0.0212704046066	0.100251272256	0.0571363564902	0.0375635939476	-0.134472396432	0.0231997485616	-1.27666231189E-7	0.960418657406	-0.158361173846	-0.113775133289	0.5568885771	0.0748235810904	0.862586623528	-21.3382734851	46.6143316992	13.9294786218
8	0.00083444721482	0.00397126398428	-0.00184095871605	0.000164514113438	-0.00482354010474	-0.00205045886511	-0.0288509412768	-0.00611090687783	0.0372606802203	0.00108701158319	0.0162352572473	-0.0254370679345	0.00254653674523	0.0313960979183	2.12965016488E-6	0.83726674821	-0.118151304095	0.166772672463	0.4754995001	-0.082248528645	0.755157344106	-47.5590585178	51.723528166	11.2143080314
9	0.00366078400313	-0.00529348317041	0.00439637631196	0.00595541535658	-0.00386875399973	0.00139488693407	0.0241191786836	0.0261680906202	0.00267218528289	-0.00625109417375	0.0504143850904	0.0502198090727	0.0108286101822	-0.00443635643412	-1.25304889458E-7	0.739604132511	0.246539766004	0.165419629411	0.657607104921	0.25527001871	0.773434952966	-67.3578330656	47.8561920476	0.924283782085

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 187 through 314 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 315 through 391 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 392 through 458 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 6 through 121 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 122 through 309 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 310 through 423 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 32 through 57 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 58 through 71 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 72 through 89 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)