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万見
- PDB-7evo: The cryo-EM structure of the human 17S U2 snRNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7evo
タイトルThe cryo-EM structure of the human 17S U2 snRNP
要素
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (Splicing factor 3A subunit ...) x 3
  • (Splicing factor 3B subunit ...) x 5
  • (U2 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • HIV Tat-specific factor 1
  • PHD finger-like domain-containing protein 5A
  • RNA helicase
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
  • U2 snRNA
キーワードSPLICING / U2 snRNP / PRP5 / SF3B1
機能・相同性
機能・相同性情報


U11/U12 snRNP / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / B-WICH complex / protein methylation ...U11/U12 snRNP / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / B-WICH complex / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / 7-methylguanosine cap hypermethylation / chromatin-protein adaptor activity / protein localization to site of double-strand break / RNA splicing, via transesterification reactions / U1 snRNP binding / methylosome / pICln-Sm protein complex / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / splicing factor binding / SMN-Sm protein complex / P granule / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type precatalytic spliceosome / telomerase RNA binding / U2-type spliceosomal complex / telomerase holoenzyme complex / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / SAGA complex / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of RNA splicing / mRNA Splicing - Minor Pathway / mRNA 3'-splice site recognition / U5 snRNP / U2 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / regulation of DNA repair / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / stem cell differentiation / spliceosomal complex / double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of protein catabolic process / mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of neuron projection development / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / nuclear matrix / fibrillar center / mRNA processing / site of double-strand break / snRNP Assembly / spermatogenesis / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / nucleic acid binding / hydrolase activity / RNA helicase activity / nuclear speck / nuclear body / RNA helicase / chromatin remodeling / mRNA binding / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TatSF1-like, RNA recognition motif 1 / TatSF1-like / : / KH-domain / SF3B4, RNA recognition motif 2 / Splicing factor SF3a60 binding domain / Splicing factor SF3a60 binding domain / Cactus-binding C-terminus of cactin protein / Splicing factor 3A subunit 1, ubiquitin domain / : ...TatSF1-like, RNA recognition motif 1 / TatSF1-like / : / KH-domain / SF3B4, RNA recognition motif 2 / Splicing factor SF3a60 binding domain / Splicing factor SF3a60 binding domain / Cactus-binding C-terminus of cactin protein / Splicing factor 3A subunit 1, ubiquitin domain / : / Replication stress response SDE2 C-terminal / SF3A2 domain / : / Pre-mRNA-splicing factor SF3a complex subunit 2 (Prp11) / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 1 / Splicing factor SF3a60 /Prp9 subunit, C-terminal / SF3A3 domain / SF3a60/Prp9 C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor SF3A3, of SF3a complex, Prp9 / SF3B4, RNA recognition motif 1 / : / Splicing factor 3B, subunit 5 / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / Splicing factor 3B subunit 1 / : / Splicing factor 3B subunit 1 / : / Domain of unknown function DUF382 / Domain of unknown function (DUF382) / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / Zinc-finger of C2H2 type / PHF5-like / PHF5-like protein / PSP, proline-rich / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / SAP motif profile. / Leucine-rich repeat / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / : / Sm domain profile. / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / LSM domain superfamily / RRM (RNA recognition motif) domain / Leucine-rich repeat profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Zinc finger C2H2-type / Leucine-rich repeat / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9B0 / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX46 / 17S U2 SnRNP complex component HTATSF1 / Splicing factor 3B subunit 1 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' ...Chem-9B0 / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX46 / 17S U2 SnRNP complex component HTATSF1 / Splicing factor 3B subunit 1 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Splicing factor 3A subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 2 / Splicing factor 3B subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 4 / Splicing factor 3A subunit 2 / Splicing factor 3A subunit 1 / PHD finger-like domain-containing protein 5A / Splicing factor 3B subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang, X. / Zhan, X. / Shi, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into branch site proofreading by human spliceosome.
著者: Xiaofeng Zhang / Xiechao Zhan / Tong Bian / Fenghua Yang / Pan Li / Yichen Lu / Zhihan Xing / Rongyan Fan / Qiangfeng Cliff Zhang / Yigong Shi /
要旨: Selection of the pre-mRNA branch site (BS) by the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) is crucial to prespliceosome (A complex) assembly. The RNA helicase PRP5 proofreads BS selection but the ...Selection of the pre-mRNA branch site (BS) by the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) is crucial to prespliceosome (A complex) assembly. The RNA helicase PRP5 proofreads BS selection but the underlying mechanism remains unclear. Here we report the atomic structures of two sequential complexes leading to prespliceosome assembly: human 17S U2 snRNP and a cross-exon pre-A complex. PRP5 is anchored on 17S U2 snRNP mainly through occupation of the RNA path of SF3B1 by an acidic loop of PRP5; the helicase domain of PRP5 associates with U2 snRNA; the BS-interacting stem-loop (BSL) of U2 snRNA is shielded by TAT-SF1, unable to engage the BS. In the pre-A complex, an initial U2-BS duplex is formed; the translocated helicase domain of PRP5 stays with U2 snRNA and the acidic loop still occupies the RNA path. The pre-A conformation is specifically stabilized by the splicing factors SF1, DNAJC8 and SF3A2. Cancer-derived mutations in SF3B1 damage its association with PRP5, compromising BS proofreading. Together, these findings reveal key insights into prespliceosome assembly and BS selection or proofreading by PRP5.
履歴
登録2021年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: U2 snRNA
1: Splicing factor 3B subunit 1
2: Splicing factor 3B subunit 2
3: Splicing factor 3B subunit 3
4: Splicing factor 3B subunit 4
5: Splicing factor 3B subunit 5
6: PHD finger-like domain-containing protein 5A
A: Splicing factor 3A subunit 1
B: Splicing factor 3A subunit 2
C: Splicing factor 3A subunit 3
D: HIV Tat-specific factor 1
E: RNA helicase
F: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
G: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
a: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
b: Small nuclear ribonucleoprotein F
c: Small nuclear ribonucleoprotein E
d: Small nuclear ribonucleoprotein G
e: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
f: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
g: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,061,81526
ポリマ－1,060,83421
非ポリマー9815
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 H

