PDB-7eva: Structure of molecular chaperone SycE of Yersinia enterocolitica

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eva

タイトル

Structure of molecular chaperone SycE of Yersinia enterocolitica

要素

YopE regulator

キーワード

CHAPERONE / Molecular-chaperone / Yersinia Outer Protein / Type Three secrection chaperone

機能・相同性

Type III secretion chaperone SycE / Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / protein secretion by the type III secretion system / YopE regulator

機能・相同性情報

生物種

Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.083 Å

データ登録者

Kumar, R. / Datta, S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of molecular chaperone SycE of Yersinia enterocolitica
著者: Kumar, R. / Datta, S.

履歴

登録	2021年5月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eva.cif.gz	40.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eva.ent.gz	25.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eva.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7eva_validation.pdf.gz	436.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7eva_full_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示
XML形式データ	7eva_validation.xml.gz	7.6 KB	表示
CIF形式データ	7eva_validation.cif.gz	9.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/7eva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/7eva	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1n5bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

C: YopE regulator

16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: YopE regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
33.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.000, 58.000, 77.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	YopE regulator 分子量: 16914.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) 遺伝子: sycE, yerA, ERS008652_03695, NCTC10938_04290 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q79NJ9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100mM MES pH 6.0, 50-80mM Na-Citrate, 5-10% PEG 3350, 100mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5 Å
検出器	タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月25日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→25.94 Å / Num. obs: 8342 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 15.11 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 1.51
反射シェル	解像度: 2.08→2.14 Å / R_merge(I) obs: 0.278 / Num. unique obs: 8342

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PROTEUM PLUS		データ収集
PROTEUM PLUS	1.15.2_3472	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PROTEUM PLUS		データ削減
PHENIX	1.15.2-3472-000	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1n5b

1n5b

解像度: 2.083→25.938 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2345	382	4.6 %
R_work	0.1995	7922	-
obs	0.201	8304	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.81 Å² / B_iso mean: 31.2664 Å² / B_iso min: 12.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.083→25.938 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	936	0	0	75	1011
B_iso mean	-	-	-	33.82	-
残基数	-	-	-	-	117

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.083-2.3838	0.2622	112	0.1895	2554	99
2.3838-3.0026	0.2426	149	0.2034	2596	100
3.0026-3.0026	0.2209	121	0.2009	2772	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)