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- PDB-7evq: Crystal structure of C-terminal half of lactoferrin obtained by l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7evq
タイトルCrystal structure of C-terminal half of lactoferrin obtained by limited proteolysis using pepsin at 2.6 A resolution
要素Lactotransferrin
キーワードIRON-BINDING PROTEIN / lactoferrin
機能・相同性
機能・相同性情報


Metal sequestration by antimicrobial proteins / Antimicrobial peptides / negative regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of osteoclast development / antifungal humoral response / specific granule / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chondrocyte proliferation ...Metal sequestration by antimicrobial proteins / Antimicrobial peptides / negative regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of osteoclast development / antifungal humoral response / specific granule / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chondrocyte proliferation / regulation of tumor necrosis factor production / bone morphogenesis / Neutrophil degranulation / positive regulation of osteoblast proliferation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of osteoblast differentiation / regulation of cytokine production / ossification / innate immune response in mucosa / recycling endosome / antibacterial humoral response / iron ion transport / early endosome / iron ion binding / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / negative regulation of apoptotic process / proteolysis / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lactotransferrin / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / : / Lactotransferrin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Viswanathan, V. / Singh, J. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)PDF/2018/000008 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of C-terminal half of lactoferrin obtained by limited proteolysis using pepsin at 2.6 A resolution
著者: Viswanathan, V. / Singh, J. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2021年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactotransferrin
B: Lactotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,10813
ポリマ－76,0242
非ポリマー3,08411
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint20 kcal/mol
Surface area30450 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)153.246, 81.690, 110.227
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.907, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-847-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 342 through 689 or resid 702 through 709))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 342 through 689 or resid 708 through 703))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1TYRARGA1 - 348
d_12ens_1NAGNAGF
d_13ens_1BMABMAG
d_14ens_1NAGNAGH
d_15ens_1NAGNAGI
d_16ens_1BMABMAJ
d_21ens_1TYRARGA1 - 348
d_22ens_1NAGNAGF
d_23ens_1BMABMAG
d_24ens_1NAGNAGH
d_25ens_1NAGNAGI
d_26ens_1BMABMAJ

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.192071926117, -0.0369469481605, -0.980685116752), (-0.0425013599465, 0.998040348997, -0.0459248971302), (0.980460100973, 0.0505013345897, 0.190125236631)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.192071926117, -0.0369469481605, -0.980685116752), (-0.0425013599465, 0.998040348997, -0.0459248971302), (0.980460100973, 0.0505013345897, 0.190125236631)
ベクター: 75.5356251445, 42.9483687576, -8.34523020996)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lactotransferrin / Lactoferrin


分子量: 38011.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
参照: UniProt: P24627, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ

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糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 86分子

#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Magnesium Acetate 20%, PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.12 Å / Num. obs: 41125 / % possible obs: 64.8 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 43.83 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 0.97
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1136 / CC1/2: 0.84 / Rpim(I) all: 0.26 / Rrim(I) all: 0.48 / % possible all: 22.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BFL

1bfl
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.6→45.12 Å / SU ML: 0.4187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.9683
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2841 2005 4.88 %
Rwork0.2269 39120 -
obs0.2296 41125 65.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5314 0 198 81 5593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00965607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4187596
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0693894
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0114966
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.014841
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.1512745831 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.660.3922420.3056936X-RAY DIFFRACTION21.81
2.67-2.740.3136780.27391141X-RAY DIFFRACTION27.02
2.74-2.820.3917920.27921491X-RAY DIFFRACTION35.01
2.82-2.910.2982860.28741715X-RAY DIFFRACTION40.04
2.91-3.010.2529990.28161985X-RAY DIFFRACTION46.62
3.01-3.130.30321060.28512325X-RAY DIFFRACTION53.5
3.13-3.280.38041290.2682627X-RAY DIFFRACTION61.56
3.28-3.450.34221510.24562947X-RAY DIFFRACTION68.92
3.45-3.660.34651680.24783433X-RAY DIFFRACTION80.25
3.66-3.950.29752030.22943981X-RAY DIFFRACTION91.88
3.95-4.340.27882510.22024096X-RAY DIFFRACTION97.01
4.34-4.970.27422230.19794152X-RAY DIFFRACTION97.11
4.97-6.260.23151970.21634219X-RAY DIFFRACTION97.76
6.26-45.120.22151800.19544072X-RAY DIFFRACTION94.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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