#1: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 60186.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 340097

-
Splicing factor 3B subunit ... , 5種, 5分子 12345

#2: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 1 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 155 kDa subunit / SF3b155 / Spliceosome-associated protein 155 / SAP 155


分子量: 146024.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75533
#3: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 2 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 145 kDa subunit / SF3b145 / Spliceosome-associated protein 145 / SAP 145


分子量: 100377.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13435
#4: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 3 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein ...Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein 130 / SAP 130


分子量: 135718.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15393
#5: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 4 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 49 kDa subunit / Spliceosome-associated protein 49 / SAP 49


分子量: 44436.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15427
#6: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 5 / SF3b5 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 10 kDa subunit


分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BWJ5

-
タンパク質 , 4種, 4分子 6DEf

#7: タンパク質 PHD finger-like domain-containing protein 5A / PHD finger-like domain protein 5A / Splicing factor 3B-associated 14 kDa protein / SF3b14b


分子量: 12427.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7RTV0
#11: タンパク質 HIV Tat-specific factor 1 / Tat-SF1


分子量: 85965.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43719
#12: タンパク質 RNA helicase


分子量: 119807.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX46 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0C4DG89, RNA helicase
#20: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / snRNP-B / Sm protein B/B' / SmB/B'


分子量: 24642.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14678

-
Splicing factor 3A subunit ... , 3種, 3分子 ABC

#8: タンパク質 Splicing factor 3A subunit 1 / SF3a120 / Spliceosome-associated protein 114 / SAP 114


分子量: 88991.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15459
#9: タンパク質 Splicing factor 3A subunit 2 / SF3a66 / Spliceosome-associated protein 62 / SAP 62


分子量: 49327.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15428
#10: タンパク質 Splicing factor 3A subunit 3 / SF3a60 / Spliceosome-associated protein 61 / SAP 61


分子量: 58934.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12874

-
U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 FG

#13: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A'


分子量: 28456.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09661
#14: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 snRNP B''


分子量: 25524.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08579

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 6分子 abcdeg

#15: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 13551.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316
#16: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9734.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62306
#17: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10817.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62304
#18: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8508.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308
#19: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 13940.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318
#21: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1


分子量: 13310.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314

-
非ポリマー , 2種, 5分子

#22: 化合物 ChemComp-9B0 / [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] 4-cycloheptylpiperazine-1-carboxylate


分子量: 718.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H66N2O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The human U2 snRNP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#21 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.9
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 485418 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00319999
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.63227080
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.2092701
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0443037
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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