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- PDB-7evf: Plant growth-promoting factor YxaL mutant from Bacillus velezensi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7evf
タイトルPlant growth-promoting factor YxaL mutant from Bacillus velezensis - T175W/S213G/W215A
要素PQQ_3 domain-containing protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / beta-propeller / symbiotic / growth-promoting activity / Bacillus velezensis / Protein binding
機能・相同性: / PQQ-like domain / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / PQQ_3 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus velezensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kim, J. / Ha, N.-C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structure of the plant growth-promoting factor YxaL from the rhizobacterium Bacillus velezensis and its application to protein engineering.
著者: Kim, J. / Pham, H. / Baek, Y. / Jo, I. / Kim, Y.H. / Ha, N.C.
履歴
登録2021年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: PQQ_3 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8971
ポリマ－39,8971
非ポリマー00
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)152.987, 152.987, 61.694
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

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要素

#1: タンパク質 PQQ_3 domain-containing protein


分子量: 39896.891 Da / 分子数: 1 / 変異: T175W, S191P, S213G, W215A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus velezensis (strain DSM 23117 / BGSC 10A6 / FZB42) (バクテリア)
株: DSM 23117 / BGSC 10A6 / FZB42 / 遺伝子: RBAM_036900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7ZAJ3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.68 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium citrate pH 5.8, 16% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) Isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 84369 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 12.67 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique obs: 4087 / CC1/2: 0.94 / CC star: 0.984 / Rpim(I) all: 0.116 / Rrim(I) all: 0.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7DXN

7dxn


解像度: 1.5→38.88 Å / SU ML: 0.1115 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.25 / 位相誤差: 13.9402
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1648 4143 4.93 %
Rwork0.1498 79812 -
obs0.1505 83955 97.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→38.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2817 0 0 291 3108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00972911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08253979
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0737436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085514
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.1222406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.520.22921400.20132322X-RAY DIFFRACTION87.12
1.52-1.540.21531540.19552504X-RAY DIFFRACTION91.81
1.54-1.550.20621330.18252500X-RAY DIFFRACTION93.1
1.55-1.570.17941540.18292618X-RAY DIFFRACTION95.09
1.57-1.590.20231180.16992648X-RAY DIFFRACTION95.71
1.6-1.620.19051440.16662593X-RAY DIFFRACTION96.24
1.62-1.640.15451500.1592609X-RAY DIFFRACTION96.98
1.64-1.660.18591410.15742646X-RAY DIFFRACTION96.74
1.66-1.690.17871280.15592671X-RAY DIFFRACTION97.73
1.69-1.720.15931340.15142676X-RAY DIFFRACTION96.86
1.72-1.750.1571440.15482634X-RAY DIFFRACTION97.64
1.75-1.780.18031190.14392706X-RAY DIFFRACTION98.26
1.78-1.810.171230.15722679X-RAY DIFFRACTION97.06
1.81-1.850.18561270.14942697X-RAY DIFFRACTION98.5
1.85-1.890.15931420.14492688X-RAY DIFFRACTION98.26
1.89-1.940.15291470.1442650X-RAY DIFFRACTION97.9
1.94-1.980.17541550.14532688X-RAY DIFFRACTION98.72
1.98-2.040.15181320.14142680X-RAY DIFFRACTION99.33
2.04-2.10.17051540.1452669X-RAY DIFFRACTION98.91
2.1-2.160.1661480.14242731X-RAY DIFFRACTION98.9
2.16-2.240.17091210.14372678X-RAY DIFFRACTION99.04
2.24-2.330.17141400.14222729X-RAY DIFFRACTION99.27
2.33-2.440.15771350.14862715X-RAY DIFFRACTION99.44
2.44-2.570.17911270.15532723X-RAY DIFFRACTION99.2
2.57-2.730.17271300.15832736X-RAY DIFFRACTION99.58
2.73-2.940.17831570.16172722X-RAY DIFFRACTION99.76
2.94-3.230.16541450.1632710X-RAY DIFFRACTION99.9
3.23-3.70.14751310.1472714X-RAY DIFFRACTION99.86
3.7-4.660.13581540.12812723X-RAY DIFFRACTION99.93
4.66-38.880.14491160.13592753X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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