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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7evf | ||||||
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タイトル | Plant growth-promoting factor YxaL mutant from Bacillus velezensis - T175W/S213G/W215A | ||||||
![]() | PQQ_3 domain-containing protein | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / beta-propeller / symbiotic / growth-promoting activity / Bacillus velezensis / Protein binding | ||||||
機能・相同性 | : / PQQ-like domain / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / PQQ_3 domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, J. / Ha, N.-C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the plant growth-promoting factor YxaL from the rhizobacterium Bacillus velezensis and its application to protein engineering. 著者: Kim, J. / Pham, H. / Baek, Y. / Jo, I. / Kim, Y.H. / Ha, N.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 109.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39896.891 Da / 分子数: 1 / 変異: T175W, S191P, S213G, W215A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: DSM 23117 / BGSC 10A6 / FZB42 / 遺伝子: RBAM_036900 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.68 % |
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結晶化 | 温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M sodium citrate pH 5.8, 16% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) Isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 84369 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 12.67 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 33 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique obs: 4087 / CC1/2: 0.94 / CC star: 0.984 / Rpim(I) all: 0.116 / Rrim(I) all: 0.32 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7DXN 解像度: 1.5→38.88 Å / SU ML: 0.1115 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.25 / 位相誤差: 13.9402 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→38.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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